1-2 sommarstudenter inom molekylär genomik

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi.




Arbetsuppgifter
Vi siktar att anställa 2 sommarstudenter, en laboratorietekniker (projekt 1) och en data-analytiker (projekt 2).

Båda projekt täcker en månad (augusti 2022). Indikera i ansökan vilket projekt du ansöker och motivera varför detta projekt passar i dina studier, intressen och framtida planer.

1) Labtekniker för analys av drogresponser hos cancerceller. Sommarstudenten (labbteknikern) deltar i ett projekt där drogresponser i leukemiceller och Hodkings lymfomaceller undersöks. Projektet innebär monitorering av cellernas morfologi och processer med fluorescensmikroskop. Cellulära processer under drogbehandlingen jämförs med ändringar i genavläsningsprogram. Tidigare erfarenhet i odling av humana K562 erytroleukemiceller och Hodgkings lymfomaceller samt analys av mRNA-seq data önskas. Detta projekt görs mest i laboratoriet på Campus Solna och närvaro under hela månaden krävs.

Arbetsuppgifterna innebär cellodling, drogbehandling av celler och användning av ett inverterat fluorescensmikroskop. Med mikroskopet undersöks kromatin, samt cellorganeller så som ER och Golgi, under drogbehandling och återhämtning från drogen. Studenten ansvarar för cellodling, bild/videotagning av cellulära processer under drogbehandlingen, samt noggrann dokumentering och rapportering av resultatet, inklusive systematisk och välorganiserad lagring av labbok, bilder och videos.

2) Data-analytiker för analys av genomets funktionella regioner. Sommarstudenten (data-analytikern) deltar i ett projekt där genomets funktionella regioner identifieras och regionernas arkitektur bestäms med hög (nära en nukleotids) resolution. Detta projekt består av analys av existerande data, inklusive precision run-on sequencing (PRO-seq) och kromatin-immunoprecipitering (ChIP-seq). Tidigare erfarenhet av data-analys, inklusive baskunskap om shell-skripting och R krävs. Detta projekt utförs via datorn och 50% närvaro på Campus Solna krävs (tiderna för distans och på plats enligt överenskommelse).

Arbetsuppgifterna innebär användning och vidareutveckling av shell och R skripts. Med dessa skripts analyseras existerande genome-wide datasets för att karakterisera arkitektur av genomets regelringsregioner. Studenten undersöker exakta positioner av transkriptionsfaktorer och kromatinreglerare gämtemot genomets funktionella regioner och positionering av RNA Polymeraser. Studenten ansvarar för systematisk analys av data och noggrann dokumentering av kod och erhållna resultat.

Vi erbjuder
- En anställning på ett ledande tekniskt universitet som skapar kunskap och kompetens för en hållbar framtid
- Möjligheten att lära dig analys av transkriptionsdata
- Möjligheten att bekanta dig med cellbiologiska laboratorieanalyser
- En anställning på ett ledande tekniskt universitet som skapar kunskap och kompetens för en hållbar framtid
- Engagerade och ambitiösa kollegor samt en kreativ, internationell och dynamisk miljö

https://www.kth.se/om/work-at-kth/kth-your-future-workplace-1.49050

Kvalifikationer
Krav

Projektspecifika kvalifikationskrav:

1) Projekt 1 (drogresponser hos cancerceller): Erfarenhet med cellodling och drogbehandling av humana modellceller. Förståelse om cancer och cancerdroger.

2) Projekt 2 (arkitektur hos genomets funktionella regioner): Erfarenhet med analys av data från genomskaliga metoder. Bra förståelse om genomets funktionella regioner och genomets reglering. Dokumenterad utbinging (BSc) inom bioteknik, datateknik eller motsvarande.

 Allmänna kvalifikationskrav:

Vi söker dig som har förmågan att lära dig nya saker. Du har lätt för att samarbeta med andra men har också en hög grad av självständighet och flexibilitet. Vidare krävs goda kunskaper i engelska då det kommer att behövas i det dagliga arbetet.

Meriterande

- 1) Projekt 1: Kunskap om odling av leukemi- och/eller lymfomaceller önskas. Förståelse om mRNA-seq och/eller ATAC-seq.
- 2) Projekt 1: Shell och R -skripting

Vi kommer lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Fackliga representanter
Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898. 

Ansökan
Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in. Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (CentralEuropean Time/Central European Summer Time).

Om anställningen 
Anställningen gäller tidsbegränsat enligt avtal - i upp till 1 månad, med tillträde den 1 augusti eller enligt överenskommelse. 

Övrigt
Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering https://www.kth.se/om/work-at-kth/processing-of-personal-data-in-the-recruitment-process-1.823440.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.