Bioinformatiker med expertis inom precisionsmedicin (2 tjänster)

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
https://www.

scilifelab.se/, Science for Life Laboratory, är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper i Sverige, som utvecklar och underhåller unik forskningsinfrastruktur, tjänster och dataresurser för livsvetenskaplig forskning. SciLifeLabs främsta mål är att möjliggöra banbrytande, mångvetenskaplig forskning och främja att forskningen tillämpas till nytta för samhället. Cirka 200 forskargrupper, 1 500 forskare och 40 nationella infrastrukturenheter är kopplade till SciLifeLab. De två huvudnoderna är placerade i Stockholm och Uppsala, men SciLifeLab har nationella faciliteter vid alla större svenska lärosäten.

SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (https://www.scilifelab.se/data-driven) är ett 12-årigt initiativ som fokuserar på datadriven forskning, inom områden som är grundläggande för att förbättra människors liv, upptäcka och behandla sjukdomar, skydda biologisk mångfald och bidra till hållbar utveckling. Programmet avser att utbilda och rekrytera nästa generation av forskare inom datadriven livsvetenskap samt att skapa starka och internationellt konkurrenskraftiga beräknings- och datavetenskapliga forskningskapaciteter inom svensk livsvetenskap.

DDLS-programmet etablerar nu en nationell nod inom precisionsmedicin och diagnostik, med ett nationellt ansvar för att utveckla datatjänster och tillhandahålla bioinformatikstöd. Nodens personal kommer att anställas på Karolinska Institutet (KI), med placering vid Compliance & Data Office (CDO), en del av avdelningen för forskarstöd, på KIs campus i Solna där även SciLifeLabs Stockholmsnod är placerad. CDO tillhandahåller brett stöd inom datahantering, hälsodata, kliniska studier, etik och rådgivning kring lagar och regler, och utvecklar nu inom DDLS-programmet mer specifikt stöd för precisionsmedicin och diagnostik. Placeringen vid KI möjliggör också nära interaktioner med regionala och lokala initiativ relaterade till precisionsmedicin, t. ex. Precision Medicine Center Karolinska (PMCK), som är ett samarbete med Karolinska sjukhuset, och det universitetsövergripande initiativet Datadriven forskning på KI (DDKI). Bioinformatikerna kommer att integreras med SciLifeLab bioinformatikplattform (https://www.nbis.se/), en unik nationell infrastruktur med över 100 medarbetare, som tillhandahåller avancerad support, infrastruktur och utbildning till svenska forskare inom livsvetenskap. Vi söker nu enastående kandidater med kompetens inom datadriven precisionsmedicin och relaterade dataanalyser, för att tillhandahålla avancerat bioinformatikstöd till vetenskapligt framstående datadrivna svenska forskningsprojekt inom precisionsmedicin och diagnostik. Dessa positioner utgör en unik möjlighet att ingå i ett translationellt lagarbete för att bidra till förbättrade behandlingar och ökad livskvalitet, vilket i framtiden kommer att rädda liv.

Arbetsuppgifter

De huvudsakliga arbetsuppgifterna är att:

- Utföra avancerade dataanalyser inom nationellt prioriterade datadrivna projekt.
- Potentiellt utveckla verktyg och arbetsflöden för sådana analyser, och tillgängliggöra dessa för användning av andra forskare.
- Lära ut bioinformatik till andra forskare genom att samarbeta inom projekt, undervisa på nationella kurser och delta i konsultationer.
- Bidra till den löpande utvecklingen av DDLS-programmet och SciLifeLabs bioinformatikplattform på en nationell nivå.

Analysarbetet kan till exempel inbegripa klassificering av patienter utifrån molekylära profiler och journaldata, för att möjliggöra mer informerade beslut om behandling. Bioinformatikerna kommer också stödja preklinisk forskning, exempelvis studier i modellsystem för att öka kunskapen om sjukdomsmekanismer genom analys av s.k. multi-omics data, bilder och/eller dos-respons profiler.

Kvalifikationer

Vi söker en driven forskare med gedigen erfarenhet av storskaliga dataanalyser inom medicinsk forskning. Den sökande behöver uppfylla följande krav:

- Doktorsexamen inom bioinformatik, biomedicin, datavetenskap eller annat relaterat område som arbetsgivaren finner relevant för anställningen.
- Stor erfarenhet (minst 3 år) av avancerade bioinformatikanalyser på storskaliga molekylära data (t. ex. genetisk variation, transkriptomik, proteomik eller metabolomik) i relation till hälsoutfall, som sjukdomsrisk, överlevnadstid och behandlingssvar, i människa eller modellsystem.
- Erfarenhet av biostatistik eller maskininlärning, och kunskap om när det är lämpligt att tillämpa sådana metoder och deras begränsningar.
- God förmåga i ett eller flera programmeringsspråk, samt i att arbeta effektivt i Linux kommandoradsmiljö och på storskaliga datorkluster.
- Flytande behärska talad och skriven engelska.
- Skicklig på att samarbeta och kommunicera med andra, liksom förmåga att driva projekt självständigt.

Meriter

Postdoktorala studier är en stark merit men inte ett krav. Kunskaper om kliniska prövningar inom precisionsmedicin, translationell medicinsk forskning, hälsoinformatik och upptäckande av biomarkörer är starka meriter. Skicklighet inom integrativa analyser av s.k. multi-omics data, avancerad datavisualisering och medicinsk bildanalys är också starkt meriterande. Stor vikt kommer läggas vid personlig lämplighet och kommunikationsförmåga för arbete inom multidisciplinära grupper.

Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.  

Placering: Solna

https://ki.se/om-ki/tio-skal-att-valja-karolinska-institutet