Bioinformatiker i mikrobiomforskning med bioinformatikkompetens

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?
Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi (MTC) vid Karolinska Institutet bedriver forskning och undervisning inom immunologi, infektionsbiologi, cellbiologi och cancer.

På MTC bedrivs internationellt framstående forskning. CTMR (Centrum för translationell mikrobiomforskning) grundades 2016 som ett samarbete mellan Karolinska Institutet, Science for Life Laboratory (SciLifeLab) och Ferring Pharmaceuticals.

Ämnesbeskrivning
CTMR har utvecklats till en bred teknisk, biologisk, klinisk och epidemiologisk plattform för att studera komplexa mikrobiologiska samhällen och deras interaktion med människan både inom hälsan och sjukdom. Samarbetet mellan våra experter utgör en solid grund för att förstå mikrobiomets bidrag till normal fysiologi och patofysiologi och öppnar möjligheter för utveckling av nya terapier inom gastroenterologi, reproduktiv hälsa och neonatologi. Vi söker nu en Bioinformatiker inom mikrobiomforskning med god erfarenhet av de biostatistiska utmaningar som är kopplade till mikrobiomdata, som är fokuserad, driven och passionerad för att bidra till vårt mål att förbättra hälsan genom forskning på hög nivå.

Din roll
Som Bioinformatiker kommer du fokusera på analysarbete kring rollen hos mikrobiomet i ett flertal olika projekt med inriktning på studier av mikrobiomet och dess inverkan på/samverkan med människan. En central komponent i rollen är att ta stort ansvar för tilldelade studier för att kunna etablera analysplaner som kombinerar mikrobiomdata med ytterligare metadata från andra källor såsom annan omics-data, frågeformulär eller enkäter samt driva analysen i samråd med kollegor inom CTMR samt externa forskningspartners, med målet att generera vetenskapliga publikationer. Den framgångsrika kandidaten kommer arbeta i nära samarbete med flera olika team inom CTMR såsom klinisk epidemiologi, bioinformatik, och våtlabbshantering av prover, samt externa medarbetare utanför CTMR. Arbetsspråket är engelska.

Behörighetskrav
Behörig att anställas som Bioinformatiker är den som har uppvisat vetenskaplig skicklighet och har avlagt doktorsexamen eller har utländsk examen som bedöms motsvara svensk doktorsexamen.

Utöver de ovanstående grundläggande behörighetskraven skall sökande ha:

- Demonstrerad förmåga att kommunicera både verbalt och i text
- Demonstrerad förmåga att författa vetenskapliga artiklar
- Demonstrerad förmåga att analysera mänskliga mikrobiomdataset
- Erfarenhet av att arbeta i interdisciplinära team
- Erfarenhet med minst ett vanligt förekommande programmeringsspråk för mikrobiomanalys (Python eller R)

Ytterligare skickligheter som är särskilt meriterande för positionen:

- Erfarenhet av forskning kring det vaginala och/eller gastrointestinala mikrobiomet
- Förståelse för de unika egenskaperna som mikrobiomdata innehar och vilka statistiska utmaningar det innebär
- Erfarenhet av att arbeta med metadata för mikrobiomstudier enligt tillgängliga standarder, ontologier, och formatering av dito (t.ex. MIxS)
- Erfarenhet av att analysera både markörgen och metagenomisk data från DNA eller RNA med vetenskapligt etablerade tillvägagångssätt
- Erfarenhet av att assemblera och annotera sekvenseringsdata från bakterieisolat med short read och/eller long read data
- Erfarenhet av metagenomassemblering och binning
- Insikt i epidemiologiska tillvägagångssätt och studiedesign med speciellt fokus på applikation mot och utmaningar vid arbete med mikrobiomdata
- Erfarenhet av arbete på HPC-system med bash och Slurm
- Erfarenhet av att arbeta med programmeringskod med versionshantering (git/github)
- Erfarenhet av arbete med containers för bioinformatiskt arbete (Docker, Singularity)
- Erfarenhet av tekniker och ramverk för reproducerbara bioinformatiska analyser, t.ex. Snakemake eller Nextflow

Det är utifrån en sammantagen helhetsbedömning av de sökandes meriter och skicklighet som Karolinska Institutet bedömer vilken av de sökande som har de bästa förutsättningarna att bidra till en positiv utveckling av verksamheten.

Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.  

Placering: Solna

Ansökan
Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss