Doktorand i beräkningsvetenskap med inriktning mot kemi; dynamiska bilddata

Umeå universitet satsar på kreativa miljöer för studier och arbete. Hos oss finns attraktiva utbildningar, världsledande forskning och utmärkta innovations- och samverkansmöjligheter. Fler än 4 100 medarbetare och 34 000 studenter har redan valt Umeå universitet. Välj oss du också.




Kemiska institutionen söker en doktorand i beräkningsvetenskap med inriktning mot kemi.

Anställningen omfattar 4 års forskningstid där en kursdel ingår. Sista ansökningsdag är 10 augusti 2020.

Projektbeskrivning
Biologiska läkemedel har senaste 15-20 åren revolutionerat behandling av livshotande och kroniska sjukdomar. Utveckling av nya läkemedel är väldigt kostsamt och tidskrävande, med ca 20% av kostnaden spenderas i tidiga skeden och i prekliniska studier. Nyckeln till att påskynda dessa faser är att snabbt utvärdera tusentals kandidater för deras potentiella kliniska effekt.

Modern mikroskopi har skapat helt nya sätt att snabbt och effektivt studera och utvärdera nya läkemedelskandidater i levande celler eller multicellulära organoider. Själva dataanalysen av dessa bilder är kritisk och samtidigt utmanande på grund av väldigt stora datamängder och hög komplexitet.

Bildanalys har senaste 10 åren revolutionerats av AI och så kallad djup inlärning. Djup inlärning har framgångsrikt använts för att upptäcka och segmentera celler, följa cellrörelse över tid och förutse celldifferentiering. Hittills har dataanalysen av dessa bilder begränsats till att analysera enstaka bilder istället för över tid som fångar biologiska dynamiska förlopp.

Projektet syftar till att använda djup inlärningsbaserade algoritmer tillsammans med multivariat dataanalys för att utveckla nya arbetsflöden för dataanalys av dynamisk bilddata. Delmål i projektet är att 1) ​​segmentera enskilda celler och spåra dem över tid, 2) använda djup inlärning och multivariat dataanalys för att modellera beteendet över tid, 3) använda dessa modeller för att extrahera information om cellers fenotyp över tid och 4) tillämpa steg 1-3 för att studera komplexa biologiska prover. Data kommer bland annat att tillhandahållas av BICU (Biochemical Imaging Center Umeå) som nyligen har fått ett Sartorius IncuCyte®-system för levande cellavbildning. De utvecklade algoritmerna möjliggör insikt i biologi som inte har varit tidigare förekommande för avbildningssystem med hög kapacitet.

Kvalifikationer
För att bli antagen till utbildning på forskarnivå krävs att den sökande har grundläggande behörighet genom avlagd examen på avancerad nivå, eller slutförda kursfordringar om minst 240 högskolepoäng varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller motsvarande utländsk utbildning, eller motsvarande kvalifikationer.

För att uppfylla kravet på särskild behörighet att antas till utbildning på forskarnivå beräkningsvetenskap krävs att den sökande har minst 90 högskolepoäng beräkningsvetenskapliga kurser varav minst 30 högskolepoäng på avancerad nivå. Med beräkningsvetenskapliga kurser avses kurser med stora kvantitativa, statistiska eller datavetenskapliga inslag såsom kurser i datavetenskap, matematik och matematisk statistik samt relevanta kurser i biologi, ekologi, fysik och kemi. Behörig är även den som på annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Goda kunskaper i engelska i både tal och skrift krävs. Du är strukturerad, lösningsorienterad och intresserad av att lära dig nya saker, framförallt inom dataanalys. Du har en mycket god kommunikationsförmåga samt en god samarbetsförmåga.

Det är meriterande om du har erfarenhet av datavetenskapliga verktyg och maskininlärningsmetoder, inklusive scripting, främst i Python och andra språk (MATLAB, C, JavaScript, etc.). Erfarenhet av försöksplanering och dataanalys är också meriterande.

Villkor för anställningen
Anställningen syftar till en doktorsexamen och doktorandens huvuduppgift är att ägna sig åt egen forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna kan undervisning och annat institutionsarbete (upp till max 20%) ingå. Anställningen är tidsbegränsad till fyra år heltid eller upp till fem år vid undervisning deltid. Löneplaceringen sker enligt fastställd lönestege för doktorandanställning.

Ansökan
En fullständig ansökan ska innehålla följande dokument;

- CV
- Ett personligt brev där du beskriver dina forskningsintressen samt dina skäl att söka utbildningsplatsen
- Styrkta kopior av examensbevis eller motsvarande, inklusive dokumentation av genomförda akademiska kurser, erhållna betyg, och andra relevanta intyg
- Namn och kontaktinformation till minst två referenspersoner

Du ansöker via vårt e-rekryteringssystem. Sista ansökningsdag är den 10 Augusti 2020.

Närmare upplysningar lämnas av prof. Johan Trygg, e-post: mailto:johan.trygg@umu.se.

Information om oss
Kemiska institutionen är en av de största institutionerna inom Teknisk-naturvetenskaplig fakultet och har närmare 200 anställda, varav ca 40 forskarstuderande och en stark och expanderande forskning. Tre större forskningsområden, Biologisk kemi, Miljö- och Biogeokemi och Teknisk kemi samlar institutionens forskning och utbildning inom kemi. Vi är också en stark partner inom KBC, Kemisk-Biologiskt Centrum. Information om vår forskarutbildning finns på vår hemsida: http://www.umu.se/teknisk-naturvetenskaplig-fakultet/utbildning/utbildning-pa-forskarniva/kemi/.

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.


Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser.