Bioinformatiker inom kryo-EM och andra strukturbiologiska tekniker

vid Institutionen för biokemi och biofysik. Sista ansökningsdag: 2023-01-16.

SciLifeLab, Science for Life Laboratory, är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper i Sverige, som utvecklar och underhåller unik forskningsinfrastruktur, tjänster och dataresurser för livsvetenskaplig forskning. SciLifeLabs främsta mål är att möjliggöra banbrytande, mångvetenskaplig forskning och främja att forskningen tillämpas till nytta för samhället. Cirka 200 forskargrupper, 1 500 forskare och 40 nationella infrastruktur enheter är kopplade till SciLifeLab. De två huvudnoderna är placerade i Stockholm och Uppsala, men SciLifeLab har nationella faciliteter vid alla större svenska lärosäten.

SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) är ett 12-årigt initiativ som fokuserar på datadriven forskning, inom områden som är grundläggande för att förbättra människors liv, upptäcka och behandla sjukdomar, skydda biologisk mångfald och bidra till hållbar utveckling. Programmet avser att utbilda och rekrytera nästa generation av forskare inom datadriven livsvetenskap samt att skapa starka och internationellt konkurrenskraftiga beräknings- och datavetenskapliga forskningskapaciteter inom svensk livsvetenskap. Programmet avser även att stärka nationella samarbeten mellan lärosäten, överbrygga klyftan mellan de data- och livsvetenskapliga forskarsamhällena, samt etablera partnerskap med industri, hälso- och sjukvård och andra nationella och internationella aktörer.

Som en del av DDLS-programmet erbjuder SciLifeLabs plattform för bioinformatik (NBIS) stöd till vetenskapligt framstående projekt vid svenska universitet. NBIS är en stor nationell infrastruktur med ca 100 medarbetare, som tillhandahåller avancerad support, infrastruktur och utbildning till svenska forskare inom biovetenskap. Vi söker nu två bioinformatiker med expertis inom strukturbiologi till NBIS support-grupp, för att etablera strukturbiologi som en ny nationell stödfunktion som en del av DDLS-initiativet. SciLifeLabs nya plattform för integrerad strukturbiologi och andra stora initiativ som MAX IV och ESS placerar Sverige i en unikt stark position för strukturbiologisk forskning, och tillsammans med de framsteg inom proteinstrukturprediktion som nyligen gjorts är detta ett snabbt evolverande fält av betydelse för många forskningsområden. Support-gruppen består i nuläget av närmare 60 seniora heltidsanställda bioinformatiker, med expertis inom dataanalys för många olika biovetenskapliga tekniker och forskningsfält.

Vi söker nu skickliga och motiverade kandidater för att etablera nationell bioinformatik-support huvudsakligen fokuserad på analys av data från kryoelektronmikroskopi (kryo-EM). Denna tjänst kommer att utvecklas i nära samarbete med SciLifeLabs enhet för cryo-EM, som har ledande utrustning och expertis inom cryo-EM partikelanalys, kryoelektrontomografi (kryo-ET) och microED, och tillhandahåller erbjuder tjänster från provoptimering till datainsamling till mer än 150 forskargrupper i Norden.

Anställningen är placerad vid SciLifeLab Stockholm, som är beläget i anslutning till Karolinska Institutet i Solna.


Arbetsuppgifter
Den anställde kommer att:


• Utföra avancerade dataanalyser inom nationellt prioriterade projekt.
• Potentiellt utveckla verktyg och arbetsflöden för sådana analyser.
• Lära ut bioinformatik till andra forskare genom att samarbeta inom projekt, undervisa på nationella kurser och delta i konsultationer.
• Bidra till den löpande utvecklingen av NBIS, Kryo-EM-enheten och DDLS-programmet på en nationell nivå.

Kvalifikationer
Vi söker två drivna bioinformatiker med gedigen bakgrund och stort intresse för att tillämpa strukturbiologiska analyser för att besvara biologiska eller medicinska frågeställningar.

Den sökande ska (i) ha doktorsexamen inom strukturbiologi eller annat relevant område, (ii) vara mycket erfaren inom analys av data från Kryo-EM, röntgenkristallografi eller NMR, (iii) flytande behärska talad och skriven engelska, (iv) vara mycket skicklig på att samarbeta och kommunicera med andra.

Postdoktorala studier är en stark merit men inte ett krav. Kunskaper i ett eller flera programmeringsspråk är också starkt meriterande, och färdigheter i experimentell design skulle vara en fördel.

Goda kunskaper inom behandling av kryo-EM-data med kryoSPARC, Relion, cisTEM eller liknande program är också en stark merit. Erfarenhet med verktyg för strukturpredition, som Rosetta och AlphaFold, är också en stark merit.

Vidare skulle bekantskap med program för tomografisk rekonstruktion och ”subtomogram averaging”, som exempelvis IMOD EMClarity och M, vara en fördel.

Stor vikt kommer läggas vid personlig lämplighet.

Anställningsvillkor
Anställningen avser heltid och gäller tills vidare med sex månaders provanställning. Stockholms universitet tillämpar individuell lönesättning, ange därför gärna löneanspråk. Tillträde enligt överenskommelse.

Stockholms universitet strävar efter att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla.

Kontakt
Närmare information om anställningen lämnas av, Björn Nystedt NBIS Bioinformatics Support Manager bjorn.nystedt@scilifelab.se, tfn 018 471 44 13, och Marta Carroni, Head of Cryo-EM Unit marta.carroni@scilifelab.se, tfn 08 16 10 13.

Fackliga företrädare
Ingrid Lander (Saco-S), tfn 0708-16 26 64, saco@saco.su.se, Alejandra Pizarro Carrasco (Fackförbundet ST/Lärarförbundet), tfn 08-16 34 89, alejandra@st.su.se, samt seko@seko.su.se (SEKO).

Ansökan
Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

OBS! Den fullständiga annonsen hittar du på Stockholms universitets webbplats www.su.se/jobb under Lediga jobb.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.

Välkommen med din ansökan!


Stockholms universitet bidrar till det hållbara demokratiska samhällets utveckling genom kunskap, upplysning och sanningssökande.