Doktorand i beräkningsbiokemi

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 40 000 studenter, 7 000 anställda och en omsättning på 6,5 miljarder kronor.



Institutionen för cell- och molekylärbiologi (ICM) är en av de mest internationella, interdisciplinära och framstående forskningsinstitutionerna inom molekylär biovetenskap i Europa.

Institutionens forskning sträcker sig från cellbiologi till biofysik.

I ett försök att kartlägga de fysikaliska principerna för hur proteiner söker efter specifika sekvenser i genomet samt dechiffrera den regulatoriska genetiska koden har vi skapat en forskningsmiljö för att förena biologi, teknik och fysik. Att på detta vis sluta gapet mellan teknikutveckling och grundforskning har många viktiga konsekvenser för alla livsvetenskaperna.

De forskare som deltar i satsningen är Maria Tenje och Helene Andersson-Svahn som arbetar med mikroflödessystem för cellanalys, Mats Nilsson som utvecklar molekylär diagnostik in situ, Lynn Kamerlin som utför molekylära simuleringar av protein-DNA-interaktioner samt Johan Elf, Magnus Johansson och Sebastian Deindl som undersöker molekylära interaktioner och kinetik med hjälp av högupplöst dynamisk mikroskopi och strukturbiologiska modeller.

Projektet kommer att göra det möjligt att koppla dynamiska fenotyper till den underliggande genotypen för tusentals olika celler samtidigt. Metoden har potentiella tillämpningar inom många vetenskapsområden, inklusive läkemedelsforskning, produktoptimering inom bioproduktion samt grundläggande genetik.

Den aktuella tjänsten är baserad i Lynn Kamerlins forskargrupp vid institutionen för cell och molekylärbiologi vid Uppsala universitet. Institutionen är en av de mest internationella, tvärvetenskapliga och framgångsrika forskningsavdelningarna inom molekylär biovetenskap i Europa.

Mission: Vi söker dig som vill arbeta i ett nyfikenhetsdrivet tvärvetenskapligt forskarteam med världsledande forskningsprojekt. Vi erbjuder en stimulerande forskningsmiljö i gränslandet mellan beräkningsbiologi, biokemi och mikrobiologi där vi karaktärisera de grundläggande mekanismerna för bakteriell genreglering.

Arbetsuppgifter/Projektbeskrivning: Som en del i ett tvärvetenskapligt forskarteam kommer du att använda och utveckla nya metoder för molekyldynamiksimuleringar för att kunna svara på grundläggande frågor om hur proteiner söker efter specifika DNA-sekvenser. Projektets fokus ligger på datormodellering av protein-DNA-interaktioner med hjälp olika beräkningsmetoder, exempelvis molekyldynamiksimuleringar, fria energiberäkningar och olika förbättrade samplingsmetoder. Syftet är att förstå vilka molekylära egenskaper som ligger bakom hur proteiner känner igen DNA-sekvenser, och hur sekvensförändringar i DNA påverkar dessa. Mer information om projektet finns på projektets hemsida (http://elflab.icm.uu.se/kaw/agile), och information om forskningen i Kamerlin-labbet hittar du på http://www.kamerlinlab.com.

Kvalifikationskrav: Du har en passion för vetenskap och höga ambitioner att utföra forskning av internationellt hög kvalité. Du har en magisterexamen inom ett relevant ämnesområde och god erfarenhet av åtminstone en av de beräkningsmetoder som är relevanta för projektet. Programmeringsvana är ett plus men är inte obligatorisk. Personliga egenskaper, förmåga att arbeta självständigt men samtidigt kunna interagera med andra forskare är mycket viktigt. Utmärkta kunskaper i skriven och talad engelska är en förutsättning.

Ansökningsförfarande: Ansökan ska innehålla ett brev där den sökande kort beskriver sig själv och sina forskningsintressen. Ansökan ska dessutom innehålla CV, kopior av examensbevis och betyg, examensarbete och övriga handlingar som sökanden önskar åberopa.

Information om utbildning på forskarnivå samt krav och regler för antagning hittar du på http://www.teknat.uu.se/utbildning/forskarniva. Studietiden för heltid är högst fyra år. Villkor för fortsatta studier finns i Högskoleförordningen 5 kap 1-7 §§. Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer http://regler.uu.se/.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Enligt lokalt avtal (Lokalt kollektivavtal för doktorander och amanuenser).

Tillträde: 2017-07-01 tidsbegränsad anställning (eller enligt överenskommelse) t.o.m. 2021-06-30

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av Lynn Kamerlin, kamerlin@icm.uu.se, 46 18 471 4423.

Välkommen med din ansökan senast den 20 maj 2017, UFV-PA 2017/1352

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.