Doktorand i bioinformatik

Institutionen för husdjursgenetik
Institutionen för husdjursgenetik, avdelningen för bioinformatik, söker en doktorand. Institutionen har som vision "klokt nyttjande av genetiska resurser" och har ca 60 medarbetare som bedriver forskning med fokus på tillämpad husdjursavel, molekylärgenetik, kvantitativ genetik och bioinformatik (https://www.slu.se/institutioner/husdjursgenetik/). Ämnet för doktorandprojektet är Interaktion mellan genom och mikrobiom hos olika husdjur vid anpassning till olika miljöer.

Innehållsbeskrivning:
Doktoranden kommer att höra till avdelningen för bioinformatik som bedriver bioinformatisk forskning där vi kombinerar datavetenskap, statistik, matematik och ingenjörsvetenskap för att analysera och tolka biologiska data. Bioinformatiken är avgörande för analyser när data från sekvensering av olika arters genom och transkriptom (vilka gener är aktiva och hur aktiva de är) och mikrobiom (alla mikroorganismer i en viss miljö) studeras. Andra viktiga delar av vår verksamhet i bioinformatik är utveckling och hantering av databaser, där vi också deltar i nationella och internationella infrastrukturer och projekt.

Vi arbetar med att organisera, strukturera, lagra och analysera stora mängder data som idag produceras av ”high throughput”-teknologier. Vi analyserar och organiserar information från projekt där virus, bakterier, nematoder, växter, vilda djur, husdjur och människors genom studeras.

Beskrivning/ Arbetsuppgifter
Du kommer att arbeta med en tvärvetenskaplig, jämförande studie av genomik- och mikrobiomi-interaktioner som påverkar olika husdjursrasers förmåga till anpassning till olika miljöer och stressituationer. Du kommer att utveckla bioinformatiska verktyg och arbetsflöden för att analysera stora mängder data. Tyngdpunkten för doktorandprojektet kommer att ligga på jämförande genom-fenotyp-analys samt nätverksanalyser av genuttryck. Målet är att uppnå kunskap om genetiska interaktioner mellan genom och mikrobiom i olika husdjursraser. Du kommer också få delta i undervisningen i bioinformatik på masters- och forskarutbildningsnivå.

Kvalifikationer:
Du ska ha en mastersexamen i biologi. Programmeringsfärdigheter och vana att arbeta i Linux eller Unix-miljö är ett krav. Du kommer att arbeta med forskare från olika internationella organisationer och därför är goda kunskaper i engelska ett krav. Kunskaper i franska är meriterande. Du ska vara starkt motiverad för forskarstudier, ha förmåga till självständigt arbete och kritisk analys, god problemlösningsförmåga samt god samarbets- och kommunikationsförmåga. Tidigare erfarenheter av arbete med bioinformatik och studier av mikrobiom är meriterande för anställningen, liksom praktisk erfarenhet av att utveckla arbetsflöden för analyser i metagenomik och analyser av metagenomisk data. Erfarenhet av undervisning i bioinformatik är också meriterande, liksom kunskap om nästa generations sekvensiering (NSG) och metagenomik.

Placering:           
Uppsala

Försörjningsform:
Anställning som doktorand (4 års utbildning)  

Tillträde:
Augusti 2020 eller enligt överenskommelse.

Ansökan
Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen senast den 2020-05-07.

För att vara behörig till utbildning på forskarnivå krävs avlagd examen på avancerad nivå eller minst fyra års heltidsstudier varav minst ett år på avancerad nivå.

Urval bland behöriga sökande baseras på skriftlig ansökan inklusive meritförteckning och publikationslista, vidimerade kopior av examensbevis och registerutdrag från tidigare studier på grund- och avancerad nivå vid universitet eller högskola, en förteckning med namn på minst två personliga referenser, dokumenterade kunskaper i engelska samt en intervju. Observera att sökande som har utländskt medborgarskap också ska lämna in en vidimerad kopia av den sida i passet som innehåller foto och persondata.

Läs mer om SLU:s forskarutbildning på www.slu.se/utbildning/program-kurser/forskarutbildning/

Fackliga kontaktpersoner:
https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/



Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) utvecklar kunskapen om de biologiska naturresurserna, och hur vi kan förvalta och nyttja dem på ett hållbart sätt. Detta sker genom utbildning, forskning och miljöanalys, i nära samverkan med näring och samhälle. SLU är ett internationellt och forskningsintensivt universitet, men erbjuder också unika utbildningar som agronom, veterinär, jägmästare, miljöekonom och landskapsarkitekt.

SLU har drygt 3000 medarbetare, 5000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över tre miljarder kronor. Universitetet satsar på attraktiva miljöer på sina campusområden i Alnarp, Umeå och Uppsala.

www.slu.se

SLU eftersträvar mångfald och jämn könsfördelning.