Doktorand i datoriserad bildbehandling

Doktorand i datoriserad bildbehandling vid Centrum för bildanalys, Uppsala Universitet

Vill du vara med och utveckla de verktyg som behövs för en djupare förståelse av livets processer? Har du en grundutbildning inom teknik eller naturvetenskap med goda kunskaper i datoriserad bildanalys och programmering? Då kan du vara rätt person för den här doktorandanställningen i Kvantitativ analys av 3D mikroskopiska cellbilder.

Centrum för bildanalys (CBA) är ett samarbetsorgan för Uppsala universitet (UU) och Sveriges lantbruksuniversitet (SLU). Samarbetet syftar till att genom forskning och utveckling skapa det kunskapsunderlag som krävs för ett operativt och förnuftigt utnyttjande av digital bildanalys i samhället. Läs mer om oss på http://www.cb.uu.se/.

Vid CBA har vi lång erfarenhet av att utveckla metoder för cellbildsanalys. Det huvudsakliga användningsområdet för dessa metoder har hittills varit inom cancerforskning. Nyligen har vi startat ett projekt som tillsammans med andra forskningsgrupper avser att vidareutveckla dessa metoder för användning också inom cellbiologisk forskning.

Kartläggningen av det mänskliga genomet och efterföljande projekt har givit viktig kunskap om de biomolekyler (DNA, RNA, proteiner) som ingår i komplexa biologiska system. Även om dessa ansträngningar givit kunskap av fundamental betydelse räcker det inte för en fullständig förståelse av livets processer. Den statiska information som de etablerade analysmetoderna ger, vilken bygger på medelvärdesbildning över många celler, ignorerar de dynamiska förändringar som sker under vävnadens utveckling. Det behövs därför studier som kartlägger biomolekyler i enskilda celler i olika utvecklingsstadier och bestämmer dessas subcellulära lokalisering, molekylära växelverkningar och de effekter externa signaler har på det molekylära innehållet. En lovande ny undersökningsmetod bygger på "proximity ligation" och "hänglåsprober" som upptäckts av Uppsalaforskare. Genom att använda dessa metoder kan man identifiera enskilda molekyler i olika vävnader och detektera växelverkan mellan olika molekyler, något som är grundläggande för en djupare förståelse av biologisk funktion och sjukdomars orsaker.

En detekterbar händelse avger en ljussignal som kan detekteras genom fluorescensmikroskopi. Upprepade bildregistreringar på olika fokusdjup ger en bildstack som skapar en 3D bildvolym. Algoritmer för operatörsoberoende analys av in-situ bilddata behöver utvecklas för att reducera den totala analystiden. Ännu viktigare är att den objektiva analysen av de digitala bilderna kan eliminera den risk för subjektivitet som alltid är ett problem i konventionell immunohistokemi. Automatisering är också viktig för att man skall få kapacitet att analysera de tusentals bilder som krävs för att ge tillräckligt statistiskt underlag för att beskriva den biologiska variationen.

Doktoranduppgiften innebär alltså att utveckla metoder för att automatiskt detektera de molekylära signalerna och avgöra från vilka cellstrukturer de kommer. De utvecklade metoderna testas och resultaten utvärderas med hjälp av statistiska metoder. Arbetet sker i nära samarbete med andra forskare, såväl kollegor inom bildanalys som cellbiologer.

Information om lämplig bakgrund m.m. se universitetets hemsida www.uu.se under Lediga anställningar.

Upplysningar: För närmare information se kontaktpersoner enligt nedan.

Välkommen med Din skriftliga ansökan innehållande meritförteckning och en beskrivning av dig själv och varför du skulle vilja bli doktorand senast den 16 juni 2006.