Bioinformatiker i genome assembly

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS; http://nbis.

se) främjar svensk livsvetenskaplig forskning genom att tillhandahålla bioinformatisk expertis och programmeringskompetens till forskare. Organisationen är nationell, med 120 bioinformatiker, systemutvecklare och data stewards anställda på ett flertal svenska universitet.  NBIS utgör också bioinformatikplattformen på SciLifeLab (http://www.scilifelab.se), en nationell resurs som tillhandahåller avancerade storskaliga tekniker och kunnande inom biovetenskaperna. Genom nära samarbete med de dataproducerande faciliteterna och med ledande forskargrupper har NBIS enastående möjligheter att erbjuda bioinformatiska analyser av högsta klass. NBIS är den svenska noden i den europeiska infrastrukturen ELIXIR för biologisk information.

NBIS söker nu efter en ny medarbetare som ska stödja svenska och internationella projekt på icke modellorganismer. Delar av arbetet kommer utföras i samarbete med stora internationella referensgenomprojekt som European Reference Genome Atlas (ERGA). Vi kan förvänta oss en stor bredd av olika organismer i dessa samarbeten. Personen kommer också jobba med ”short term support”, en verksamhet där vi ser väldigt varierande projekt komma in från olika fält inom biologi och medicin. Våra bioinformatiker tilldelas dessa projekt baserat på kompetens. NBIS forskarstöd behöver kontinuerligt anpassas till aktuella behov inom det svenska forskarsamhället, och en vilja och förmåga att lära sig är en viktig förmåga att ha för innehavaren av den här tjänsten.

Positionerna är placerade vid Uppsala Universitet i Navet, SciLifeLabs Uppsala-nod. I denna kreativa miljö har NBIS över 60 bioinformatiker, systemutvecklare och data stewards, med flera andra SciLifeLab-faciliteter och många olika forskargrupper i närheten. När du jobbar för NBIS är du en del av ett team, du kommer inte vara ensam. Med många kunniga kollegor att bolla med, ett brett utbud av interna kurser och möjlighet att lära sig från alla spännande supportprojekt, ger en anställning hos NBIS mycket goda möjligheter att utvecklas som bioinformatiker.

https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Arbetsuppgifter
Huvudsakliga arbetsuppgiftena innefattar arbete i projekt rörande ”genome assembly”, som en service till svenska forskare eller i internationella konsortier. Arbetet fokuserar på ”genome assembly” av långa sekvenser (mestadels PacBio HiFi), men också genomannotering och/eller jämförande genomik och populationsgenomik. Fokus kommer också ligga på utveckling av verktyg och arbetsflöden för intern och extern användning, t.ex. i form av pipelines utvecklade i Nextflow. Ansvarsområden inkluderar analyser av data, utveckling av bioinformatiska verktyg och arbetsflöden, kundkommunikation, eget lärande om nya metoder, rapportskrivande och undervisning.

Kvalifikationskrav

- Minst 5 års erfarenhet av att använda långa sekvenser (PacBio eller Nanopore) i ”genome assembly” på eukaryoter. Expertis i nuvarande använda assemblyprogram och erfarenhet av program for kvalitetskontroll av ihopsatta genom, inklusive god förmåga att tolka resultat. Erfarenhet av assemblykurering också nödvändig.
- Erfarenhet av genomassembly för genom av hög komplexitet t.ex. gällande ploiditet, genomstorlek, eller förekomst av repetitiva sekvensmotiv
- Erfarenhet av utveckling av avancerade bioinformatiska program och arbetsflöden.
- God förmåga att arbeta i terminalbaserad Linux-miljö.
- Utmärkt talad och skriven engelska krävs. Utmärkt kommunikationsförmåga är nödvändigt, eftersom innehavaren av denna tjänst kommer att samarbeta med forskare med mycket olika bakgrund.
- Stor vikt kommer läggas vid personlig lämplighet, såsom god förmåga att arbeta i en serviceinriktad miljö, både i samarbete och självständigt, och god förmåga att lära sig nya metoder samt att skaffa sig nya färdigheter.

Önskvärt/meriterande i övrigt


- Kunskap om genomannotering av icke modellorganismer.
- Erfarenhet av utveckling av program för assembly baserat på långa sekvenser
- God förmåga att programmera i R eller skript-språk, t.ex. Python anses positivt.
- Tidigare erfarenhet av att jobba inom forskarstöd är av stort intresse.
- Erfarenhet av verktyg för reproducerbart arbete, t.ex. Git, containers och ”workflow managers”.

Om anställningen 
Anställningen är tillsvidare, provanställning kan tillämpas. Omfattningen är 100 %. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala 

Upplysningar om anställningen lämnas av: Avdelningschef Dr. Henrik Lantz, henrik.lantz@imbim.uu.se 

Välkommen med din ansökan senast den 29 november 2022, UFV-PA 2022/4283.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.