Bioinformatiker - Clinical Genomics Uppsala

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.

a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neurobiologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten och teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 500 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: http://www.igp.uu.se

https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Vill du göra skillnad för patienter med cancer?
Vi söker en bioinformatiker för att driva utveckling av bioinformatiska analyser för att etablera ny avancerad genetisk diagnostik för sjukvården. Tjänsten är en tillsvidareanställning.

Observera att detta är en förkortad version av annonsen. För att se den fullständiga annonsen vänligen klicka på "Ansök här" eller se Uppsala universitets hemsida: https://uu.se/jobb/.

Kvalifikationskrav
- Mastersexamen eller liknande i ämne med anknytning till tjänsten t.ex. bioinformatik, bioteknik, datavetenskap eller motsvarande fält.
- Dokumenterad förmåga inom ett eller flera scriptspråk (t ex Python/Bash/Perl)
- Erfarenhet av att arbeta med NGS i linuxmiljö på beräkningskluster
- Kännedom om git, conda och pipelineverktyg som Snakemake eller Nextflow
- Erfarenhet av containermjukvara, Singularity (Apptainer)/Docker/Podman
- Grundläggande kunskaper om databashantering
- Flytande svenska och engelska

Arbetet ställer stora krav på noggrannhet, initiativkraft, samarbetsförmåga och självständighet, så stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Önskvärt och/eller meriterande i övrigt
Doktorsexamen inom bioinformatik, genetik eller liknande fält är meriterande. Eftersom dokumentation mot Akademiska sjukhuset sker på svenska är god förmåga att uttrycka sig på både svenska och engelska i tal och skrift önskvärt. Vi ser gärna sökande med kunskap om cancergenetik, klinisk bioinformatik eller klinisk genomik. Tidigare erfarenheter av CNV och/eller SV-analyser baserat på WGS eller WES är meriterande. Vi värdesätter också erfarenhet av transkriptom- och/eller single-cell analys. Faciliteten har även initierat några projekt med fokus mot long-read tekniker och den sökande kommer ha möjlighet att bidra till utveckling och implementering av analyser baserat på sekvensdata från Oxford Nanopore eller PacBio. Tidigare erfarenheter av automatiseringssystem (t.ex Stackstorm) är också meriterande.

Om anställningen
Anställningen är tillsvidare, provanställning kan tillämpas. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Malin Melin, malin.melin@scilifelab.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 3 juni 2022, UFV-PA 2022/1572.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.