Bioinformatiker

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 41 000 studenter, 6 500 anställda och en omsättning på 5,9 miljarder kronor.



Bioinformatiker med inriktning på tillämpningar av array- och DNA-sekvensering-baserade tekniker inom cancerforskningsprojekt.

Placering vid Institutionen för immunologi, genetik och patologi.

Tillsvidareanställning med tillträde snarast, sex månaders provanställning tillämpas.

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet (http://www.igp.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på genomik, cancer och molekylär diagnostik. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera närmare samarbete mellan kliniska och prekliniska forskare. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, bioinformatik, patologi, tumörbiologi samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för klinisk genetik, immunologi och patologi-cytologi vid Akademiska sjukhuset, Uppsala. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskaplig fakultet. Institutionen omsätter omkring 277 mkr och har ca 340 personer i sin arbetsstyrka, varav ca 90 är doktorander.

Bioinformatik med inriktning på tillämpningar av array- och DNA-sekvensering-baserade tekniker inom cancerforskningsprojekt i forskargrupp Jan Dumanski (www.genpat.uu.se/research/genetics_genomics/Dumanski)  

Arbetsuppgifter: Som bioinformatiker, kommer du att ansvara för informatik del av flera projekt. Detta innebär att du, tillsammans med andra gruppmedlemmar, kommer att planera projektarbetet, utföra data-analyser med hjälp av olika verktyg. Möjligheter kommer att finnas för att utveckla egna analysmetoder eller testa nya metoder som genereras av andra med hjälp nya dataset. Ett av dina ansvarsområden kommer att vara en analys av data som genereras från Illumina/Affymetrix/Agilent array plattformar, i kontext av analyser av genetisk och epigenetisk variation i translationella cancer-inriktade forskningsprojekt. Andra ansvarsområden inkluderar analyser av storskaliga parallella DNA-sekvens-dataset (exom och genom) inom ramen för samma projekt.  

Kvalifikationskrav: Personen vi söker ska examen i bioinformatik, eller närliggande områden, såsom genetik, datavetenskap eller bio-statistik. Personen vi söker bör ha en gedigen bakgrund som bioinformatiker inom biologi/medicin eller en annan dokumenterad erfarenhet inom området bioinformatik. Dokumenterad erfarenhet av array-baserade plattformar (Illumina/NimbleGen och CpG - methylome arrayer), särskilt inriktad på studier av strukturella variationer i arvsmassan (CNVs), värderas högt. Tidigare erfarenhet med Nexus antal kopior programmet är perfekt. Kännedom om Linux/Unix-miljö och kunskaper i programmering (t.ex. i JAVA, R, Perl, C + +, shell scripting) är viktiga, samt kompetens att utveckla nya webb-baserade plattformar för analyser stora datamängder (SQL-databaser och phpMyAdmin). Kunskap om olika webbapplikationsarkitektur (JSP, HTML, CSS, JavaScript, XML) är en merit.

Expertis inom nästa generations sekvensering (NGS) genomanalys, kvalitetskontroller och SNP-variation och CNVs med hjälp av NGS är också mycket viktigt. Den sökande bör vara väl förtrogen med att utnyttja resurser från till de viktigaste on-line biologiska databaser (t.ex. Biotools- och webbtjänster såsom BioMart API och NCBI E- Utilities API) och visa erfarenhet av primer design och primers/SNP sökningar. Tidigare erfarenhet med fjärr-shell-scripting (t.ex. till Uppmax) och användning av Circos-plots, etc för att visualisera olika typer av genetisk variation är ytterligare meriter.

Vi kommer att lägg stor vikt vid god förmåga att introducera andra anställda/studenter till bioinformatik och kommunicera väl med de övriga medlemmarna i gruppen, alltså god samarbetsförmåga kommer att värderas högt.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas. Ange löneanspråk i ansökan.

Ansökan ska innehålla meritförteckning (CV), publikationslista, samt tre referenser med kontaktinformation (namn, adress, telefonnummer och e-postadress).

Upplysningar om anställningen lämnas av professor Jan Dumanski, e-post: jan.dumanski@igp.uu.se; telefon 46-18 - 471 5035.

Välkommen med din ansökan senast den 31 juli, 2014. UFV-PA 2014/1642. Klicka på länken nedan för att komma till ansökningsformuläret.

Bioinformatiker


Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Vi tar enbart emot ansökan på det sätt som beskrivs i annonsen.