Bioinformatiker (system och datahantering)

Uppsala universitet

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till ett av de 100 bästa universiteten i världen och en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 40 000 studenter, 6 000 anställda och en omsättning på cirka 5,5 miljarder kronor.







Bioinformatiker (system och datahantering) med placering vid Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Rudbecklaboratoriet, med uppdrag att utveckla bioinformatiska system och datahantering för den nya faciliteten för Klinisk sekvensering.

Anställningen har tillträde snarast eller enligt överenskommelse och är en tidsbegränsad anställning på två år.

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet (http://www.igp.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på genomik, cancer och molekylär diagnostik. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera närmare samarbete mellan kliniska och prekliniska forskare. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, bioinformatik, patologi, tumörbiologi samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för klinisk genetik, immunologi och patologi-cytologi vid Akademiska sjukhuset, Uppsala. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskaplig fakultet. Institutionen omsätter omkring 255 mkr och har ca 340 personer i sin arbetsstyrka, varav ca 90 är doktorander.

Science for Life Laboratory (SciLifeLab) är ett samarbete mellan fyra universitet i Stockholm och Uppsala: Stockholms universitet, Karolinska Institutet, Kungliga Tekniska högskolan och Uppsala universitet. SciLifeLab är ett nationellt centrum för storskalig biovetenskap med fokus på hälso-och miljöforskning. Centret kombinerar avancerad teknisk know-how och state-of-the-art utrustning med en bred kunskap inom translationell medicin och molekylär biovetenskap.

Klinisk Sekvensering är en ny nationell SciLifeLab-facilitet, organiserad av Uppsala universitet, Uppsala Akademiska Sjukhus, och Science for Life Laboratory, med uppdraget att tillhandahålla kliniska genetiska test för olika former av cancer och ärftliga sjukdomar med hjälp av de senaste teknikerna för DNA-sekvensering, s.k. next-generation sequencing. Tillsammans med genetiker och läkare kan vår facilitet leverera kliniska bedömningar av upptäckta genetiska varianter, för att de främsta teknikerna och forskningsframstegen så snabbt och bra som möjligt ska komma patienter till nytta. 

Arbetsuppgifter: Vi vill anställa en bioinformatiker eller programmerare på heltid för att driva utvecklingen av produktionssystem, databaser och datahantering till vår facilitet. Detta omfattar bl.a. utveckling av serverapplikationer, databaser och användargränssnitt, samt protokoll och flöden av data till och från våra analyssystem på högpresterande datorkluster. En särskilt viktig aspekt av produktionssystemet är datasäkerhet och hantering av patientdata samt stora volymer genetisk information. Tjänsten innehåller även systemadminstration, databasskötsel, samt viss användarsupport. Den anställde kommer att jobba tillsammans med läkare och kliniker, sjukhusgenetiker, programmerare, bioinformatiker och molekylärbiologer inom vår facilitet och även i nationella och internationella samarbeten. Klinisk sekvensering är även ett nytt och intensivt forskningsområde och den anställde kommer att bidra till publicering och presentation av både tekniska och biologiska resultat och metoder.

Kvalifikationskrav: Personen vi söker ska ha uppnått magister- eller civilingenjörsexamen i  ett område lämpligt för tjänsten, såsom t.ex. bioinformatik, datateknik, bioteknik, fysik eller liknande. Dessutom krävs

-Dokumenterad erfarenhet av databasdesign, programmering och drift.

-Dokumenterad kunskap i programmering i antingen Java, C/C++, Python eller Perl.

-Dokumenterad erfarenhet med Linux-system, inklusive systemadministation och datasäkerhet.

-God förmåga att uttrycka sig såväl muntligt som skriftligt på engelska.

-God samarbets- och kommunikationsförmåga, samt förmåga att dokumentera arbetets gång.

Önskvärt och meriterande i övrigt: Kunskap eller intresse för bioinformatik, särskilt next-generation sekvensering, genetik, medicin eller biologi i allmänhet är meriterande, liksomkunskap om hårdvara, statistik och programmering i R.

Sökande behöver ha god arbetsdisciplin och nogrannhet, och en förståelse för datasäkerhetsaspekter rörande patientdata och genetisk information. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Ansökan skall innehålla CV, kopior av examensbevis och betyg, eventuella publikationer och en kort beskrivning av dina forskningsintressen. Vi ser gärna att du lämnar uppgifter om referenspersoner. Ansökningarna bedöms enligt följande kriterier: Lämplig grundutbildning, tidigare erfarenhet av arbete och/eller forskning inom närliggande område samt personlig lämplighet.

Lön Individuell lönesättning tillämpas. Ange löneanspråk i ansökan.

Upplysningar om anställningen lämnas av facility manager Johan Rung 018-471 4656, johan.rung@scilifelab.uu.se eller platform director Richard Rosenquist Brandell 018-471 4831, richard.rosenquist@igp.uu.se.  

Välkommen med din ansökan senast den 31 januari 2014, UFV-PA 2013/3522 Klicka på länken nedan för att komma till ansökningsformuläret.

Bioinformatiker (system och datahantering) 


Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Vi tar enbart emot ansökan på det sätt som beskrivs i annonsen.