Bioinformatiker till institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Institutionen för mikrobiologi, tumör-och cellbiologi (MTC) vid Karolinska Institutet i Solna bedriver forskning och undervisning inom immunologi, infektionsbiologi, cellbiologi och cancer.

MTC har ca 230 anställda och ca 140 övriga forskare knutna till institutionen. Våra ledord är tvärvetenskaplighet, kliniskt förankrad grundforskning samt nationellt och internationellt samarbete.

Vi letar efter en ny medarbetare med kompetens inom områdena bioinformatik, mikrobiologi, genomik, och programmering för en roll som bioinformatiker till forskargruppen för Jan Albert. Forskargruppen är placerad vid Klinisk Mikrobiologi på Karolinska Universitetssjukhuset och samarbetar mycket nära med avdelningen Clinical Genomics (https://www.scilifelab.se/facilities/clinical-genomics-stockholm) som är en nationell infrastruktur vid SciLifeLab med uppdrag att i samverkan med svensk sjukvård utveckla och implementera avancerade tester baserad på genomik och next generation sekvensering (NGS) inom sjukvården.

Din roll
Arbetet som bioinformatiker kommer att innebära nära samarbete med andra bioinformatiker, läkare, molekylärbiologer, systemutvecklare och andra specialister i konstellationen. Vi kan erbjuda en spännande arbetsmiljö där målsättningen är att långsiktigt förbättra patientvården och även bedriva translationell forskning. Vi erbjuder även utmanande arbetsuppgifter och en gruppkänsla där alla arbetar mot samma mål. Tekniskt sätt ligger vårt arbete i absolut världsklass och vi jobbar aktivt med att testa gränser och vidareutveckla vår verksamhet.

I rollen ingår bland annat att:

- Utveckla bioinformatiska analysflöden för mikrobiologisk forskning och diagnostik.
- Utvärdera och implementera nya analysverktyg, speciellt för mikrobiologisk metagenomik och helgenomsekvensering av SARS-CoV-2, HIV och andra virus.
- Delta i analys av patientprover i flera pågående forskningsprojekt och kliniska implementationsprojekt

Vem är du?
Vi söker dig som har en doktorsexamen inom life science och dokumenterad kompetens och erfarenhet av utveckling av bioinformatiska analysflöden inom NGS. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper som främjar internt och externt samarbete.

Krav för rollen:

- Doktorexamen inom relevant life science ämnesområde
- Utmärkta kunskaper i bioinformatik inom genomik och NGS, inklusive short read, long read och kombinationer därav.
- Mycket goda programmeringskunskaper i Python
- Obehindrat arbete i linux-miljö
- Obehindrat behärska engelska i skrift och tal
- Basal kunskap i svenska och svensk arbetslivserfarenhet

Meriterande för rollen:

- Erfarenhet av arbete med mikrobiella frågeställningar
- Erfarenhet av arbete i Nextflow
- Erfarenhet av arbete med Docker/Singularity/Podman teknologier
- Erfarenhet av att leverera strukturerad kod
- Erfarenhet av arbete med system för versionskontroll (tex git)

Vad erbjuder vi?
En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet även en statlig myndighet. Det innebär att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal, generös semester och en bra tjänstepension. Du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och får ersättning för läkarvård.

 

Placering: Solna

 

Ansökan
Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker med du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss