1-3 Forskningsassistenter i translationell genomik

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 46.000 studenter, 7.300 anställda och en omsättning på 7,3 miljarder kronor.




Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet (http://www.

igp.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a. cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar och på molekylära undersökningstekniker. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar och masterprogram inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 420 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan.

1-3 forskningsassistenter i translationell genomik - Överföring av resultat från storskaliga genetiska studier för kardiometaboliska sjukdomar hos människa genom att använda zebrafisk som modellsystem

Projektbeskrivning: Storskaliga associeringsstudier av hela genom (GWAS) har identifierat hundratals genetiska loci som är starkt associerade med kardiometaboliska riskfaktorer och sjukdomar. I de flesta fall är de kausala generna, d.v.s de gener som ligger bakom förändringarna, fortfarande okända. Innan resultaten från GWAS kan översättas till klinisk användning – till exempel som nya biomarkörer eller som läkemedelsmål – måste vi identifiera och karakterisera de kausala generna i dessa loci. Den senaste utvecklingen inom CRISPR-Cas9-baserad mutagenes, high throughput-mikroskopi och bildbaserade analyser har visat att sebrafisk är ett lovande modellsystem för systematisk, storskalig, genetisk karakterisering.

Det övergripande målet för det här projektet är att identifiera och karakterisera kausala gener i GWASidentifierade loci för kardiometabola riskfaktorer och sjukdomar med hjälp av bildbaserade zebrafiskmodellsystem.

Projektet syftar till att använda bild- och CRISPR-Cas9-baserade sebrafiskmodellsystem som vi utvecklade och validerade internt, för att karakterisera 200 kandidatgener med en förväntad roll i kardiometaboliska riskfaktorer och sjukdomar. Framgångsrika kandidater kommer att arbeta tillsammans i ett team som dessutom kommer att bestå av en forskningsingenjör och PI för att uppnå detta mål.

Arbetsuppgifter: Uppgifterna utförda av teamet inkluderar: 1) att utforma CRISPR-Cas9 guide RNA (gRNA) för att rikta kandidatgener; 2) gRNA syntes och mikroinjektion med Cas9 mRNA; 3) att testa mutagenes effektivitet hos gRNAs med användning av en PCR-analys; 4) att uppväxa CRISPR-grundare till vuxen ålder, d.v.s. sebrafisk vård tar; 5) korsning av grundare, pre-screening för närvaro av fluorescerande märkta transgener och förberedelse av larver för screening; 6) att avbilda larver för sjukdom relaterade faktorer med användning av ett automatiserat positioneringssystem och fluorescensmikroskop; 7) att bereda prover för ytterligare experiment - som biokemi och multiplexed DNA-sekvensering - med användning av en pipetteringsrobot; 8) objektiv kvantifiering av bildbaserade data med hjälp av befintliga pipelines; 8) datahantering och kvalitetskontroll. Helgarbete kan inträffa.

Framgångsrika kandidater kommer att placeras i Marcel den Hoeds forskargrupp (https://igp.uu.se/ forskning/genetik_genomik/marcel-den-hoed/). Projektet finansieras av ett samarbete med industrin.

Kvalifikationskrav: Ansökan mottages av högt motiverade sökande med en examen inom biomedicin, (molekylär) medicin, molekylär (cell)biologi, marinbiologi eller liknande. Skriftliga och muntliga färdigheter i engelska är en förutsättning, liksom grundläggande kunskaper i, och färdigheter inom molekylärbiologi eller fluorescensmikroskopi. En framgångsrik sökande ska vara en motiverad, organiserad och tillförlitlig lagspelare som också kan arbeta självständigt. Tidigare kunskap och erfarenhet inom CRISPR mutagenes, mikroinjektion, datahantering, epidemiologi, biostatistik, zebrafiskhållning och/eller bildbaserade analyser är meriterande.

Ansökan ska innehålla ett brev som beskriver dig själv, dina forskningsintressen, din erfarenhet av ovan nämnda uppgifter, och din tillgänglighet; ett CV; en verifierad förteckning över kursbetyg; samt kontaktuppgifter till minst två referenspersoner. Om det finns kan ett BSc / MSc examensbevis och rekommendationsbrev också ingå.

Lön: Individuell lönesättning.

Tillträde: 2020-05-01 eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning, 48 månader.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: Marcel den Hoed, PhD, phone +46-70-425 07 52,  marcel.den_hoed@igp.uu.se. 

Välkommen med din ansökan senast den 6 april 2020, UFV-PA 2020/833.



 

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.