Bioinformatiker till sektionen för molekylär diagnostik i Lund

Gör skillnad. Varje dag.

Verksamhetsområde klinisk genetik och patologi har drygt 400 medarbetare fördelade på fyra orter i Skåne och består av sektionerna klinisk genetik, klinisk patologi och molekylär diagnostik. Sektionen för molekylär diagnostik, med drygt 90 medarbetare, har som uppdrag att bedriva högspecialiserad och modern laboratoriediagnostik inom olika metodområden utifrån sjukvårdens växande behov. Vårt arbete sker i nära samverkan med Lunds universitet och inom ramen för nationella initiativ såsom Genomic Medicine Sweden.

Inom sektionen för molekylär diagnostik ingår bland annat Centrum för Molekylär Diagnostik (CMD), där arbetet främst är inriktat på massiv parallell sekvensering (MPS/NGS). CMD bedriver rutindiagnostik inom flera områden, såsom genpaneler och helgenomsekvensering, men är parallellt mycket utvecklingsintensiv. Under år 2021 utfördes mer än 14000 NGS-analyser (varav 7000 var SARS-CoV-2) vid CMD med inriktning på cancer, ärftliga frågeställningar och mikrobiologi. På CMD arbetar cirka 35 medarbetare med expertis inom NGS och bioinformatik.

Bioinformatikteamet består av 11 personer med olika specialistkompetenser, som tillsammans sköter utveckling och drift av allt från bioinformatiska pipelines och infrastruktur till IT-system, labbintegration/-automation och mjukvaror för tolkning av analysresultat. Teamet jobbar även i ett tätt samarbete med bioinformatiker inom Centrum för translationell genomik, Lunds universitet. Arbetet sker i Linux-baserade miljöer, på bland annat ett dedikerat kluster med 1272 CPU-cores för high performance computation som specialbyggts för verksamheten. Nationellt arbetas det även med att implementera en storskalig molnbaserad lösning (Nationell genomikplatform) som kommer att bli en resurs för beräkning, analys och lagring för alla regioner i landet. Data genereras på CMD i en av Sveriges större maskinparker för short-read-sekvensering, med bland annat två Illumina NovaSeq 6000.

ARBETSUPPGIFTER
Vi söker en driven och lösningsorienterad medarbetare till vårt bioinformatikteam. Tjänsterna går delvis att anpassa och utforma utifrån dina erfarenheter och kunskaper, men extra intresse finns för en person med erfarenheter utav full stack programmering.

Dina huvudsakliga arbetsuppgifter är att:
• Arbeta med utveckling av nya bioinformatiska flöden inom bland annat helgenom- och transkriptomanalys på allt från virus till människor.
• Ansvara för drift och kontinuerliga förbättringar av etablerade bioinformatiska flöden.
• Arbeta med utveckling, drift och förbättring av mjukvaror för visualisering och utvärdering av bioinformatiska resultat.
• Stödja genetiker/molekylärbiologer kring tolkning av genetisk data eller i tekniska frågor rörande sekvensering eller bioinformatik.
• Arbeta i nationella spjutspetssamarbeten inom genomik och bioinformatik.
• Sätta upp, utveckla samt förfina nya och befintliga front-end-system.

Vårt arbete ligger alltid i framkant och därmed sker i princip all utveckling av nya analyser på plats, från grunden. Nya analyser sätts upp löpande och som bioinformatiker deltar du i allt från planering, vidare till implementering och validering och slutligen underhåll av robusta pipelines. Inom gruppen och i nationella nätverk finns en mångfald av kompetens inom bioinformatik, programmering och systemadministration. Vi delar mycket av vårt arbete offentligt via github (https://github.com/Clinical-Genomics-Lund) och vi använder oss i högsta möjliga grad av mjukvaror med öppen källkod.

KVALIFIKATIONER
Vi välkomnar dig med kandidat- eller magisterexamen inom adekvat ämnesområde, med bioinformatik och genomik som bas, alternativt minst fyra års relevant arbetserfarenhet inom bioinformatik från näringsliv, sjukvård eller akademi. Du har goda kunskaper i svenska i såväl tal som skrift. Har du dessutom goda kunskaper i engelska ser vi det som en fördel.

För rollen krävs även att du har erfarenhet av:
- arbete med sekvenseringsdata (DNA- och/eller RNA-baserat)
- arbete i versionshanteringssystemet git
- arbete i en terminalbaserad Linux-miljö
- minst ett skriptspråk, exempelvis Python, Perl eller R

Utöver detta är det meriterande om du har doktorsutbildning inom bioinformatik, genomik eller motsvarande. Det är även meriterande med erfarenhet av följande:

- arbete med containers (exempelvis Singularity och Docker) och workflow managers (exempelvis Nextflow och nfcore, eller Snakemake)
- arbete i en verksamhet med dokumenteringskrav, såsom från ett ackrediterat laboratorium
- arbete i gemensam kodbas
- databaser (SQL eller mongodb)
- python flask eller liknande
- react eller liknande

För att lyckas i rollen behöver du ha god samarbets- och kommunikationsförmåga samt kunna prioritera ditt arbete. Därtill har du god problemlösningsförmåga, är noggrann och har förmåga att arbeta självständigt även då befintliga rutiner saknas. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Vi tillämpar löpande urval i denna rekrytering, varmt välkommen med din ansökan redan idag!

ÖVRIGT
Region Skåne finns till för att alla som bor i Skåne ska må bra och känna framtidstro. Genom gränslösa samarbeten och omtanke skapas de bästa förutsättningar för ett hälsosamt liv inom näringsliv, kollektivtrafik, kultur och hälso- och sjukvård i Skåne. Tillsammans gör vi livet mera möjligt.

Medicinsk service är en av Region Skånes sex hälso- och sjukvårdsförvaltningar, med cirka 2 000 medarbetare. Vi möter vårdens behov av ambulanssjukvård, bild- och laboratorieteknik, klinisk träning, laboratoriemedicin och sjukvårdsrådgivning. Den laboratoriemedicinska verksamheten omfattar områdena arbets- och miljömedicin, biobank, genetik, immunologi och transfusionsmedicin, kemi, farmakologi, mikrobiologi samt patologi. Förvaltningen bedriver även forskning och utveckling inom sina områden.

På http://www.skane.se/rekryteringsstatus kan du se i vilket skede Region Skånes rekryteringar befinner sig och hur många som har sökt tjänsterna.

Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser.