Bioinformatiker

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 45 000 studenter, mer än 7 000 anställda och en omsättning på cirka 7 miljarder kronor.




Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.

a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar och masterprogram inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 450 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: http://www.igp.uu.se

https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Arbetsuppgifter
Projektet är fokuserat på analys av sekvensdata från patienter med autismspektrumtillstånd  eller kognitiv funktionsnedsättning. Framför allt gäller det analys av long-read 
sekvenseringsdata från Oxford Nanopore och PacBio för att identifiera och kartlägga 
strukturell genetisk variation. Vidare kommer de novo assembly respektive variantdata behöva jämföras med genomsekvens genererat med andra sekvenseringsstrategier. Analys av datan kommer kräva att nya pipelines för datahantering och för analys av variation behöver sättas upp. Både friska kontroller och olika patientgrupper kommer att analyseras, med målet att identifiera sjukdomsorsakande variation. Inom ramen för anställningen ingår också att skriva 
vetenskapliga artiklar, samt presentera resultat.   

Kvalifikationskrav
Utbildning inom bioinformatik eller dokumenterad erfarenhet av bioinformatiskt arbete är ett  krav. Sökande kan vara disputerad eller ha en för positionen relevant utbildning med erfarenhet från liknande projekt. Sökande skall ha erfarenhet av hantering av sekvensdata och  genomanalys inklusive alignment och variationsanalys. För tjänsten krävs erfarenhet av att arbeta i unix, i R, samt skriptspråk såsom Perl eller Python. God förmåga att uttrycka sig såväl muntligt som skriftligt på engelska. God samarbets- och kommunikationsförmåga. 
Dokumenterad erfarenhet av att sammanställa och publicera vetenskapliga artiklar är ett krav.  Då utvecklingen inom området sker mycket snabbt krävs en person som har förmåga att testa, utvärdera och anpassa analyser. 

Önskvärt/meriterande i övrigt
Erfarenhet av arbete med de novo assembly eller att arbeta med long-read data. Särskild vikt  kommer att läggas på vetenskaplig skicklighet, god samarbetsförmåga och självständighet. 
Sökande behöver ha god arbetsdisciplin och noggrannhet. Stor vikt kommer att läggas vid 
personlig lämplighet. 

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, 12 månader med möjlighet till förlängning. Omfattningen är heltid.
Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Lars Feuk, lars.feuk@igp.uu.se, 018-471 4827.

Välkommen med din ansökan senast den 11 februari 2022, UFV-PA 2022/124.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.