Bioinformatiker med expertis inom infektionsbiologi

Första forskningsingenjör: Bioinformatiker med expertis inom infektionsbiologi
Institutionen för Fysiologisk botanik
Sista ansökningsdag: 2023-08-23

SciLifeLab, Science for Life Laboratory, är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper i Sverige, som utvecklar och underhåller unik forskningsinfrastruktur, tjänster och dataresurser för livsvetenskaplig forskning.

SciLifeLabs främsta mål är att möjliggöra banbrytande, mångvetenskaplig forskning och främja att forskningen tillämpas till nytta för samhället. Cirka 200 forskargrupper, 1 500 forskare och 40 nationella infrastrukturenheter är kopplade till SciLifeLab. De två huvudnoderna är placerade i Stockholm och Uppsala, men SciLifeLab har nationella faciliteter vid alla större svenska lärosäten.

SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) är ett 12-årigt initiativ som fokuserar på datadriven forskning, inom områden som är grundläggande för att förbättra människors liv, upptäcka och behandla sjukdomar, skydda biologisk mångfald och bidra till hållbar utveckling. Programmet avser att utbilda och rekrytera nästa generation av forskare inom datadriven livsvetenskap samt att skapa starka och internationellt konkurrenskraftiga beräknings- och datavetenskapliga forskningskapaciteter inom svensk livsvetenskap.

DDLS-programmet etablerar en nationell Data Science Node i "Epidemiologi och biologi av infektioner" vid Umeå universitet med ett nationellt ansvar att utveckla datatjänster och avancerat stöd för dataanalys. Vi söker nu framstående kandidater för att tillhandahålla avancerat bioinformatikstöd till utvalda datadrivna svenska forskningsprojekt av vetenskaplig excellens. 

Data Science Node personalen kommer att vara väl integrerad med den lokala forskargruppen, men också kopplad till SciLifeLab Data Centre och Bioinformatikplattformen vid SciLifeLab (National Bioinformatics Infrastructure Sweden, NBIS), en unik nationell infrastruktur med över 120 experter, som tillhandahåller avancerat bioinformatikstöd, infrastruktur och utbildning till den svenska forskargruppen inom livsvetenskap och deltar i internationella samarbeten. 

Din framtida arbetsplats 
Institutionen för Fysiologisk botanik är värd för den största bioinformatiska sektionen vid Umeå universitet med över 20 bioinformatiker och den Svenska Metabolomikfaciliteten. Du kommer att arbeta i en stark grupp av bioinformatiker som både hjälper andra forskare med analys och utvecklar området själva. Bioinformatikgruppen arbetar med projekt inom alla områden av livsvetenskap. Institutionen för Fysiologisk botanik är en del av Umeå Plant Science Centre med totalt över 200 forskare i mer än 35 forskargrupper och med stark, tvärvetenskaplig, samarbetsinriktad och expanderande forskning. Vi är också en stark partner i Kemiskt-Biologiskt Centrum (KBC), en knutpunkt för livsvetenskap som är värd för flera nationella instrument- och teknikplattformar. För mer information om att arbeta vid Umeå universitet: https://www.umu.se/jobba-hos-oss/.

Arbetsuppgifter
Ditt arbete kommer att innefatta dataanalys och vetenskaplig slutledning på en internationellt konkurrenskraftig nivå, samt att vara en drivkraft för bioinformatik inom forskarutbildningen De huvudsakliga arbetsuppgifterna är att:

- Utföra avancerade dataanalyser inom nationellt prioriterade datadrivna projekt
- Potentiellt utveckla verktyg och arbetsflöden för sådana analyser
- Utbilda andra forskare inom bioinformatik genom samarbete inom stödda projekt, avancerade nationella kurser och konsultationer.
- Engagera sig i den kontinuerliga utvecklingen och förbättringen av DDLS-programmet, Data Science-noden och SciLifeLab Bioinformatics plattformen på nationell nivå

Kvalifikationskrav
Vi söker en bioinformatiker med en stark bakgrund och intresse inom epidemiologi och biologi av infektioner. För att vara en kvalificerad sökande ska du ha:

(i) en doktorsexamen inom bioinformatik eller data science, eller motsvarande
(ii) omfattande (5+ år) erfarenhet av att utföra avancerade vetenskapliga analyser på storskaliga dataset, och förmågan att utföra storskalig molekylär dataanalys och vetenskaplig slutledning på en internationellt konkurrenskraftig nivå. Tekniska kompetenser av särskilt intresse är encells- och spatial omics-dataanalys, dataintegrering, samt genomik och metagenomik av mikroorganismer.
(iii) färdighet i terminalbaserat arbete i en Linuxmiljö och avancerad skriptprogrammering i ett relevant skriptspråk (t.ex. Python, Perl eller R)
(iv) mycket goda muntliga och skriftliga kommunikationsfärdigheter på engelska, och
(v) starka färdigheter i samarbete och kommunikation.

Ytterligare kvalifikationer
Postdoktorala studier är meriterande men inte ett krav. Erfarenhet av avancerade bioinformatiska studier av immunsystemet, värd-patogen interaktioner, eller storskaliga mikrobiella studier är en stark merit. Avancerade dataintegrationsmetoder, och erfarenhet av att använda avancerade statistiska och/eller maskininlärningsmetoder är också meriterande, liksom starka färdigheter i experimentell design. "Reproducerbar forskning" och "FAIR data" är centrala koncept för oss, och dokumenterade färdigheter i utveckling av reproducerbar kod genom att använda koddelningsplattformar, arbetsflödesspråk och containerösningar är en merit.

Anställningsvillkor
Anställningen är på heltid och tillsvidare. Provanställning 6 månader kan komma att tillämpas. Startdatum 2023-10-01 eller enligt överenskommelse.

Ansökan
Din ansökan bör innehålla

- Ett personligt brev, max 2 sidor, inklusive en motivering till varför du vill ansluta dig till detta arbete
- CV med publikationslista
- Doktorsexamensbevis

Du ansöker via vårt rekryteringssystem Varbi. Sista ansökningsdag är 2023-08-23.

Kontakt
Björn Nystedt, NBIS Support Manager, tel +46 18 471 44 13, bjorn.nystedt@scilifelab.se
Johan Trygg, UmU DDLS Data Science Node, tel +46 730 647 137, johan.trygg@umu.se
Johannes Hanson, Inst. för fysiologisk botanik, tel +46 722 243 283, johannes.hanson@umu.se

Institutionen för fysiologisk botanik är en del av Umeå Plant Science Centre med cirka 200 medarbetare som består av bland annat av 40 gruppledare och representerar för närvarande 48 olika nationaliteter (för mer information, se http://www.upsc.se eller http://www.plantphys.umu.se/english/). Vår huvudsakliga verksamhet är akademisk forskning och utbildning som innefattar områden som ekologi, biokemi, plant fysiologi samt genomik.