Bioinformatiker, vikariat, till Sektion molekylär diagnostik i Lund

Gör skillnad. Varje dag.

Verksamhetsområde klinisk genetik, patologi och molekylär diagnostik har drygt 400 medarbetare och innehåller de medicinska specialiteterna Klinisk genetik och Klinisk patologi samt Sektion molekylär diagnostik. Sektionen för molekylär diagnostik, med drygt 80 medarbetare, bildades för drygt ett år sedan för att samla kompetens, resurser och teknik inom det snabbt expanderande fältet molekylär diagnostik och precisionsmedicin och har som uppdrag att bedriva högspecialiserad och modern laboratoriediagnostik inom olika metodområden utifrån sjukvårdens växande behov. Vårt arbete bedrivs i nära samarbete med övriga laboratoriemedicinska specialiteter inom Region Skåne och sjukhusförvaltningarna samt i nära samverkan med Lunds universitet och inom ramen för nationella initiativ såsom Genomic Medicine Sweden.

Inom sektionen för molekylär diagnostik utförs laboratorieanalyser inom allt från klassisk cytogenetik till massiv parallell sekvensering (MPS/NGS) via riktade dPCR-/PCR-/FISH-baserade genetiska analyser. Inom sektionen ingår bland annat Centrum för Molekylär Diagnostik (CMD), där arbetet främst är inriktat på rutindiagnostik inom MPS/NGS, såsom genpaneler och helgenomsekvensering, men är parallellt mycket utvecklingsintensiv. Under år 2021 utfördes mer än 14000 NGS-analyser (varav 7000 var SARS-CoV-2) med inriktning på cancer, ärftliga frågeställningar och mikrobiologi. På CMD arbetar cirka 25 medarbetare med expertis inom NGS och bioinformatik.

Bioinformatikteamet består av åtta personer med olika specialistkompetenser, som tillsammans sköter utveckling och drift av allt från bioinformatiska pipelines och infrastruktur till IT-system, labbintegration/-automation och mjukvaror för tolkning av analysresultat. NGS-data genereras på CMD i en av Sveriges större maskinparker för short-read-sekvensering, med bland annat två Illumina NovaSeq 6000. Laboratory Information Management Systems (LIMS), används för att dokumentera provernas resa från att de anländer till sektionen till ett analysresultat svaras ut. Vid sektionen för molekylär diagnostik pågår ett förändringsarbete där äldre LIMS-system ska fasas ut. Clarity LIMS, som har använts vid CMD sedan 2016, ska etableras inom hela sektionen för molekylär diagnostik och kopplas samman med laboratoriemedicins gemensamma nya RS LIMS (ett LabVantage LIMS).

Vi söker nu en ny medarbetare som vill vara med i vårt arbete att vidareutveckla och expandera Clarity LIMS till hela Sektion molekylär diagnostik.

ARBETSUPPGIFTER
Tjänsten vi erbjuder är ett vikariat på tolv månader med möjlighet till förlängning och passar dig som är driven och lösningsorienterad.

Dina huvudsakliga arbetsuppgifter är bland annat att bygga nya arbetsflöden i Clarity LIMS (elektronisk labbok), ansvara för drift och kontinuerliga förbättringar av etablerade arbetsflöden i LIMS och hålla utbildning för nya medarbetare i LIMS. Du kommer även att vara med och införa LIMS på verksamheter inom sektionen som inte jobbar i systemet idag.

Vårt arbete ligger alltid i framkant och därmed sker i princip all utveckling av nya analyser på plats, från grunden. Nya analyser sätts upp löpande. Du kommer då att ansvara för att bygga flöden i LIMS som ska dokumentera det laborativa arbetets gång, skapa integration med instrument, ge hjälp med olika uträkningar i labbet och sammanställa information till slutanalysen vilket antingen kan vara en bioinformatisk pipeline eller en rapport. Du kommer att delta i allt från planering, implementering och validering och slutligen underhåll av robusta arbetsflöden i LIMS. Inom gruppen och i nationella nätverk finns en mångfald av kompetens inom bioinformatik, programmering och systemadministration. Vi delar mycket av vårt arbete offentligt via github https://github.com/Clinical-Genomics-Lund och vi använder oss i högsta möjliga grad av mjukvaror med öppen källkod.

KVALIFIKATIONER
Vi välkomnar dig med kandidat- eller magisterexamen med naturvetenskaplig eller teknisk inriktning såsom ingenjörsutbildning eller inom bioinformatik alternativt utbildning inom område som arbetsgivare bedömer relevant. Du har goda kunskaper i svenska och engelska i såväl tal som skrift. För rollen krävs även att du har erfarenhet av arbete i en terminalbaserad Linux-miljö och i skriptspråket Python.

Det är meriterande med erfarenhet av arbete i versionshanteringssystemet git, i en verksamhet med dokumenteringskrav, såsom från ett ackrediterat laboratorium samt med laborativt arbete. Har du erfarenhet av LIMS, framför allt Clarity LIMS och LabVantage LIMS ses det också som meriterande. Likaså erfarenhet av IT-infrastruktur samt av undervisning eller handledning.

För att lyckas i rollen behöver du ha god samarbets- och kommunikationsförmåga samt kunna prioritera ditt arbete. Du har god problemlösningsförmåga, är noggrann och har förmåga att arbeta självständigt även då befintliga rutiner saknas. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Vi tillämpar löpande urval i denna rekrytering, varmt välkommen med din ansökan redan idag!

ÖVRIGT
Region Skåne finns till för att alla som bor i Skåne ska må bra och känna framtidstro. Genom gränslösa samarbeten och omtanke skapas de bästa förutsättningar för ett hälsosamt liv inom näringsliv, kollektivtrafik, kultur och hälso- och sjukvård i Skåne. Tillsammans gör vi livet mera möjligt.

Medicinsk service är en av Region Skånes sex hälso- och sjukvårdsförvaltningar, med cirka 2 000 medarbetare. Vi möter vårdens behov av ambulanssjukvård, bild- och laboratorieteknik, klinisk träning, laboratoriemedicin och sjukvårdsrådgivning. Den laboratoriemedicinska verksamheten omfattar områdena arbets- och miljömedicin, biobank, genetik, immunologi och transfusionsmedicin, kemi, farmakologi, mikrobiologi samt patologi. Förvaltningen bedriver även forskning och utveckling inom sina områden.

På http://www.skane.se/rekryteringsstatus kan du se i vilket skede Region Skånes rekryteringar befinner sig och hur många som har sökt tjänsterna.

Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser.