Doktorand i biokemi - artificiell intelligens i strukturbiologi

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 45 000 studenter, mer än 7 000 anställda och en omsättning på cirka 7 miljarder kronor.




Institutionen för kemi – BMC bedriver forskning och utbildning inom analytisk kemi, biokemi och organisk kemi.

Drygt 100 personer, varav ca 45 doktorander, arbetar vid institutionen. Nya medarbetare och studenter rekryteras från hela världen och engelska är det huvudsakliga arbetsspråket. Institutionen är belägen vid Biomedicinskt Centrum i Uppsala där det finns goda möjligheter till samarbeten med forskargrupper inom biologi, farmaci, medicin och SciLifeLab samt tillgång till avancerad infrastruktur för experimentella och teoretiska studier. Den internationella miljön och möjligheterna till tvärvetenskapliga samarbeten ger forskarstuderande vid institutionen möjlighet att medverka i relevanta forskningsprojekt och förbereda sig för en internationell forskningskarriär.

Läs mer om forskningen vid Institutionen för kemi – BMC på vår https://www.kemi.uu.se/bmc/forskning

Projektbeskrivning: Du kommer att använda banbrytande metoder som använder sig av artificiell intelligens för att studera proteinstruktur. Vi är speciellt intresserade av att använda nya AI metoder för att tolka experimentella data inom kryo- elektronmikroskopi och/eller röntgenkristallografi, och för att knyta ihop metoderna med modellerade proteinstrukturer.

Du förväntas vara involverad i alla steg i projektet, dvs att förbereda och utföra experiment och beräkningar och att analysera och publicera data. Valet av delprojekten är flexibla och anpassas till den utvalda dina intressen och erfarenheter.

I projektuppgifterna ingår:

- Analys av kryo-elektronmikroskopi och kristallografidata med hjälp av AI.
- Prediktion av proteinstruktur med stöd av AI
- Utveckling av AI-baserade metoder för användning inom strukturbiologi
- Identifiering och publicering av resultat
- Vetenskapligt samarbete inom och utanför den egna forskargruppen
- Kommunikation av resultat

Hos oss kommer du att få omfattande kreativt utrymme för att utveckla projektet och tillräckliga resurser för att kunna producera avancerade resultat. Du kommer att också ha nytta av att vara en del av ett dynamiskt team.

Anställningen är placerad i http://www.westenhofflab.net/ Teamet har som mål att förstå strukturell dynamik av proteiner och kemiska reaktioner. Forskningen ligger i gränssnittet mellan biologi, kemi och fysik och har resulterat i två ERC-utmärkelser. Gruppen publicerar kontinuerligt i ansedda tidskrifter. Hitta mer information på google scholar.

Arbetsuppgifter: Huvuduppgiften för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna kan det även ingå undervisning och annat institutionsarbete, dock max 20% av arbetstiden.

Kvalifikationskrav:

- Behörighet till utbildning på forskarnivå har den som fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kompetenser. Mer information om behörighetskraven finns https://teknat.uu.se/utbildning/forskarniva/amnen-och-inriktningar/
- För att antas till forskarutbildning inom biokemi krävs 120 hp i biokemi eller på kurser inom för biokemi relevanta områden. Dessa kurser ska innefatta minst 90 hp i kemi, varav 45 hp i biokemi och där minst 15 hp utgörs av examensarbete i biokemi. Mer in formation om de ämnesspecifika kraven finnshttps://teknat.uu.se/digitalAssets/395/c_395084-l_3-k_studieplan-biokemi_150311.pdf#__utma=1.1846047202.1610463675.1620637009.1621233958.10&__utmb=1.24.10.1621233958&__utmc=1&__utmx=-&__utmz=1.1612268582.1.1.utmcsr=(direct)|utmccn=(direct)|utmcmd=(none)&__utmv=-&__utmk=121533704
- Mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift

Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper såsom god samarbetsförmåga, motivation och självständighet, samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha de förmågor som krävs för att kunna tillgodogöra sig och utvecklas inom forskarutbildningen.

Önskvärt/meriterande i övrigt: Vi letar efter en djärv person, som har en hög grad av motivation, är självständig och kan jobba effektivt i ett team. I första hand, letar vi efter biokemist/biofysiker/kemist med intresse och erfarenhet av programmering och datorberäkningar. I andra hand letar vi efter en datorvetare med starkt intresse och dokumenterat erfarenhet inom kemi/biologi, till exempel genom kurser på universitets nivå eller forskningserfarenhet.

Doktorander engageras normalt för viss undervisning på grund- och avancerad nivå. Tidigare erfarenhet från undervisning/mentorskap, även från miljöer utanför skola/universitet, samt annan utåtriktad verksamhet kan därför vara meriterande.

Instruktioner för ansökan: Ansökan bör skrivas på engelska och ska innehålla följande dokument:

- Personligt brev
- Curriculum vitae
- Vidimerade kopior av utbildningsbevis och kursbetyg.
- Kontaktuppgifter till minst två referenspersoner (e-postadress och telefonnummer).
- Kopia på examensuppsats, eventuella publikationer eller andra handlingar du vill åberopa.

Lön: Enligt lokalt kollektivavtal för doktorander.

Tillträde: 2021-08-01 eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning enligt HF 5 kap § 7. Forskarutbildningen omfattar normalt fyra års heltidsstudier. Anställningen kan komma att kombineras med undervisning eller annan institutionstjänstgöring (maximalt 20 %), vilket förlänger anställningen med motsvarande tid. Mer information om forskarutbildningen finns http://www.teknat.uu.se/utbildning/forskarniva/

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: Sebastian Westenhoff, telefon 076-6183936, sebastian.westenhoff@kemi.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 12 juli 2021, UFV-PA 2021/2464.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.