Bioinformatiker vid LUDC

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens 100 främsta lärosäten. Här finns cirka 44 000 studenter och mer än 8 000 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.




Om forskargruppen
Lunds Universitet Diabetes Centrum (LUDC) utlyser härmed en tjänst som bioinformatiker.

LUDC är ett av världens största diabetes centra med cirka 300 anställda (forskare och övrig personal) som arbetar för att förebygga diabetes samt förbättra diagnostik och behandling av diabetes.
Läs mer på vår hemsida: www.ludc.med.lu.se. 

Arbetsuppgifter
Sökanden inbjuds att ansöka om tjänsten som bioinformatiker vid LUDC. Anställning är tidsbegränsad på 2 år (100%) med preliminärt startdatum 1 oktober 2021.

Den framgångsrika sökanden kommer att ingå i enheten för bioinformatik vid LUDC, som inkluderar bioinformatiker, biostatistiker, en data manager, dataingenjör och datatekniker (https://www.ludc.lu.se/resources/ludc-bioinformatics -enhet). Enheten tillhandahåller bioinformatik, biostatistik och beräkningsstöd till alla som är anslutna till LUDC, samt tillgång till en high-performance computational environment. Stödet inkluderar deltagande i långsiktiga forskningsprojekt, analyser i kortvariga projekt, samråd och utbildning.

För att främja LUDCs uppdrag, letar vi nu efter en entusiastisk och begåvad person för att stärka enhetens expertis inom bioinformatik. En framgångsrik kandidat kommer att vara involverad i alla aspekter av utveckling, implementering och hantering av computational/bioinformatic pipelines, för att stödja analyser av olika typer av data, inklusive men inte begränsat till genomik, epigenomik, transkriptomik, proteomik, metabolomik, metagenomik och kliniska data.

En annan viktig del av det arbete som kandidaten kommer att utföra inkluderar kvalitetskontroll, bearbetning och analys av data för Human Tissue Laboratory (HTL), en nyckelresurs för LUDC-forskare. HTL samlar in humana vävnadsprover för forskningsändamål och utför centrala analyser av dessa material, tillgängliga för kollegor vid LUDC och Uppsala universitet.

Vi förväntar oss att den framgångsrika sökanden är en erfaren bioinformatiker som kan implementera custom pipelines för olika omics-analyser. Sökanden förväntas också ha utmärkt kommunikationsförmåga, en vilja att interagera med andra forskare, tolka förfrågningar och leverera bioinformatiklösningar till icke-bioinformatiker. Dessutom förväntas den sökande delta i utbildningen av LUDC-personal och forskare i valet och användningen av bioinformatikverktyg.

Bioinformatikfältet är brett och utvecklas med imponerande hastighet. Därför förväntas sökanden till tjänsten att oberoende följa fältets utveckling, arbeta med att förbättra befintliga pipelines och presentera alternativa lösningar på hur man bäst använder tillgängliga data och resurser.

Kvalifikationer
Vid anställning gäller följande bedömningsgrund:

- PhD i bioinformatik, matematik, molekylärbiologi, statistik, datavetenskap eller annat närliggande disciplin, med en beprövad track-record när det gäller att tillämpa kvantitativa metoder för dataanalys samt erfarenhet av programmering och datakluster.
- Kunskap i att arbeta med next generation sequencing pipelines och erfarenhet med hantering, analys och annotering av mycket stora biologiska sekvenserings datasets (e.g. RNA-seq, SNPs arrays, WGS, ChIP-seq, ATAC-seq), bade i exploratory- och pipelined fashions.
- Erfarenhet av dataanalys och data mining för att identifiera trender och producera betydelsefulla data visualiseringar.
- Erfarenhet av att arbeta med olika bioinformatics tools och statistika metoder (e.g. DESeq, edgeR, GATK, PLINK, STAR, BWA, Salmon, Kallisto, FastQC).
- Proficiency i R och kunskap och erfarenhet från åtminstonde ett annat relevant programmeringsspråk (e.g. Python, Perl, Java).
- Erfarenhet av webbaserade bioinformatiska verktyg och offentliga domändatabaser med biologiska data.
- Hög kapabel att delta i samarbete med ett tvärvetenskapligt team, som kan inkludera laboratorieforskare, läkare, epidemiologer, bioinformatiker, statistiker och dataanalytiker.
- Vi kommer även att uppmärksamma personliga egenskaper och gynna individer som är självmotiverade och flexibla, och som har förmåga att arbeta självständigt på ett väldokumenterat sätt, och förmåga att prioritera och följa deadlines.
- Dokumenterat utmärkt på skriftlig och muntlig kommunikation på engelska.

Andra föredragna färdigheter och meriterande för ansökan är:

- Erfarenhet av att arbeta med reproducerbara forskningsverktyg (e.g. RMarkdown, Git, Conda, Snakemake).
- GitHub profile with code examples är en fördel.
- Erfarenhet med att arbeta med multi-omics dataintegration.
- Erfarenhet med att arbeta med metagenomic och single-cell dataanalys.
- Kunskap i maskininlärningsalgoritmer och frameworks, såsom scikit-learn, Keras, Tensorflow kan anses som en fördel.
- Utmärkta kommunikations egenskaper (både muntliga och skriftliga), som inkluderar muntliga och posterpresentationer.
- Erfarenhet av att arbeta i en internationell miljö.

Instuktioner för ansökan
En komplett ansökan innehåller:

- Personligt brev
- CV
- Publikationslista
- Kontaktinformation för 3 referenser  

Vi räknar med att behov av att täcka de beskrivna arbetsuppgifterna kommer att finnas kvar även efter anställningsperioden.

Lunds universitet välkomnar sökande med olika bakgrund och erfarenheter. Vi ser jämställdhet och mångfald som en styrka och tillgång. Välkommen med din ansökan! Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler.