Dataingenjör

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Vi söker en dataingenjör för en datanod inom precisionsmedicin och diagnostik.

Precisionsmedicin och diagnostik är ett snabbt växande område där stora datamängder analyseras för att stödja processen att bestämma behandling för varje individuell patient. Vi bygger datanoden för att vara i spetsen på världsomspännande utveckling av precisionsmedicin och diagnostik där team med olika kompetenser samverkar för bättre vård för varje patient.

https://www.scilifelab.se är ett nav inom biovetenskaplig forskning i Sverige och ett forskningssamarbete mellan KTH, Karolinska Institutet, Stockholms universitet och Uppsala universitet, med ytterligare verksamhet på många stora lärosäten i landet. SciLifeLab har ett uppdrag från regeringen att verka som nationell infrastruktur för att tillgängliggöra spjutspetsteknologier och -expertis inom molekylära livsvetenskaper till forskare i Sverige samt utgöra ett internationellt ledande centrum för forskning inom områden som hälsa och miljö. SciLifeLab är också värd för den nya miljardsatsningen Data-Driven Life Science (https://www.scilifelab.se/data-driven).

Den anställde kommer att arbeta vid DDLS-programmets Data Science Node (DSN) för Precisionsmedicin och Diagnostik vid Karolinska Institutet (KI) och SciLifeLab Data Centre (DC). Denna DDLS nod arbetar specifikt med precisionsmedicin och diagnostik föratt koordinera behovsinsamling för datatjänster och bioinformatiksupport för precisionsmedicin och diagnostik, och på nationell nivå engagera forskningsmiljöer och användare inom fältet. Varje DDLS nod organiseras lokalt inom respektive värduniversitet och integreras i en stark miljö för forskning och datahantering för fältet

Anställningen är vid Karolinska Institutet (KI) och har sin organisatoriska hemvist vid Compliance & Data Office (CDO), en enhet inom den centrala Avdelningen för forskarstöd (Research Support Office), på KI campus i norra Stockholm där även SciLifeLabs Stockholm site ligger. CDO erbjuder brett stöd till forskare inom ramen för datahantering, hälsodata, kliniska studier, etik och compliance, och nu via DDLS-programmet så utvecklas mer specifikt stöd inom precisionsmedicin och diagnostik. CDO samordnar också Research Data Office (RDO), en virtuell stödorganisation som består av experter från universitetsbiblioteket, IT-avdelningen, arkivet och juridiska avdelningen – till RDO knyts även nationella experter inom datastöd och strukturer via Svensk Nationell Datatjänst.

Arbetet leds från SciLifeLab Data Centre som ansvarar för IT-frågor och forskningsdatahantering för SciLifeLabs teknologiplattformar och andra SciLifeLab-organiserade program och aktiviteter, inklusive DDLS. Vi har ett nationellt uppdrag och driver som exempel den svenska nationella dataportalen för Covid-19 och pandemiberedskap. Vi jobbar aktivt med frågor kring FAIR, öppen vetenskap och datadriven forskning, i nära samverkan med nationella och internationella aktörer. Hos oss har du en möjlighet att aktivt påverka hur IT integreras i framtidens precisionsmedicin och diagnostik samt arbeta för öppenhet, reproducerbarhet och största möjliga vetenskapliga genomslag för de stora mängder forskningsdata som genereras i fältet. Du kommer att arbeta med forskare, kliniker, dataingenjörer, data stewards, och systemutvecklare i ett snabbt växande, dynamiskt och progressivt team med en ledande nyckelroll i landet.

Arbetsuppgifter:

KI och SciLifeLab Data Centre söker en motiverad och kunnig Dataingenjör med inriktning mot Precisionsmedicin och Diagnostik med placering vid KI:s Research Data Office (RDO) i Solna. Som dataingenjör förväntas du delta i tekniska utvecklingsprojekt för datatjänster, och applicera spetskompetens inom t.ex. mjukvaruutveckling, beräknings- och lagringsinfrastruktur, gränssnitt, molnteknologi, visualisering och databaser för att skapa tjänster som bidrar till att föra forskningsområdet framåt.

Hos oss kommer du att arbeta med tjänster för att möjliggöra forskningsprojekt inom precisionsmedicin och diagnostik, ofta i samverkan med sjukvården. Detta kräver tekniska lösningar med hög nivå på säkerhet, dataintegritet och interoperabilitet, som måste utvecklas i samverkan med ingenjörer och utvecklare vid andra organisationer. Datamängderna är ofta stora och komplexa, vilket medför höga krav både på mjukvara och infrastruktur. Av särskild vikt blir lösningar för meta-datahantering och integration av datamängder från t.ex. biobanker, kvalitetsregister, kliniska prövningar, storskaliga molekylära mätdata och andra hälsodata.

Kvalifikationskrav:

Ansökande ska ha universitetsexamen i ämne med anknytning till tjänsten. Utöver detta krävs:

- Dokumenterad erfarenhet av teknologier för t.ex. datalagring, metadatahantering, beräkning och visualisering
- Dokumenterad erfarenhet av system för dokumentation och versionshantering med Git
- Dokumenterad erfarenhet av relevanta programmeringsspråk, t ex Python
- Dokumenterad erfarenhet av att arbeta i Linuxbaserade miljöer
- Mycket goda kunskaper i engelska.

Stor vikt kommer att läggas på personlig lämplighet.

Meriterande:

- Kunskap eller intresse av biomedicinsk forskning och infrastruktur.
- Erfarenhet av virtualisering och/eller container-baserade system och teknologier, gärna Kubernetes och Docker.
- Erfarenhet av system- och användaradministration för mjukvarutjänster eller beräknings- och lagringsresurser
- Erfarenhet av dataskydd och informationssäkerhetsarbete
- Erfarenhet av att arbeta i projekt som drivs enligt Scrum och med metoder och verktyg för DevOps
- Förmåga att arbeta både individuellt och i samarbete med kollegor i olika fält
- Driftighet, initiativförmåga och ett intresse av att stödja svensk forskning inom datadriven livsvetenskap. 

Placering: Solna

https://ki.se/om-ki/tio-skal-att-valja-karolinska-institutet