Bioinformatiker inom genomik och singelcell-sekvensering

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens 100 främsta lärosäten. Här finns cirka 46 000 studenter och mer än 8 000 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.


Lunds universitet välkomnar sökande med olika bakgrund och erfarenheter. Jämställdhet, lika villkor och mångfald är grundläggande principer för alla delar av vår verksamhet.




Beskrivning av arbetsplatsen
Centrum för Translationell Genomik (CTG) är en prioriterad forskningsinfrastruktur vid Medicinska fakulteteten, Lunds universitet, som ingår i Clinical Genomics-plattformen inom SciLifeLab, Sveriges nationella forskningsinfrastruktur inom molekylära livsvetenskaper.

Clinical Genomics-plattformen syftar bl.a. till att erbjuda translationella och kliniska forskare tillgång till de senaste analysmetoderna inom genomik och singelcell-sekvensering, samt till att snabbt omsätta nya forskningsfynd till klinisk nytta i samarbete med hälso- och sjukvården.

Vi söker nu en driven och lösningsorienterad bioinformatiker i genomik, med särskilt fokus på singelcell-sekvensering och spatiala sekvenseringsanalyser. Som arbetsplats värnar vi om en god arbetsmiljö med respekt och omtanke i våra relationer med varandra.

Vi erbjuder
Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Vi har även ett flextidsavtal som skapar goda förutsättningar för balans mellan arbete och fritid.

Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd vid Lunds universitet, https://www.lu.se/om-universitetet/jobba-hos-oss

Arbetsuppgifter och ansvarsområden
De huvudsakliga arbetsuppgifterna i tjänsten är dataanalys, dataleverans och intern projekthantering av sekvenseringsprojekt, i första hand baserade på Illumina- och Oxford Nanopore Technology-plattformarna. Såväl laborativt som bioinformatiskt är ansvarsområdena idag uppdelade inom genomik, transkriptomik, singelcell- och spatiala analyser. Fokus i den aktuella tjänsten ligger på singelcell-sekvensering (t.ex. 10X Genomics-baserat), men beroende på erfarenhet kan ansvarsområdena i den nya tjänsten delvis anpassas i dialog med ansvariga för enheten.

Mer specifikt kommer dina arbetsuppgifter att innefatta:

- Driftsansvar för befintliga bioinformatiska rutiner och flöden för data från de senaste sekvenseringsteknikerna, med särskilt fokus på singelcell-sekvensering (t.ex. mRNA, CITE-seq, ATAC-seq, multiomics).
- Utveckling av nya, och vidare optimering av befintliga bioinformatiska, flöden och analysmetoder, framför allt inom singelcell-sekvensering (genomiska applikationer) och spatiala analysmetoder (t.ex. 10X Genomics Visium).
- Bistå med bioinformatisk expertis i utvecklingsprojekt inom singelcell-sekvensering mellan CTG och lokala och nationella samarbetspartners.
- Möjlighet att delta i nationella spjutspetssamarbeten inom genomik och bioinformatik, t.ex. via SciLifeLab och det svenska nationella sekvenserings-inititivet Genomic Medicine Sweden.

Kvalifikationer
För anställningen krävs:

- Adekvat grundutbildning från universitet (d.v.s. med bioinformatik, genomik eller motsvarande som inriktning)
- erfarenhet av arbete med storskaliga sekvenseringsdata (DNA- och/eller RNA-baserat)
- erfarenhet av att arbeta i terminalbaserad Linux-miljö och i minst ett script-språk (t.ex. Python, Perl eller R)
- utmärkt förmåga till muntlig och skriftlig kommunikation på engelska

Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet. Arbetsuppgifterna kräver att du har en utmärkt förmåga till samarbete och kommunikation, en utmärkt förmåga att strukturera och prioritera i arbetet samt utmärkt förmåga att arbeta självständigt och utveckla arbetssätt, även där befintliga rutiner saknas.

Meriterande för anställningen är:

- doktorsutbildning inom adekvat forskningsområde (d.v.s. bioinformatik, genomik eller motsvarande)
- erfarenhet av arbete med genomik- och/eller transkriptomikdata
- erfarenhet av arbete med singelcell-sekvensering och/eller spatiala analyser.
- erfarenhet av arbete med bioinformatiska s.k. ”workflow managers” (t.ex. Nextflow eller Snakemake)
- erfarenhet av arbete med s.k. ”containers” (t.ex. Singularity eller Docker)
- erfarenhet av arbete med ”high-performance computing” (HPC)-kluster
- erfarenhet av arbete med, eller själv ha utvecklat, projekthanteringssystem och/eller databaser

Övrigt
Anställningen är en tillsvidareanställning på heltid med tillsättning snarast. Provanställning kan komma att bli aktuell.  

Så här söker du Anställningen söks via universitetets rekryteringssystem. Ansökan ska innehålla ett personligt brev där du beskriver hur du uppfyller kvalifikationskraven samt varför du är intresserad av anställningen. Ansökan ska även innehålla CV, inklusive publikationslista, en generell beskrivning av tidigare forskningsarbete, kopia av doktorsexamen samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av examensbevis, betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.)

Medicinska fakulteten är ett verksamhetsområde inom Lunds universitet, med ansvar för utbildning och forskning inom medicin, vård och hälsa. Utbildningen sker i nära samverkan med sjukvården och är väl förankrad i fakultetens starka forskningstradition. Fakultetens forskning spänner över ett brett fält inom experimentell grundforskning, patientnära klinisk forskning och hälsovetenskaplig forskning. Medicinska fakulteten, med drygt 1800 anställda och 2700 studenter i Lund, Malmö och Helsingborg, är en kunskapsintensiv mötesplats för studenter, lärare och forskare från hela världen.

Institutionen för laboratoriemedicin (ILM) är en av sex institutioner vid Medicinska fakulteten. Vi bedriver ledande forskning inom det laboratoriemedicinska fältet med fokus på hur sjukdomar uppkommer och hur vi kan förbättra patienters diagnostik och behandling. Några av våra starkaste områden med forskning i världsklass, handlar om cancer-, genetik- och blodforskning.

Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler.