Doktorand i beräkningsvetenskap

Doktorand i beräkningsvetenskap
vid Institutionen för informationsteknologi (IT), avdelningen för teknisk databehandling.

Vi söker en doktorand till följande projekt:
Stokastiska och deterministiska metoder för högdimensionella problem i molekylärbiologi
Internt brus i biologiska nätverk kan ha stor inverkan på beteendet hos biologiska celler.Ett exempel är regleringen av transkriptionen av gener till mRNA där antalet gener är ett eller två och antalet mRNAmolekyler är litet.Det låga antalet molekyler och att det finns en sannolikhet att en reaktion kommer att inträffa när två molekyler stöter på varandra gör att en diskret, stokastisk beskrivning av systemet krävs.

Masterekvationen är en differential-differensekvation för tidsutvecklingen av sannolikhetstätheten för att systemet skall vara i ett visst tillstånd vid en viss tid.Systemet kan komma från molekylärbiologi, där tillstånden svarar mot antalet molekyler av olika ämnen, från populationsdynamik, där tillstånden svarar mot antalet djur av olika arter, eller från epidemiologi, där tillstånden är antalet friska, sjuka och infekterade individer.

Lösningen av masterekvationen är betydelsefull i problem med många olika ämnen eller arter och med variation i rummet.Dessa problem kan för närvarande simuleras på dator enbart med stokastiska Monte Carlo-metoder men de har nackdelar som långsam konvergens.Syftet med detta projekt är att utveckla deterministiska beräkningsmetoder och hybridmetoder för masterekvationen i höga dimensioner och tillämpa dem på problem i molekylärbiologi.Vår hemsida är http://www.it.uu.se/research/group/ndim/molbio och vi samarbetar med Elf- och Ehrenberg-grupperna vid Institutionen för cell och molekylärbiologi vid Uppsala universitet.Exempel på forskningsproblem är: metoder för problem med variation i rummet, koppling av metoder som är lämpade för olika skalor, adaptiva metoder, problem med tidsfördröjning.

Den sökande ska inneha civilingenjörsexamen eller magisterexamen samt goda kunskaper i tillämpad matematik, numeriska metoder, statistik och programmering.Sökande ska ha en god teoretisk bakgrund, med goda kommunikationsfärdigheter och utmärkta studiemeriter.

Doktoranden ska främst ägna sig åt egen utbildning på forskarnivå.Övrig tjänstgöring vid institutionen, som avser undervisning och administrativt arbete ingår inom ramen för anställningen (max 20 %).

För anställning som doktorand krävs att innehavaren är antagen eller kommer att antas till utbildning på forskarnivå.Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer http://info.uu.se/internt.nsf/regelsamling.Lokala riktlinjer finns fastställda för löneinplacering.

Uppsala Universitet strävar för att nå en jämn fördelning mellan könen.En majoritet av doktoranderna inom Institutionen för informationsteknologi är män varför universitetet gärna ser kvinnliga sökanden.

Ansökan ska innehålla ett brev där sökanden beskriver sig själv, relevanta kvalifikationer och intressen.Ansökan ska också innehålla en meritförteckning (CV), kopia av relevanta betygshandlingar samt en kopia av examensarbete (eller en sammanfattning av arbetet) och i den mån sådana finns övriga publikationer.