Doktorand i biokemi med inriktning mot bioinformatik (E)

vid Institutionen för biokemi och biofysik. Sista ansökningsdag: 2016-09-15.

För mer information om vår verksamhet: www.dbb.su.se. För full annons se www.su.se under Lediga jobb.

Projektbeskrivning
Dina studier på forskarnivå inom biokemi med inriktning mot bioinformatik kommer att bedrivas inom projektet "Djupinlärning för förutsägande av proteinstrukturer". Projektledare: Arne Elofsson, arne@bioinfo.se, webbsida: www.bioinfo.se.

Djupinlärning är en gren av maskininlärning baserad på en uppsättning av algoritmer som försöker att modellera data på en hög abstraktionsnivå. Här kombineras olika modellarkitekturer, med komplexa strukturer, som består av flera icke-linjära transformationer. Användningen av djupinlärning har revolutionerat maskininlärning, men hittills endast använts i några få biologiska tillämpningar.

I det här projektet vill vi använda djupinlärningsmetod för att förutsäga olika aspekter av proteinstrukturer, inklusive (men inte begränsat till) modellkvalitetsbedömning, kontaktförutsägelser och sekundärstrukturförutsägelse. För en översikt över vårt arbete se http://bioinfo.se/papers/ 

Studenter med en bakgrund i fysik, datalogi eller bioteknik är lämpade att söka. Programmeringserfarenhet är viktigt och ett generellt intresse i vetenskapliga frågeställningar är avgörande.

Behörighetskrav
Grundläggande behörighet har den som avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

För särskild behörighet krävs att den sökande inom utbildning på grundnivån har godkänt resultat på kurser om minst 90 högskolepoäng, antingen a) kemi/molekylärbiologi/bioteknik, eller b) datalogi/matematik/fysik, och ett självständigt arbete om minst 30 högskolepoäng samt kurser på avancerad nivå inom molekylära livsvetenskaper, datalogi, matematik, fysik och/eller bioinformatik så att totalt 60 högskolepoäng på avancerad nivå uppnås. Särskild behörighet har också den som i annan ordning inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper, vilket bedöms av examinator och/eller studierektor för utbildning på forskarnivå. 

Som doktorand får endast den anställas som antas eller redan är antagen till utbildning på forskarnivå vid en högskola. Vid anställning som doktorand/antagning till utbildning på forskarnivå ska avseende fästas främst vid graden av förmåga att tillgodogöra sig utbildning på forskarnivå.

Urval
Antagningsordning för utbildning på forskarnivå vid Stockholms universitet finns på: www.regelboken.su.se.

Anställningsvillkor
En ny anställning som doktorand gäller högst ett år. Anställningen får förnyas högst två år i taget. Sammanlagda anställningstiden får inte vara längre än motsvarande fyra års studier på heltid. 

Stockholms universitet strävar efter att vara en arbetsplats fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla.

Kontakt
Ytterligare information lämnas av projektledaren. Allmän information ang forskarutbildningen fås från Stefan Nordlund, studierektor, stefan@dbb.su.se, eller Lena Mäler, prefekt, mailto:lena.maler@dbb.su.se.

Fackliga företrädare
Anqi Lindblom-Ahlm (Saco-S) och Lisbeth Häggberg (Fackförbundet ST), tfn 08-16 20 00 (vx), Gunnar Stenberg (SEKO), tfn 070-316 43 41, samt doktorandrepresentant, fredrik.c.l@sus.su.se.


Ansökan
Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag. Anvisningar för sökande finns på webbsidan: anvisningar – sökande

 


Stockholms universitet – hos oss ger utbildning och forskning resultat.