Databasspecialist till Centrum för Molekylär Diagnostik i Lund

Gör skillnad. Varje dag.

Centrum för molekylär diagnostik (CMD) bildades år 2016 i syfte att stärka molekylär diagnostik baserad på i första hand den nya generationens sekvenseringsteknik (NGS). CMD är en del av verksamhetsområde klinisk genetik och patologi, men utgör ett resurs- och kompetenscentrum för samtliga laboratoriemedicinska verksamheter som bedriver NGS-baserad diagnostik. Verksamheten arbetar i nära samverkan med både Skånes universitetssjukhus (Sus) och Medicinska fakulteten vid Lunds universitet i syfte att stärka klinisk implementering och forsknings- och utvecklingsarbete.

Hos oss finns stor expertis inom sekvenserings- och genomikteknologier. I nationellt och internationellt perspektiv ligger enheten i teknisk framkant med tillgång till mycket kraftfulla sekvenseringsinstrument. För beräkningar använder centret ett dedikerat kluster vid Lunds universitets superdatorcentrum (LUNARC), och för dataanalys och varianttolkning utvecklas, valideras samt förbättras bioinformatiska flöden och olika typer av webbaserade tolkningsstöd kontinuerligt.
CMD arbetar nära centrum för translationell genomik (CTG) vid Lunds universitet, i toppmoderna och särskilt anpassade lokaler för att snabbt kunna translatera forskningsfynd inom nya områden till patientnytta i form av klinisk diagnostik.

CMD tillsammans med CTG utgör även en facilitet (Clinical Genomics Lund) inom den nationella forskningsinfrastrukturen SciLifeLab, och är en av de drivande aktörerna inom det nationella sekvenseringsinitiativet Genomic Medicine Sweden (GMS), vid vilket CMD och CTG också utgör grunden för ett av landets sju så kallade Genomic Medicine Centers (GMCs).

Vill du läsa mer? Gå gärna in på länken; https://genomicmedicine.se/

ARBETSUPPGIFTER
Vi utökar nu vårt bioinformatik- och IT-team med en driven och lösningsorienterad databasspecialist/projektledare!

Dina arbetsuppgifter är huvudsakligen fokuserade på att projektleda och samordna utvecklingen av en lokal respektive en nationell variantdatabas inom ramen för det nationella samarbetsprojektet GMS. Detta kommer att göras i samarbete med såväl interna resurser (vid GMC Syd) som med sjukvårds- och forskningsrepresentanter från ett flertal av landets övriga universitetssjukhus.
Utöver att ansvara för den parallella uppbyggnaden av en lokal och nationell variantdatabas kommer du som ett initialt steg att leda arbetet för att ta fram och förankra dess kravspecifikationer.

Mer specifikt kommer du att leda och samordna arbetet för att;
• Ta fram en specifikation på databasfunktionalitet för respektive diagnosområde (till exempel ovanliga ärftliga sjukdomar, cancer och så vidare) uppdelade efter kort- respektive långsiktiga önskemål.
• Ta fram en teknisk specifikation på input och output till variantdatabasen, inklusive relevant metadata.
• Bygga upp en lokal prototypdatabas vid GMC Syd (primärt inom CMD).
• Tillämpa variantdatabasstrukturen på den nationella genomikplattformen (NGP) inom GMS för att möjliggöra proof-of-principle-sökningar på nationellt insamlade genomik-data.

Tjänsten går delvis att anpassa och utforma utifrån dina kvalifikationer tillsammans med ansvariga för enheten.

KVALIFIKATIONER
Vi välkomnar dig som har en magister- eller civilingenjörsexamen inom adekvat ämnesområde. Vi ser gärna att du har minst fem års arbetslivserfarenhet av databasutveckling/-förvaltning - exempelvis i Structured Query Language (SQL) eller non-relational Data Management System (NoSQL) (mongodb) - samt tidigare erfarenhet av projektledning. Goda kunskaper i svenska och engelska, såväl i tal som skrift, är ett krav för tjänsten.

Tidigare erfarenhet av arbete med sekvenseringsdata (DNA- och/eller RNA-baserat) eller annan cellbiologisk eller medicinsk information till exempel, genom en forskarutbildning inom adekvat ämnesområde - är starkt meriterande. Vidare är det meriterande om du har erfarenheter inom bioinformatik, inom versionshanteringssystemet Git och av arbete i en terminalbaserad Linux-miljö, samt i minst ett script-språk, exempelvis Python, Perl eller R.

Som person är du driven och målinriktad, har utmärkt förmåga till samarbete och kommunikation samt god förmåga att strukturera och prioritera i arbetet. Därutöver har du god problemlösningsförmåga, ett noggrant och kvalitetsmedvetet arbetssätt och förmåga att arbeta självständigt även där befintliga rutiner saknas. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Vi tillämpar löpande urval i denna rekrytering, varmt välkommen med din ansökan redan idag!

ÖVRIGT
Region Skåne finns till för att alla som bor i Skåne ska må bra och känna framtidstro. Genom gränslösa samarbeten och omtanke skapas de bästa förutsättningar för ett hälsosamt liv inom näringsliv, kollektivtrafik, kultur och hälso- och sjukvård i Skåne. Tillsammans gör vi livet mera möjligt.

Medicinsk service, med cirka 2 000 medarbetare, möter vårdens behov av ambulanssjukvård, bild- och laboratorieteknik, klinisk träning, laboratoriemedicin och sjukvårdsrådgivning. Den laboratoriemedicinska verksamheten omfattar områdena arbets- och miljömedicin, biobank, genetik, immunologi och transfusionsmedicin, kemi, mikrobiologi samt patologi. Förvaltningen bedriver även forskning och utveckling inom sina områden.

På http://www.skane.se/rekryteringsstatus kan du se i vilket skede Region Skånes rekryteringar befinner sig och hur många som har sökt tjänsterna.

Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser.