Bioinformatiker/Beräkningsbiolog

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 41 000 studenter, 6 500 anställda och en omsättning på 5,9 miljarder kronor.



Tillsvidaretjänst med tillträde snarast eller enligt överenskommelse.

Provanställning 6 månader.

Science for Life Laboratory (SciLifeLab) är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper med fokus på forskning inom hälsa och miljö. Centret kombinerar ledande teknisk expertis med avancerat kunnande inom translationell medicin och molekylära biovetenskaper. SciLifelab är en nationell resurs och ett samarbete mellan fyra universitet: Karolinska Institutet, Kungliga Tekniska högskolan, Stockholms universitet och Uppsala universitet.

Vi söker en kompetent bioinformatiker som kan utveckla lösningar för storskalig datahantering och analys inom ett banbrytande kliniskt forskningsprojekt rörande inflammatoriska autoimmuna sjukdomar. Detta samarbetsprojekt mellan SciLifeLab och flera nationella sjukdomskonsortier, är ett av tio starka forskningsprojekt finansierade av AstraZeneca tillsammans med forskningsanslag till forskargrupper på flera svenska universitet. Den utvalda sökande kommer att rapportera till Kerstin Lindblad-Toh, co-director på SciLifeLab och en av Sveriges mest framstående forskare.

Arbetsbeskrivning: Den utvalda sökande kommer att vara en nyckelperson i ett forskningsprojekt där det primära målet att identifiera molekylära mekanismer som leder till ökad risk för ett antal besläktade inflammatoriska autoimmuna sjukdomar såsom Systemisk Lupus Erythematosus (SLE), Sjögren’s syndrom och myosit. Genom användandet av storskalig sekvensning samt genom att dra nytta av den unika svenska populationsstrukturen och kliniska patientregister är målet att utveckla nya diagnostiska metoder och behandlingsmöjligheter för dessa i dagsläget obotliga sjukdomar.

Arbetsuppgifter kommer att inkludera:



- Utveckling och underhåll av databaser och datahanteringslösningar för ett brett spektrum av datatyper som kommer att genereras inom projektet. Däribland genetiska, epigenetiska och funktionella data.
- Utveckling av databaser och datasäkerhetslösningar för patientdata med tillhörande klinisk och epidemiologisk information.
- Utveckling av protokoll och verktyg för standardiserad annotering av insamlad klinisk data.
- Utveckling av analys pipelines för olika typer av data inom projektet.

Personen vi anställer kommer att arbeta tillsammans med en samling av kliniker, genetiker, molekylärbiologer och andra bioinformatiker i den kreativa och snabbt växande SciLifeLab miljön. I synnerhet förväntar vi oss ett nära samarbete med SciLifeLab plattformarna inom bioinformatik och klinisk sekvensering samt med existerande bioinformatiker inom de redan befintliga nationella konsortium för de olika sjukdomarna. Projektet kommer att utföras inom en väletablerad forskningsmiljö med unika samarbetsmöjligheter och tillgång till den senaste metodutvecklingen på Broad Institute.

Kvalifikationer: Sökande ska ha en doktorsexamen eller motsvarande erfarenhet från en akademisk institution eller näringslivet inom ett ämne som angränsar till arbetsbeskrivningen (förslagsvis bioinformatik, beräkningsbiologi, bioteknologi eller genetik).

Övriga kvalifikationer är



- Dokumenterad erfarenhet av analys av storskalig sekvenseringsdata och/eller epigenetisk eller funktionell data.
- Dokumenterad erfarenhet av bioinformatik, framförallt gör genom- och transkriptomdata, genomannotering och goda kunskaper om publika bioinformatiska databaser och analysverktyg.
- Dokumenterade programmeringsfärdigheter i antingen Java, C/C++, Python eller Perl, specifikt relaterat till vetenskapliga beräkningar i Linuxbaserade högpresterande system.
- Dokumenterad erfarenhet av databasutveckling och SQL programmering.
- Dokumenterad kunskap inom statistik och programmering med R.
- God kommunikationsförmåga samt förmåga att både arbeta självständigt och att samarbeta med kollegor inom olika ämnesområden.
- God förmåga att dokumentera sitt arbete.
- Mycket god förmåga att uttrycka sig såväl muntligt som skriftligt på engelska.

Meriterande i övrigt: Kunskap inom (eller ett intresse för) genetik, medicin eller biologi är meriterande. Den sökande måste ha god arbetsdisciplin och noggrannhet, och en förståelse för integritets- och säkerhetsaspekter som rör patientdata och genetisk information. Stor vikt kommer att läggas på erfarenhet tillika personliga egenskaper/kvalifikationer som rör kraven för detta tvärvetenskapliga projekt.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas. Ange löneanspråk i ansökan.

Upplysningar om anställningen lämnas av professor Kerstin Lindblad-Toh, kerstin.lindblad-toh@imbim.uu.se eller projektkoordinator Cecilia Johansson, cecilia.m.johansson@imbim.uu.se eller 018-471 4971.  

Välkommenmed din ansökan senast den 22 maj, 2014. UFV-PA 2014/1139. Klicka på länken nedan för att komma till ansökningsformuläret

Bioinformatiker/Beräkningsbiolog


Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Vi tar enbart emot ansökan på det sätt som beskrivs i annonsen.