Doktorand i bioinformatisk analys av endokrina tumörsjukdomar

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 46.000 studenter, 7.300 anställda och en omsättning på 7,3 miljarder kronor.




Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 300 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset.

Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på http://www.medsci.uu.se

Center of Excellence Endokrina Tumörer vid Akademiska Sjukhuset och Uppsala Universitet är en centrumbildning för vård och forskning på ovanliga cancersjukdomar som uppstår i hormonproducerande organ. Den kliniska verksamheten är internationellt ackrediterad och affilierade forskargrupper bedriver spjutspetsforskning sedan över 3 decennier. Mer information finns på https://www.akademiska.se/forskning-och-utbildning/centre-of-excellence/endokrina-tumorer/

Projektbeskrivning: Projektet går ut på att studera biologin hos neuroendokrina tumörer utgångna ur pankreas på DNA och RNA nivå. Genom forskargruppens biobank kommer tumörvävnad att analyseras med helgenomsekvensering, helexomsekvensering, RNA-sekvensering och methyleringsarray. Målet är att påvisa tumörspecifika förändringar och korrelera fynden till prognos och svar på behandling. Genom att studera tumörevolution vill vi även beskriva hur dessa sjukdomar uppstår samt utvecklas över tid. Doktoranden kommer att arbeta med bioinformatiska analysmetoder.

Huvudhandledare är Joakim Crona vid Uppsala Universitet.

Kvalifikationskrav: Den sökande skall ha avlagt examen på masternivå (300 hp, varav 60 hp på avancerad nivå) inom bioinformatik eller annat relevant ämnesområde. Vidare krävs följande:

- Grundläggande kunskap i och praktisk erfarenhet från att arbeta med sekvenseringsdata.
- Grundläggande kunskap i och erfarenhet från att arbeta i Linux miljö via kommandotolk.
- Grundläggande kunskap och erfarenhet från att skriva egna skript i valfritt programmeringsspråk (ex. Bash och/eller Python).
Önskvärt/meriterande i övrigt: Följande kunskap och/eller erfarenheter är meriterande:

- Arbete mot Uppsala Universitets datorkluster (UPPMAX)
- Arbete med stora dataset och med stora datamängder
- Grundläggande kunskap i tumörbiologi och erfarenhet från forskningsprojekt på cancersjukdomar.
Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer http://regler.uu.se/.

Instruktioner för ansökan: Ansökan ska innehålla 1) ett brev som beskriver dig själv, dina forskningsintressen, varför du vill doktorera och varför just du är lämplig för tjänsten, 2) ditt CV, 3) en kopia av din masterexamen och dina kursbetyg samt en kopia av din masteruppsats 4) namn och kontaktuppgifter till minst två referenspersoner, varav en ska vara huvud-handledare till din masteruppsats (e-postadress och telefonnummer), och 5) eventuella publikationer. Ansökan bör skrivas på engelska.      

Lön: Enligt lokalt kollektivavtal för doktorander.

Tillträde: 2020-06-01 eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning enl HF 5 kap § 7.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: Joakim Crona, 018-6118630, joakim.crona@medsci.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 31 Mars 2020, UFV-PA 2020/143.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.