Dataingenjör

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




Institutionen för cell- och molekylärbiologi är indelad i sju forskningsprogram som alla fokuserar på olika områden inom cell- och molekylärbiologi: beräkningsbiologi och bioinformatik, mikrobiologi och immunologi, molekylärbiologi, molekylär biofysik, molekylär evolution, molekylär systembiologi och strukturbiologi.

Den vetenskapliga grunden till vad vi gör ligger i biologi, men vår forskning överlappar med andra områden såsom medicin, datavetenskap, matematik, kemi, ingenjörsvetenskaper och fysik. Institutionen har över 200 anställda med runt 60 doktorander. Läs gärna mer om verksamhetens arbete på https://icm.uu.se. Den person vi nu söker kommer att vara placerad vid Institutionen för cell- och molekylärbiologi och knuten till National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS) och Science for Life Laboratory (SciLifeLab).

SciLifeLab (https://www.scilifelab.se) är ett nationellt centrum för molekylära biovetenskaper med fokus pa° forskning inom hälsa och miljö. Centret kombinerar ledande teknisk expertis med avancerat kunnande inom translationell medicin och molekylära biovetenskaper. SciLifeLabs mål är också att bygga en stark forskargruppering kring centret genom utbildning och samverkan. SciLifeLab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet. SciLifeLab startade sin verksamhet 2010 och har idag 570 anställda vid faciliteterna, samt 250 forskargrupper. SciLifeLab är också värd för det nationella forskningsprogrammet mot COVID-19 och den nya miljardsatsningen Data-Driven Life Science med elva partnerorganisationer. 

Som en del av DDLS-programmet utvecklar SciLifeLab nu Data Science Nodes (DSN) med fast anställd personal såsom AI-experter, bioinformatiker, systemutvecklare, dataingenjörer och data stewards. DSN etableras nära starka lokala forskningsmiljöer vid ledande universitet men de samverkar samtidigt nationellt inom DDLS-programmet. All teknisk personal arbetar inom SciLifeLabs bioinformatikplattform NBIS (https://nbis.se) eller SciLifeLab Data Centre, som båda har väletablerade nätverk som skapar en stimulerande arbetsmiljö, välfungerande lagarbete och möjlighet till professionell utveckling. 

Varje DSN fokuserar primärt på en av de fyra strategiska forskningsområdena inom DDLS (cell- och molekylärbiologi, precisionsmedicin och diagnostik, evolution och biodiversitet, epidemiologi och infektionsbiologi) men interagerar även mellan områdena. Denna tjänst gäller Data Science Node i Evolution och Biodiversitet, och innehavaren kommer att arbeta vid SciLifeLab Data Centre, som är en central enhet med ansvar för IT- och datahanteringsfrågor som stöttar SciLifeLab och DDLS-forskningsprogrammet. Datacentret har även nationella uppgifter såsom den svenska COVID-19-forskningsdataportalen. Datacentret arbetar också med frågor kring FAIR, öppen vetenskap och datadriven livsvetenskap i nära samarbete med viktiga nationella och internationella e-infrastrukturer. Genom att arbeta vid SciLifeLab Data Centre kommer du att vara i centrum av Sveriges främsta livsvetenskapsinfrastruktur och har möjlighet att integrera modern IT och datavetenskap med svensk livsvetenskapsforskning samt bidra med att maximera det vetenskapliga genomslaget av forskningsdata från SciLifeLab. Du kommer att arbeta tillsammans med forskare, dataingenjörer, data stewards och systemutvecklare i en snabbt växande, dynamisk och progressiv grupp med en ledande roll i svensk datadriven livsvetenskap. 

För etablerandet av Data Science Node in Evolution and Biodiversity (DSN-EB) söker vi nu en erfaren dataingenjör för utveckling av tjänster till stöd för forskare inom evolution och biodiversitet.

https://www.uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Arbetsuppgifter
Arbetet kommer fokusera på utveckling och drift av system för bearbetning och visualisering av biologiska data. DNA-sekvenser är den vanligaste datatypen inom området, men även utbredningsdata och bilddata är vanliga. Delar av arbetet kommer att drivas av behov i projekt anknutna till Earth Biogenome Project, ett konsortium fokuserat på att ta fram kompletta DNA sekvenser (genom) av alla organismer i världen. Utveckling av en genomportal för visualisering och utforskande av dessa projekt ingår i arbetsuppgifterna. 

Kvalifikationskrav

- Sökande ska ha universitetsexamen i ämne med anknytning till tjänsten. 
- Dokumenterad erfarenhet av teknologier för t.ex. datalagring, metadatahantering, beräkning och visualisering.
- Dokumenterad erfarenhet av system för dokumentation och versionshantering med Git.
- Dokumenterad erfarenhet av Linuxbaserade system.
- Dokumenterad erfarenhet av databaser.
- Dokumenterad erfarenhet av relevanta programmeringsspråk, t ex Python.
- Flytande engelska

Stor vikt kommer att läggas på personlig lämplighet.

Önskvärt/meriterande:

- Erfarenhet av virtualisering och/eller container-baserade system och teknologier, gärna Kubernetes och Docker.
- Kunskap eller intresse av biomedicinsk forskning och infrastruktur.
- Erfarenhet av system- och användaradministration för mjukvarutjänster eller beräknings- och lagringsresurser.
- Erfarenhet av dataskydd och informationssäkerhetsarbete.
- Erfarenhet av att arbeta i projekt som drivs enligt Scrum och med metoder och verktyg för DevOps.
- Förmåga att arbeta både individuellt och i samarbete med kollegor i olika fält.
- Driftighet, initiativförmåga 

Om anställningen
Anställningen är tillsvidare, provanställning kan tillämpas. Omfattningen är 100 %. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av:
Bengt Persson, bengt.persson@icm.uu.se, Henrik Lantz, henrik.lantz@nbis.se, Johan Rung, johan.rung@scilifelab.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 16 januari 2023, UFV-PA 2022/4646.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.