Doktorand i farmaceutisk bioinformatik

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 45 000 studenter, mer än 7 000 anställda och en omsättning på cirka 7 miljarder kronor.




Institutionen för farmaceutisk biovetenskap har 135 anställda samt ett flertal gästforskare och stipendiater.

Institutionen har femton forskargrupper/forskningsområden med en gemensam administration och vi bedriver forskning och undervisning inom farmaceutisk cellbiologi och bioteknologi, biokemi, immunologi, proteinläkemedelsdesign, biologiska läkemedel/bioteknologi, farmakologi, läkemedels- och drogberoende, farmakognosi, galenisk farmaci, translationell läkemedelsutveckling, farmakokinetik och kvantitativ farmakologi , bioinformatik, avbildande masspektrometri, molekylär neurofarmakologi, samt toxikologi och läkemedelssäkerhet. Mer information om institutionen och dess verksamhet finns på http://www.farmbio.uu.se.

Arbetsuppgifter/Projektbeskrivning: Vi söker en Doktorand med gedigen bakgrund inom dataanalys och AI till forskargruppen Farmaceutisk Bioinformatik (https://farmbio.uu.se/forskning/farmaceutisk-bioinformatik/). Sökanden kommer att ingå i en tvärvetenskaplig forskargrupp och delta i ett projekt för att bygga upp ett intelligent, automatiserat laboratorium för cellprofilering med applikationer inom precisionsmedicin. Fokus för projektet är att utveckla och tillämpa metoder för att analysera bilder från storskalig mikroskopi inom läkemedelsscreening. Detta inkluderar bildanalys såsom cellsegmentering, beräkning av morfologiska mått, övervakad och oövervakad maskininlärning (AI / ML) inklusive djupinlärning på bildbaserad data. Mer information om projektet finns på https://pharmb.io/project/autonomous-phenomics/. Projektet är ett samarbete med Kallioniemi-gruppen (https://ki.se/en/onkpat/olli-kallioniemis-group) vid Karolinska Institutet. Anställningen är på 5 år och 20% undervisning ingår i anställningen.

Kvalifikationskrav: Universitetsexamen i datavetenskap, bioinformatik eller motsvarande fält. Dokumenterad erfarenhet av dataanalys, programmering i Python, bildanalys och att arbeta med Linux-system är ett krav. AI / ML-modellering med metoder som djupa neurala nätverk tränade på bilddata är ett krav. Tidigare erfarenhet av bildanalys av celler, Cell Profiler-pipelines, Deep Learning på data från cellbaserade analyser samt high-throughput och high-content mikroskopi är meriterande.

Sökanden skall ha mycket god samarbetsförmåga men även kunna arbeta och uthålligt driva projekt självständigt. Vidare bör sökanden vara nyfiken, kreativ, initiativtagande, och relationsskapande. Sökanden skall ha utmärkt organisatorisk förmåga, kunna strukturerat arbeta med många samtida projekt, och lösa förväntade och oväntade komplexa problem. Utmärkta kunskaper i engelsk tal och skrift är ett krav.

Information om utbildning på forskarnivå, behörighetskrav och intagningsbestämmelser finner du på http://www2.medfarm.uu.se/utbildning/forskarniva/ . Urval av sökande görs av handledaren i samråd med institutionens forskarutbildningsgrupp. Forskarutbildningskommittén inom vetenskapsområdet medicin-farmaci antar doktoranderna. Löneplacering sker enligt lokala riktlinjer vid Uppsala Universitet. 

För anställning krävs att innehavarna är antagna eller kommer att antas till forskarutbildning. Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§1-7 samthttp://regler.uu.se/.  Doktoranden ska främst ägna sig åt den egna forskarutbildningen. Övrig tjänstgöring vid institutionen, som avser undervisning och administrativt arbete kan ingå inom ramen för doktorandplatsen (max 20 %).  Utbildningen på forskarnivå omfattar normalt 4 års heltidsstudier, maximalt 5 år om institutionstjänstgöring tillkommer.

Lön: Enligt lokalt kollektivavtal för doktorander.

Tillträde: 2021-03-01 eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning enl HF 5 kap § 7.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: Professor Ola Spjuth, e-post mailto:Ola.Spjuth@farmbio.uu.se

För frågor runt anställningen administrativsamordnare Marina Rönngren e-post mailto:marina.ronngren@farmbio.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 28 januari 2021, UFV-PA 2021/5036.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.