Bioinformatiker i genomannotering

Bioinformatiker i genomannotering vid institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi.

Arbetsuppgifter: Innehavaren av denna tjänst kommer att arbeta med bioinformatik inom BILS (Bioinformatics Infrastructure for Life Sciences), en nationell infrastruktur med syfte att stödja svenska forskare med bioinformatik. BILS startar en annoteringsgrupp på BioMedicinskt Centrum i Uppsala och söker efter en ny medarbetare till denna grupp. Fokus för tjänsten är att hjälpa svenska forskargrupper med annotering av framförallt eukaryota genom och transkriptom.

Det huvudsakliga verktyget som kommer att användas är utvecklat av EnsEMBL. Tjänsten kommer att innebära installation och underhåll av denna komplexa programvara och även kvalitetskontroll och kurering av annoteringar. Stora datamängder från Next Generation Sequencing kommer att behöva hanteras och integreras med övriga resultat. Tjänsten innebär också direkta kontakter med forskargrupper i behov av annotering eller hjälp med att starta upp genomprojekt och viss undervisning kring dessa områden kommer också att ingå.

Kvalifikationskrav: Doktorsexamen inom bioinformatik, molekylärbiologi, datavetenskap eller liknande utbildning och god färdighet i Perl. Kandidaten ska ha erfarenhet av genom- eller transkriptom-data och har idealiskt arbetat med genom-annotering. Erfarenhet av EnsEMBLs verktyg för annotering är ett stort plus. Den sökande bör vara väl förtrogen med vanliga bioinformatiska verktyg och ha erfarenhet av att arbeta i Linux-miljö. Övriga erfarenheter såsom administration av databaser (mySQL) och administration av Linux-servar är positivt. Utmärkt kommunikationsförmåga är nödvändigt, eftersom innehavaren av denna tjänst kommer att samarbeta med forskare med mycket olika bakgrund. Utmärkt talad och skriven engelska krävs. Stor vikt kommer läggas vid personlig lämplighet.

För allmänna frågor om BILS, kontakta Prof. Bengt Persson på bengt.persson@bils.se. För mer specifika frågor om arbetsuppgifter, kontakta Dr. Marc Höppner på marc.hoeppner@imbim.uu.se.