Bioinformatiker till centrum för molekylär diagnostik i Lund

Gör skillnad. Varje dag.

Centrum för molekylär diagnostik (CMD) bildades år 2016 i syfte att stärka molekylär diagnostik baserad på den nya generationens sekvenseringsteknik (NGS) i första hand. CMD är en del av verksamhetsområde klinisk genetik och patologi, men utgör ett resurs- och kompetenscentrum för samtliga laboratoriemedicinska verksamheter som bedriver NGS-baserad diagnostik. Verksamheten arbetar i nära samverkan med både Skånes universitetssjukhus (Sus) och Medicinska fakulteten vid Lunds universitet i syfte att stärka klinisk implementering och forsknings- och utvecklingsarbete.

Hos oss finns stor expertis inom sekvenserings- och genomikteknologier, och sett både i nationellt och internationellt perspektiv ligger enheten i teknisk framkant med tillgång till mycket kraftfulla sekvenseringsinstrument. För beräkningar använder centret ett dedikerat kluster vid Lunds universitets superdatorcentrum (LUNARC), och för dataanalys och varianttolkning utvecklas, valideras och förbättras bioinformatiska flöden och olika typer av webbaserade tolkningsstöd kontinuerligt.

CMD arbetar nära centrum för translationell genomik (CTG), Lunds universitet, i toppmoderna och särskilt anpassade lokaler för att snabbt kunna translatera forskningsfynd inom nya områden till patientnytta i form av klinisk diagnostik. CMD tillsammans med CTG utgör även en facilitet (Clinical Genomics Lund) inom den nationella forskningsinfrastrukturen SciLifeLab, och är en av de drivande aktörerna inom det nationella sekvenseringsinitiativet Genomic Medicine Sweden.

ARBETSUPPGIFTER
Vi utökar nu vårt bioinformatikteam med en driven och lösningsorienterad bioinformatiker, som trivs med att arbeta i ett team bestående av olika professioner. De aktuella tjänsterna går delvis att anpassa och utforma utifrån dina kvalifikationer tillsammans med ansvariga för enheten. De huvudsakliga arbetsuppgifterna är emellertid följande:
- Ansvar för drift och kontinuerliga förbättringar av etablerade bioinformatiska rutinflöden.
- Ansvar för utveckling, validering och dokumentering av nya bioinformatiska flöden.
- Ansvar för utveckling, drift och förbättring av olika typer av mjukvaror (varianttolknings- och variantprioriteringsstöd) för att underlätta tidseffektiv och patientsäker tolkning av sjukdomsorsakande mutationer.
- Stöd till tolkningsansvariga kring svårtolkade genetiska varianter eller i tekniska frågor rörande sekvensering eller bioinformatik.
- Arbete i nationella spjutspetssamarbeten inom genomik och bioinformatik.

Den kodbas som framförallt används vid enheten är baserad på Python och Perl. Vidare pågår en överföring av alla flöden till en workflow manager (Nextflow). Alla pipelines paketeras även in i en container-lösning (Singularity) för att dels öka portabiliteten och ytterligare förstärka spårbarheten och dels för att underlätta ett större bioinformatikutbyte i pågående nationella samarbetsprojekt.

KVALIFIKATIONER
Vi välkomnar dig som har kandidat- eller magisterexamen inom adekvat ämnesområde, det vill säga med bioinformatik och genomik som bas, alternativt minst fyra års relevant arbetserfarenhet inom bioinformatik från näringsliv, sjukvård eller akademi. Goda kunskaper i svenska och/eller engelska är ett krav för tjänsten. Du har erfarenhet av arbete med sekvenseringsdata (DNA- och eller RNA-baserat). Vidare har du erfarenhet av arbete versionssystemet git och av arbete i en terminalbaserad Linux-miljö, samt i minst ett script-språk, exempelvis Python, Perl eller R. Du har även god förmåga till samarbete och kommunikation samt förmåga att strukturera och prioritera i arbetet. Därutöver har du god problemlösningsförmåga och förmåga att arbeta självständigt även där befintliga rutiner saknas.

Vi ser det som meriterande om du har doktorsutbildning inom adekvat forskningsområde, det vill säga inom bioinformatik, genomik eller motsvarande. Vi ser även erfarenhet av arbete med containers (exempelvis Singularity och Docker) och workflow managers (exempelvis Snakemake och Nextflow) som meriterande. Vidare är det meriterande om du har erfarenhet av arbete i en verksamhet med dokumenteringskrav, såsom från ett ackrediterat laboratorium. Därutöver ser vi erfarenhet av arbete i gemensam kodbas och arbete med utveckling av databaser, exempelvis i SQL eller NoSQL (mongodb), som meriterande.

Som person ser vi att du har ett noggrant, kvalitetsmedvetet och självständigt arbetssätt samt god kommunikativ förmåga, i såväl tal som i skrift. God samarbetsförmåga och flexibilitet krävs. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Observera att denna annons finns publicerad även på engelska och är kopplad till en huvudannons. Du kan därför komma att slussas vidare när du söker jobbet.

Vi tillämpar löpande urval i denna rekrytering, varmt välkommen med din ansökan redan idag!

ÖVRIGT
Region Skåne ansvarar för hälso- och sjukvård, kollektivtrafik och en hållbar utveckling i hela Skåne. Vårt högsta beslutande organ är regionfullmäktige, som väljs direkt av invånarna i Skåne.

Region Skåne är en värderingsstyrd organisation som arbetar med värderingarna välkomnande, drivande, omtanke och respekt som grund för allt vi gör.

Medicinsk service, med cirka 2 000 medarbetare, möter vårdens behov av ambulanssjukvård, bild- och laboratorieteknik, klinisk träning, laboratoriemedicin och sjukvårdsrådgivning. Den laboratoriemedicinska verksamheten omfattar områdena arbets- och miljömedicin, biobank, genetik, immunologi och transfusionsmedicin, kemi, mikrobiologi samt patologi. Förvaltningen bedriver även forskning och utveckling inom sina områden.

På http://www.skane.se/rekryteringsstatus kan du se i vilket skede Region Skånes rekryteringar befinner sig och hur många som har sökt tjänsterna.

Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare:

Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser.