Bioinformatiker vid Laboratoriemedicin, Umeå

Region Västerbotten arbetar för att god hälsa och hållbar utveckling ska stärka varandra. Vi tar ansvar för en jämlik välfärd och för att forskning och innovation ger resultat.

Laboratoriemedicin är en länsorganisation med verksamhet i Lycksele, Skellefteå och Umeå. Via avtal har vi totalansvar för klinisk patologi i Östersund samt där även medicinskt ledningsansvar för immunologi och transfusionsmedicin, klinisk kemi och klinisk mikrobiologi. Laboratoriemedicin Västerbotten omfattar cirka 500 anställda inom klinisk genetik, klinisk immunologi och transfusionsmedicin, klinisk kemi, klinisk mikrobiologi och klinisk patologi. Även biobank, vårdhygien och vävnadsinrättning ingår i Laboratoriemedicin. Verksamheten är ackrediterad.

Storskalig sekvensering tillsammans med andra nya molekylära tekniker gör snabbt insteg i klinisk verksamhet och forskning. De etableras som viktiga verktyg inom flera laboratoriemedicinska specialiteter varför vi vid laboratoriemedicin arbetar övergripande med implementering av dessa tekniker inom en satsning på en gemensam molekylärgenetiks plattform för forskning, utvecklingsarbete samt implementering av klinisk diagnostik. Den molekylärgenetisk plattformen är en del av Genomic Medicine Center norr (GMC Norr) och samverkar med Clinical Genomics Umeå, vid Umeå universitet. Den tekniska utvecklingen går snabbt med både nya tekniker och frågeställningar som ska implementeras i klinisk molekylärgenetisk diagnostik och ställer ökade krav på bioinformatisk metodik och kompetens.

Vi söker dig som vill applicera bioinformatiska färdigheter på kliniskt meningsfulla frågor och vara en aktiv kraft i utvecklingen av den gemensamma molekylärgenetiska plattformen vid laboratoriemedicin. Anställningen är placerad inom Laboratoriemedicin, Norrlands Universitetssjukhus.


ARBETSUPPGIFTER
Som bioinformatiker förväntas du arbeta med storskaliga sekvensdata (Next Generation Sequencing, NGS), long read sekvensering och andra molekylärgenetisk tekniker för identifiering av genetisk variation och analys av genexpressions inom forskning, utvecklingsarbete och klinik. Du kommer att arbeta i ett kliniskt diagnostiskt team bestående av bioinformatiker, biomedicinare, molekylärbiologer, läkare, sjukhusgenetiker och biomedicinska analytiker. Arbetet innebär även ett nära samarbete med forskargrupper, GMC Norr, Clinical Genomics Umeå (Umeå universitet) och institutionen för medicinsk biovetenskap, Umeå universitet. Både i den kliniska- och forskningsmiljön finns god kompetens inom bioinformatik, molekylärbiologi, mikrobiologi, humangenetik och klinisk diagnostik. Dina huvudsakliga arbetsuppgifter är att skapa och utveckla bioinformatiska flöden, utveckla bioinformatiska verktyg, analysera olika typer av rådata och fungera som en kompetensresurs. En viktig uppgift för teamet vid den gemensam molekylärgenetiska plattformen som är högaktuell är utveckling och implementering av molekylärgenetisk mikrobiell diagnostik. Andra aktuella uppgifter är fortsatt utveckling och implementering av molekylärgenetiska analyser vid cancer och vid utredning av misstänkt medfödd genetisk sjukdom inklusive helexom- och helgenomanalyser.

KVALIFIKATIONER
Doktorsexamen i molekylär epidemiologi, medicinsk genetik, bioinformatik, biostatistik eller liknande är ett krav. Gedigna kunskaper i statistik samt dokumenterad erfarenhet av storskalig sekvensanalys är också ett krav. Goda programmeringskunskaper i Python och vana att använda versionshanteringssystem (som Git) är önskvärt, likaså erfarenhet av att arbeta i Linuxmiljö och systemadministration. Önskvärt är även erfarenhet av arbete med olika typer av sekvensdata (Illumina, Nanopore, PacBio) samt arbete med både humana och mikrobiella sekvensdata samt programmeringskunskaper i R. Önskvärt är även erfarenhet av att utföra analyser på datakluster (t.ex. UPPMAX), erfarenhet av att använda analyshanteringsverktyg såsom Snakemake och Nextflow samt förståelse för och erfarenhet av att hantera säkerhetsaspekter som rör patientdata och genetisk information.

Stor vikt läggs vid personliga egenskaper såsom kommunikativ och pedagogisk förmåga. Vi söker dig som har ett stort driv att arbeta självständigt och samtidigt god förmåga att bidra i ett team. Vi ser gärna att du bedriver egen forskning. Med anledning av den snabba utvecklingen i fältet vill vi att du som sökande lämnar kontaktuppgifter till en eller gärna flera referenspersoner som kan styrka åberopade meriter.


ÖVRIGT
Läs mer om våra förmåner för dig som jobbar med oss på webbsidan
https://www.regionvasterbotten.se/nar-du-jobbar-hos-oss/att-vara-medarbetare

Vi strävar efter en jämn könsfördelning och ser mångfald som en styrka och välkomnar därför sökande med olika bakgrund.

Inför rekryteringsarbetet har vi tagit ställning till rekryteringskanaler och marknadsföring. Vi undanbeder oss därför bestämt kontakt med mediesäljare, rekryteringssajter och liknande.

Vi använder e-rekrytering för att effektivisera och kvalitetssäkra rekryteringsarbetet. Alla dina uppgifter sparas på ditt CV-konto och du kan enkelt logga in och uppdatera dina uppgifter när du vill. Fyll därför i dina uppgifter så omsorgsfullt som möjligt för att ge en rättvisande bild av dig själv.