Bioinformatikspecialist/vetenskaplig programmerare

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 40 000 studenter, 6 500 anställda och en omsättning på cirka 5,5 miljarder kronor.




.

Bioinformatikspecialist/vetenskaplig programmerare i mikrobiell genomik och evolution

Vi letar efter:
Bioinformatikspecialist/vetenskaplig programmerare till Thijs Ettemas labb vid Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Uppsala Universitet. Anställningen gäller tills vidare med 6 månaders provanställning, med början 1 juni eller efter överenskommelse.

Ettema-labbet: ledande forskning i mikrobiell och evolutionsgenomik
Prof. Ettemas forskargrupp använder framväxande genomikteknologier för analys av enskilda celler, för att analysera de mikroorganismer som inte låter sig odlas under laboratorieförhållanden. Dessa organismer tros utgöra 99 % av alla mikrober på vår planet. Genom att kombinera dessa odlings-oberoende tekniker med “nästa generations” gensekvenseringsbaserade analysmetoder (jämförande genomik, fylogenetik) ämnar Ettemas forskargrupp att studera icke-odlingsbara mikroorganismer (“mikrobiell svart materia”) på genom nivå. Sådana studier kommer att belysa den samlade diversiteten och livets uppkomst på vår planet. Dessutom kan dessa studier t o m ge ledtrådar till hur komplext liv kan ha uppkommit.  (Se: http://www.ettemalab.org/).

Ettema-labbet finns vid Uppsalas Biomedicinska centrum (BMC) och kommer att flytta in i nya lokaler, fullt utrustade med kontor samt ett genomik labb, under hösten 2014. Dessutom är labbet väl integrerat med flertalet teknologi-plattformar från SciLifeLab, vilka innefattar nästagenerationssekvensering samt beräkningsvetenskaplig och bioinformatisk support. Vi är även aktivt drivande i etableringen av en ny SciLifeLab plattform för enskild-cell genomik (single cell genomics, http://www.scilifelab.se/facilities/single-cell/).

Arbetet som bedrivs vid Ettema-labbet har stöd av flera prestigefyllda stipendier, t.ex. European Research Council, Stiftelsen för Strategisk Forskning (SSF) och Vetenskapsrådet.

Arbetsuppgifter: Vi letar nu efter en erfaren bioinformatiker som kan utföra beräkningsvetenskaplig support för de forskningsprojekt som drivs vid Ettema-labbet. Den valda kandidaten kommer i huvudsak att utföra följande uppgifter:

- Att i samarbete med de andra forskarna vid labbet designa och utföra bioinformatisk analys i bland annat molekylär evolution, fylogenomik, sekvensanalys och metagenomik.
- Konstruera och sköta pipelines for sammansättning (assembly), annotering och analys av storskaliga genomisk och metagenomiska data set; Iordningställa databaser för jämförande och evolutionära studier av ej-odlingsbara mikroorganismer.
- System administration av nuvarande IT-infrastruktur (servers, arbetsstationer) och konton (ca 5 % av arbetstiden).

Potentiellt kan en vald kandidat bli ombedd utveckla ny bioinformatisk mjukvara.

Kvalifikationskrav:

- Doktorsexamen eller motsvarande mångårig erfarenhet av avancerade studier inom bioinformatik och genomik (antingen vid en akademisk institution eller inom näringslivet).
- Omfattande erfarenhet av analys av nästgenerations sekvensdata.
- Dokumenterad erfarenhet av att arbeta i en Linux-miljö och kunskaper i minst ett programmerings- eller skriptspråk (bash, Perl, python, R, osv).
- God förmåga att uttrycka sig såväl muntligt som skriftligt på engelska.

Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper. För att fungera väl i gruppen krävs att du är en självständig person med god pedagogisk kompetens, stark organisatorisk känsla, god samarbets- och kommunikationsförmåga med det omgivande akademiska och administrativa fälten.

Meriterande i övrigt är:

- Erfarenhet som postdoktor i ett närliggande område.
- Erfarenhet som utvecklare av bioinformatiska applikationer, biostatistik metoder eller pipelines för analys av storskaliga sekvenserings datasatser (t.ex. Galaxy)
- Erfarenhet som systemadministratör

Anställningen gäller tills vidare med 6 månaders provanställning, med placering i Thijs Ettemas lab vid institutionen för cell- och molekylärbiologi, Uppsala Universitet.

Närmare information om anställningen lämnas av professor Thijs Ettema, Uppsala universitet: thijs.ettema@icm.uu.se, +46 18 471 45 21, eller kolla på Ettema-labbets hemsida, http://www.ettemalab.org/

Ansökan: Skicka gärna in din ansökan märkt med ref.nr UFV-PA2014/1062 så snart som möjligt men senast 2014-04-30. Klicka på länken för att komma till ansökningsformuläret.

Bioinformatikspecialist/vetenskaplig programmerare

 


Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Vi tar enbart emot ansökan på det sätt som beskrivs i annonsen.