Doktorand i beräkningsorienterad cancerforskning

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.

a. cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar och masterprogram inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 420 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt ca 700 verksamma i arbetsstyrkan. Läs mer om IGP här; https://uu.varbi.com/center/tool/position/491811/edit/tab:2/(www.igp.uu.se).

https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Arbetsuppgifter
En forskarutbildningsplats finns tillgänglig för en motiverad student med intresse för storskaliga beräkningar och cancerforskning i forskargruppen som leds av Professor Sven Nelander vid Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Vår forskargrupp arbetar med att kartlägga och förstå hur cancer uppkommer, fortskrider och kan behandlas. Vi fokuserar på cancer i nervsystemet, en grupp av sjukdomar där behovet för nya behandlingar är stort. Gruppens arbete karakteriseras av ett tvärvetenskapligt arbetssätt, där forskare med beräkningsexpertis och experimentell inriktning samarbetar. Gruppen (nelanderlab.org) har runt 15 medlemmar och är placerad vid Rudbecklaboratoriet och SciLifeLab, två ledande nationella centra inom sjukdomsforskning. 

Målet med doktorandprojektet är att använda en banbrytande CRISPR-baserad metod, där storskalig genutslagning kombineras med single-cell-profilering för att kartlägga mekanismer bakom hjärntumörers invasion. Vi kommer sedan att vidareutveckla resultaten i innovativa patient-specifika försöksmodeller, med målet att identifiera nya patientspecifika behandlingar mot tumörinvasion. Projektet handleds av prof Sven Nelander (huvudhandledare) och Dr Cecilia Krona (bihandledare). 

Denna doktorandtjänst är en del av eSSENCE - SciLifeLab forskarskola i dataintensiv vetenskap. Forskarskolan tar sig an utmaningen med dataintensiv vetenskap både ur det grundläggande metodologiska perspektivet och ur perspektivet av datadrivna vetenskapstillämpningar. Det är en arena där experter inom beräkningsvetenskap, datavetenskap och datateknik (system och metodik) arbetar nära tillsammans med forskare inom (datadrivna) vetenskaper, industri och samhälle för att påskynda dataintensiva vetenskapliga upptäckter.

eSSENCE är ett strategiskt forskningssamarbete inom e-vetenskap mellan tre svenska universitet med en stark tradition av utmärkt e-vetenskaplig forskning: Uppsala universitet, Lunds universitet och Umeå universitet.

SciLifeLab är en ledande institution och nationell forskningsinfrastruktur med mandat att möjliggöra spjutspetsforskning inom biovetenskap i Sverige, främja internationella samarbeten samt attrahera och behålla kunskap och talang.

Doktorandanställningen avser egna studier på heltid under maximalt 4 år. Innehavare av doktorandanställning ska främst ägna sig åt egen utbildning på forskarnivå men övrigt arbete såsom undervisning, handledning av studenter och administrativt arbete kan ingå med högst 20 procent av anställningen. Anställningen kommer att förlängas med undervisningstiden för att möjliggöra fyra år av heltidsstudier på forskarnivå. Doktoranden förväntas att aktivt delta i kurser och andra aktiviteter inom forskarskolan.  

Kvalifikationskrav
För att bli antagen till en forskarutbildningsplats kräves en magisterexamen (http://www2.medfarm.uu.se/utbildning/forskarniva/vill_du_borja/), och för den utannonserade platsen krävs att examen är inom bioinformatik, teknisk biologi, datavetenskap, matematik eller liknande. En examen inom medicin eller biologi som kompletterats med kurser inom datavetenskap och matematik kan även godtas. Erfarenhet av att arbeta i Unix/Linux-miljön samt dokumenterad erfarenhet av att arbeta i R, Matlab eller Python är ett krav. Goda färdigheter i muntlig och skriftlig engelska krävs.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Grundläggande erfarenhet och intresse i maskininlärning och neurala nätverk, bioinformatik, biostatistik och medicinska frågeställningar är starkt meriterande. Tidigare forskningserfarenhet (t.ex. examensarbete) i genetisk eller medicinsk epidemiologi och dokumenterad erfarenhet av storskaliga dataanalyser är meriterande. Kunskaper i, eller erfarenhet av, cancer och tumörbiologi är meriterande.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i https://regler.uu.se/?languageId=3

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Upplysningar om anställningen lämnas av:
Sven Nelander, sven.nelander@igp.uu.se, +46 76 1380123

Välkommen med din ansökan senast den 29 april 2022, UFV-PA 2022/867.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.