Bioinformatiker (dataanalys)

Uppsala universitet

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till ett av de 100 bästa universiteten i världen och en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 40 000 studenter, 6 000 anställda och en omsättning på cirka 5,5 miljarder kronor.







Bioinformatiker (dataanalys) med placering vid Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Rudbecklaboratoriet, med uppdrag att utveckla bioinformatiska analyser för den nya faciliteten för Klinisk sekvensering.

Anställningen har tillträde snarast eller enligt överenskommelse och är en tidsbegränsad anställning på två år.

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet (http://www.igp.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på genomik, cancer och molekylär diagnostik. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera närmare samarbete mellan kliniska och prekliniska forskare. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, bioinformatik, patologi, tumörbiologi samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för klinisk genetik, immunologi och patologi-cytologi vid Akademiska sjukhuset, Uppsala. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskaplig fakultet. Institutionen omsätter omkring 255 mkr och har ca 340 personer i sin arbetsstyrka, varav ca 90 är doktorander.

Science for Life Laboratory (SciLifeLab) är ett samarbete mellan fyra universitet i Stockholm och Uppsala: Stockholms universitet, Karolinska Institutet, Kungliga Tekniska högskolan och Uppsala universitet. SciLifeLab är ett nationellt centrum för storskalig biovetenskap med fokus på hälso-och miljöforskning. Centret kombinerar avancerad teknisk know-how och state-of-the-art utrustning med en bred kunskap inom translationell medicin och molekylär biovetenskap.

Klinisk Sekvensering är en ny nationell SciLifeLab-facilitet, organiserad av Uppsala universitet, Uppsala Akademiska Sjukhus, och Science for Life Laboratory, med uppdraget att tillhandahålla kliniska genetiska test för olika former av cancer och ärftliga sjukdomar med hjälp av de senaste teknikerna för DNA-sekvensering, s.k. next-generation sequencing. Tillsammans med genetiker och läkare kan vår facilitet leverera kliniska bedömningar av upptäckta genetiska varianter, för att de främsta teknikerna och forskningsframstegen så snabbt och bra som möjligt ska komma patienter till nytta.

Arbetsuppgifter: Vi vill anställa en disputerad bioinformatiker eller programmerare på heltid för att driva utvecklingen av beräkningsmässiga metoder, analysprotokoll och flöden för de prov som kommer till vår facilitet. Detta omfattar bl.a. implementering av analyspipelines baserade både på existerande och nyutvecklad mjukvara, beräkningsverktyg eller verktyg för kontroll av data- och analysflöden. Arbetet består även i att ta fram data eller annotering som ska användas i facilitetens databaser, t.ex. rörande genetisk variation och predikterade eller kända effekter av dessa, kliniska data, och genom- och transkriptominformation. Den anställde kommer att jobba tillsammans med läkare och kliniker, sjukhusgenetiker, programmerare, bioinformatiker och molekylärbiologer inom vår facilitet och även i nationella och internationella samarbeten, samt bidra med support för externa projekt som anlitat faciliteten. Klinisk sekvensering är ett nytt och intensivt forskningsområde och tjänsten kommer att innehålla publicering och presentation av både tekniska och biologiska resultat och metoder. Egna forskningsidéer kommer att uppmuntras starkt.

Kvalifikationskrav: Personen vi söker ska ha doktorsexamen i ett område lämpligt för tjänsten, såsom t.ex. bioinformatik, bioteknik, fysik eller liknande. Dessutom krävs

-Dokumenterad erfarenhet i analys av data från next-generation sekvensering.

-Dokumenterad erfarenhet i bioinformatik, framförallt för genom- och transkriptomdata, genomannotering, och god kunskap om bioinformatiska databaser och analysverktyg.

-Dokumenterad programmeringskunskap i antingen Java, C/C++, Python eller Perl, samt erfarenhet av vetenskapliga beräkningar i Linux-baserad högpresterande system.

-Dokumenterad kunskap i statistik och programmering med R.

-God förmåga att uttrycka sig såväl muntligt som skriftligt på engelska.

-God samarbets- och kommunikationsförmåga, samt förmåga att dokumentera arbetets gång.

-Publikation och presentation av forskningsresultat.

Önskvärt och meriterande i övrigt: Kunskap eller intresse för genetik, medicin eller biologi i allmänhet är meriterande.

Sökande behöver ha god arbetsdisciplin och noggrannhet, och en förståelse för datasäkerhetsaspekter rörande patientdata och genetisk information. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Ansökan skall innehålla CV, kopior av examensbevis och betyg, eventuella publikationer och en kort beskrivning av dina forskningsintressen. Vi ser gärna att du lämnar uppgifter om referenspersoner. Ansökningarna bedöms enligt följande kriterier: Lämplig grundutbildning, tidigare erfarenhet av arbete och/eller forskning inom närliggande område samt personlig lämplighet.

Lön Individuell lönesättning tillämpas. Ange löneanspråk i ansökan.

Upplysningar om anställningen lämnas av facility manager Johan Rung 018-471 4656, johan.rung@scilifelab.uu.se eller platform director Richard Rosenquist Brandell 018-471 4831, richard.rosenquist@igp.uu.se.  

Välkommen med din ansökan senast den 31 januari 2014, UFV-PA 2013/3521. Klicka på länken nedan för att komma till ansökningsformuläret.

Bioinformatiker (dataanalys) 






Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Vi tar enbart emot ansökan på det sätt som beskrivs i annonsen.