Doktorand i bioinformatik / encellsgenomik

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 46.000 studenter, 7.300 anställda och en omsättning på 7,3 miljarder kronor.




Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 300 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset.

Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på http://www.medsci.uu.se

Arbetsuppgifter/Projektbeskrivning: Det finns en ledig forskarutbildningsplats (doktorandplats) för en motiverad student med intresse för genomik i forskargruppen för molekylär precisionsmedicin som leds av Dr Jessica Nordlund vid Uppsala universitet, Institutionen för medicinska vetenskaper (IMV). Forskningsprojektet kommer att genomföras i nära samarbete med Barnneurologi-Barnonkologi-gruppen som leds av professor Arja Harila-Saari vid Institutionen för kvinnors och barns hälsa, forskargruppen för molekylärmedicin som leds av professor Ann-Christine Syvänen (IMV) samt Uppsalanoden för National Genomics Infrastructure på SciLifeLab (http://www.sequencing.se). Syftet med doktorandprojektet är att bestämma de molekylära profilerna hos enskilda celler från patienter med barnleukemi före och efter en läkemedelsintervention av cellerna. Enskilda cancerceller som behandlats med olika läkemedelskandidater kommer att analyseras med hjälp av storskalig helgenomsekvensering, RNA-sekvensering och epigenetiska analyser. Målet är att påvisa cellspecifika förändringar och korrelera fynden till svar på behandling och prognos.

Kvalifikationskrav: Lämplig bakgrund för sökande är universitetsexamen på avancerad nivå inom bioinformatik, genetik, datavetenskap, beräkningsbiologi, biostatistik eller annan motsvarande utbildning. Sökande ska ha ett stort intresse och dokumenterat erfarenhet för programmering och datorbaserade analyser och kunna uttrycka sig väl, både muntligt och skriftligt, på engelska. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper såsom positiv attityd, problemlösningsförmåga och noggrannhet.

Vidare krävs följande:

- Tidigare dokumenterad erfarenhet av att arbeta i Unix/Linuxmiljö, samt i R, Python, och Bash.
- Grundläggande kunskaper om och erfarenhet av att arbeta med sekvenseringsdata.
- Projektet kräver att du kan arbeta självständigt, men att du också har god samarbetsförmåga eftersom arbetet kommer att utföras i nära samarbete med andra forskare inom gruppen.
Önskvärt/meriterande i övrigt:

- Erfarenhet av maskininlärningsmetoder.
- Erfarenhet av att arbeta med stora dataset och med stora datamängder.
Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer http://regler.uu.se/.

Lön: Enligt lokalt kollektivavtal för doktorander.

Tillträde: 2020-08-01 eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning enl HF 5 kap § 7.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: Jessica Nordlund, 070-4250806, Jessica.Nordlund@medsci.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 28 maj 2020, UFV-PA 2020/1367.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.