Bioinformatiker

Institutionen för vatten och miljö
Institutionen för vatten och miljö (www.slu.se/vatten-miljo) är ett kompetenscentrum för tillämpad miljöforskning med ett nationellt ansvar för övervakning av miljötillståndet i svenska sjöar och vattendrag med avseende på vattenkemi, miljöförorening och akvatisk biota. Forskningen vid institutionen fokuserar på geokemiska och hydrologiska processer, akvatisk ekologi och biodiversitet, samt akvatisk ekotoxikologi och miljökemi. Institutionen har drygt 130 anställda varav ca hälften utgörs av forskare/doktorander och den andra hälften av teknisk och administrativ personal. Vi ingår i SLU:s Mark-Vatten-Miljöcentrum på Campus Ultuna i Uppsala. Den breda kompetensen bland de 300 personerna i klustret i kombination med en välutrustad infrastruktur skapar en unik plattform för forskning av hög kvalitet samt miljöövervakning och utvärdering.
Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom SLU på https://www.slu.se/om-slu/jobba-pa-slu/

Arbetsuppgifter:
Du kommer att ingå i en dynamisk grupp inom akvatisk mikrobiell ekologi och biogeokemi som studerar mikroorganismer och deras processer i sjöar och andra akvatiska ekosystem med hjälp av en kombination av molekylära, cellulära och isotopmetoder. Verktyg som används är storskalig amplikonanalys, genomik och fylogenetisk analys . Den bioinformatiker vi söker kommer under denna kortare anställning sammanställa, kvalitetsgranska och utvärdera stora dataset med eukaryota markörgener som genererats med ”long read” sekvenserings-tekniker. Sekvenserna återfinns i olika databaser och allmänt tillgängliga databaser men behöver analyseras på ett reproducerbart och stringent sätt för att senare kunna användas i olika projekt inom gruppen. I arbetet ingår även dokumentation av de bioinformatiska analyserna och avancerad fylogenetisk analys.

Kvalifikationer:
Vi söker dig som med start redan i oktober 2022 kan påbörja en 6 månaders anställning med placering i Uppsala. Sökanden måste ha en gedigen utbildning och doktorsexamen i biologi med starka meriter inom bioinformatik, sekvensbaserad fylogenetisk analys och sekvensering med PacBio och andra ”long read” sekvenseringstekniker. Vi förutsätter att du har erfarenhet av följande bioinformatiska verktyg: RAxML-NG, EPA-NG, Genesis, BayesTraits, RPANDA, eggNOG och Maker samt förmåga att genomföra statistisk analys och visualisering av resultaten i R. Projektet kräver mycket goda kunskaper i engelska (både i skrift och tal).

Placering:
Uppsala

Anställningsform:
Tidsbegränsad anställning 6 månader med ev. möjlighet till förlängning.

Omfattning:
100%

Tillträde:
Snarast.

Ansökan:
Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen nedan senast den 2022-09-26.

Fackliga kontaktpersoner:
https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/



Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) är ett universitet i internationell toppklass med forskning, utbildning och miljöanalys inom vetenskaper för hållbart liv. Huvudorter är Alnarp, Umeå och Uppsala, men verksamhet bedrivs också på forskningsstationer, försöksparker och utbildningsorter i hela landet. Hos oss samlas människor med olika perspektiv men med det gemensamma målet att skapa de bästa förutsättningarna för en hållbar, levande och bättre värld.

SLU har drygt 3000 medarbetare, 5000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över tre miljarder kronor. Universitetet satsar på attraktiva miljöer på sina campusområden.

www.slu.se