Bioinformatiker inom diabetesforskning

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens 100 främsta lärosäten. Här finns 40 000 studenter och fler än 8 000 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.


Medicinska fakulteten är ett verksamhetsområde inom Lunds universitet, med ansvar för utbildning och forskning inom medicin, vård och hälsa. Utbildningen sker i nära samverkan med sjukvården och är väl förankrad i fakultetens starka forskningstradition. Fakultetens forskning spänner över ett brett fält inom experimentell grundforskning, patientnära klinisk forskning och hälsovetenskaplig forskning. Medicinska fakulteten, med drygt 1800 anställda och 2700 studenter i Lund, Malmö och Helsingborg, är en kunskapsintensiv mötesplats för studenter, lärare och forskare från hela världen.

Institutionen för kliniska vetenskaper i Malmö är en av de sex institutionerna vid Lunds universitets medicinska fakultet. Vi har ett starkt fokus på klinisk och epidemiologisk forskning, och bedriver även en omfattande preklinisk laboratorieforskning.



Lunds Universitet Diabetes Centrum (LUDC; www.

ludc.med.lu.se) utlyser härmed en tjänst som bioinformatiker. LUDC är ett av världens största diabetes centra med cirka 300 anställda (forskare och övrig personal) som arbetar för att förebygga diabetes samt förbättra diagnostik och behandling av diabetes. För att nå dessa mål arbetar vi vid centret för att kombinera expertis inom genetik, epidemiologi, bioinformatik, molekylär och cell biologi, fysiologi och klinisk diabetes och endokrinologi.

LUDC har en stor samling biobanker och databaser med helgenomsdata länkat till nationella register med information rörande sjukdomsuppkomst och sjukdomsförlopp, såväl som länkat till register rörande behandling och respons på behandling. Centret har egna plattformar för de flesta molekylära genetiska metoder och metabolomik. Omics-information kombinerat med utförlig fenotypdata möjliggör att vi kan använda oss av ”systems medicine” för att förstå komplexiteten av diabetes. En viktig del för LUDC är att utveckla individanpassad behandling för att förbättra hälsan och livskvaliteten för patienter med diabetes.

Inom forskargruppen värnar vi om en arbetsplats som upplevs som utvecklande och stimulerande för alla medarbetare.

Anställningen är på heltid och är tidsbegränsad till ett halvår med start enligt överenskommelse.

Arbetsuppgifter

Sökanden kommer att ingå i den centrala bioinformatik- och beräknings-infrastrukturenheten för LUDC, som för närvarande består av 7 personer (inklusive bioinformatiker, en genetisk statistiker, en datahanterare, en datortekniker och en IT-datahanterare) som tillhandahåller bioinformatikrelaterat stöd till alla forskare inom LUDC-miljön.

Sökanden kommer att:

- Utveckla, implementera och testa standardiserade pipelines för att stödja gemensamma NGS-analyser, inklusive, men inte begränsat till, single-cell seq, RNA-seq, ChIP-seq, Exome-seq, etc.

-Genomföra downstream gene expression analyser, inclusive men inte begränsat till GO enrichment, correlation networks, pathway/functional annotation, sekvenseringsanalys, etc.

- Implementera anpassade bioinformatik och maskininlärningsalgoritmer för genomiska analyser

- Interagera med bänkforskare, tolka förfrågningar och leverera bioinformatiklösningar till icke-bioinformatiker

Kvalifikationer

För anställningen krävs:

- MSc i bioinformatik

- erfarenhet av dataanalys och data mining för att identifiera trender och producera meningsfulla datavisualiseringar

- erfarenhet av bearbetande av RNA-seq och ChIP-seq data

- arbetskunskap av R och Python, särskilt erfarenhet av det mest använda biological data processing packages som Bioconductor packages, Numpy och Pandas.

- erfarenhet av användning av de mest vanliga publika biologiska databaser och bioinformatiska verktyg.

- erfarenhet av att arbeta i en Linux-miljö

- erfarenhet av att ha arbetat i en high-power computing environment (cluster)

 - erfarenhet med versionsstyrningssystem som git eller mercurial

- erfarenhet av arbete med environment managers such as Conda or Docker

- erfarenhet av arbete med att skapa reproducerbara och stabile working pipeline med Snakemake

- utmärkta skriftliga och muntliga kommunikationsfärdigheter

- dokumenterade engelska kunskaper

 

Meriterande för anställningen är:

- kunskap om ett programmeringspråk (Java, Scala, C ++)

- kunskap om algoritmer för machine learning, som scikit-learning, Keras, Tensorflow

- en bra förståelse för linjär algebra och multivariabel kalkyl

- kunskap av arbete inom biostatistik och modellering, i.e. hypothesis testing, regression, survival analysis, etc.

- erfarenhet av processande av sekvenseringsdata från humana pancreas öar

- erfarenhet av processande av mass spectrometry data

- eventuella erfarenheter av att arbeta i en internationell miljö ses också som en tillgång

Viktigt att den sökande är flexibel, social, kan samarbeta, kan ta initiativ, är detaljorienterad och kan arbeta på ett väl dokumenterat sätt.

 

Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Ange gärna löneanspråk i din ansökan.




 

Lunds universitet välkomnar sökande med olika bakgrund och erfarenheter. Vi ser jämställdhet och mångfald som en styrka och tillgång. Välkommen med din ansökan! Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler.