1-2 Doktorander i forskning om biologisk mångfald (metabarcoding)

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




Vid institutionen för organismbiologi bedriver vi undervisning och forskning om evolution, utveckling och funktion på organismnivå.

För mer information se http://www.iob.uu.se.

https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Tjänsten är placerad i forskargruppen Andermann (https://katalog.uu.se/empinfo/?id=N22-999) inom Systematisk biologi vid Institutionen för Organismbiologi (Evolutionsbiologiskt centrum, Uppsala universitet). Tjänsten kommer att ingå i forskarskolan SciLifeLab Datadriven Life Science (DDLS) (https://www.scilifelab.se/data-driven/about/), och har unika utbildnings- och kursmöjligheter inom DDLS-nätverket.

I forskargruppen Andermann arbetar vi på skärningspunkten mellan beräkningsbiologi och forskning om biologisk mångfald. Vi utvecklar nya beräkningsmetoder och arbetsflöden för fältarbete/labbarbete för att kvantifiera komplexiteten i biologisk mångfald, med fokus på landbaserade system. Vår vision är att en dag på ett tillförlitligt sätt kunna fånga biologiska mångfalden av en given plats på ett standardiserat och reproducerbart sätt. Vi är en ung och dynamisk forskargrupp med uppdraget att genom vår forskning bidra till att lindra den pågående krisen inom biologiska mångfald. Vi värdesätter innovativa idéer, en kollegial och icke-hierarkisk atmosfär och högkvalitativ och effektfull forskning. Och framför allt tycker vi om det vi gör!

Arbetsuppgifter/Projektbeskrivning
Fokus för denna doktorandtjänst kommer att vara att tillämpa och vidareutveckla befintliga miljö-DNA-provtagnings- och bearbetningstekniker, med målet att heltäckande fånga den biologiska mångfalden på en given plats. Detta arbete kommer att ske i samarbete med andra forskargrupper specialiserade på miljö-DNA, både baserade vid Uppsala universitet samt vid andra nationella och internationella institutioner. Beroende på kandidatens bakgrund och intresse kan doktorandtjänsten innehålla följande uppgifter: i) testa kombinationer av olika eDNA-provtagningstekniker på fältet, ii) utveckla lab-protokoll som extrahera och amplifierar genetisk markers för flera organismgrupper från eDNA-prover, iii) utveckla bioinformatiska pipelines för att automatiskt bearbeta, katalogisera och analysera prover (i samarbeta med SBDI ASV protalen - https://asv-portal.biodiversitydata.se/about), iv) sammanställa mått för mångfald baserade på taxonomisk såväl som genetisk mångfald. Om det finns flera lämpliga sökande kan upp till två sökande med kompletterande bakgrund antas för denna utlysning.

Kvalifikationskrav
Magister- eller masterexamen, om 240 högskolepoäng (hp) vara minst 60 hp på avanceradnivå inom relevant ämne. Relevanta områden inkluderar biologi, bioinformatik, genomik, fylogenetik, makroevolution/makroekologi eller relaterade. Vi söker en mycket motiverade kandidat som tycker om utmaningar och som självständigt kan utforska nya idéer. Den ideala kandidaten har en bakgrund i att arbeta med genomisk data, gärna inom ett miljö-DNA eller generellt metabarcoding sammanhang. Fältarbete och/eller laborationserfarenhet värderas lika som bioinformatiska färdigheter. Kandidater bör ha utmärkta kommunikationsförmåga (engelska i tal och skrift).

Önskvärt/meriterande i övrigt
Universitetet har för avsikt att rekrytera den person som, utifrån en sammanvägd bedömning av kompetens, färdigheter och dokumenterade kvalifikationer, bedöms som lämpligast att bedriva projektet samt bidra till en positiv utveckling av avdelningen.

Erfarenhet av kodning i Python, R eller liknande, samt erfarenhet av att arbeta med datorkluster är meriterade. Erfarenhet av fylogenetiska metoder, rumsliga analyser samt lång- och kortlästa monteringsmetoder är ytterligare meriter som är relevanta för tjänsten.

Anställningen
Anställningen är fyra år och personen kommer huvudsakligen att ägna sig åt sin egen forskning. Om undervisning eller annan institutionstjänstgöring på maximalt 20 procent ingår i anställningen kan en förlängning beviljas upp till högst fem år. Löneplacering sker i enlighet med lokala riktlinjer vid Uppsala universitet. Sökanden måste vara berättigad till doktorsexamen vid Uppsala universitet. Information om forskarutbildning finns på webbplatsen för Naturvetenskapliga fakulteten, http://www.teknat.uu.se/Doktorand/.

Ansökningsförförande
Ansökan ska innehålla 1) ett brev som beskriver dig själv, dina forskningsintressen och din motivation till varför du vill ha doktorandtjänsten, 2) en kort beskrivning av din utbildning, 3) ditt CV, 4) kopior av examensbevis och betyg, 5) namn och kontaktinformation (adress, mejl och telefonnummer) till minst två referenspersoner, 6) relevanta publikationer (inklusive masteruppsatsen). Ansökan bör vara skriven på engelska.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer http://regler.uu.se/.

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Tobias Andermann, tobias.andermann@ebc.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 31 augusti 2022, UFV-PA 2022/2450.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.