Doktorand i klinisk metabolomik och bioinformatik

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 44.000 studenter, 7.100 anställda och en omsättning på 7 miljarder kronor.




Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 300 personer som är anknutna via Akademiska sjukhuset.

Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på http://www.medsci.uu.se. 

Arbetsuppgifter/Projektbeskrivning: En doktorandplats är tillgänglig för en mycket motiverad person med intresse för bioinformatik och metabolomik i en forskargrupp ledd av Dr. Kim Kultima vid institutionen för medicinska vetenskaper. Kultimas forskargrupp har fokus på utveckling av masspektrometri-baserade metoder i klinisk metabolomik.

Under det senaste decenniet har vi utvecklat metodik som möjliggör effektiv analys av storskalig metabolomik data med hjälp av molnbaserade lösningar (PMID: 30851093 och 30535405). Tack vare dessa metoder har vi i samarbete med läkare vid Akademiska sjukhuset (Dr. Joachim Burman) kunnat stratifiera sjukdomstyper i multipel skleros i en utsträckning som tidigare inte varit möjligt (PMID: 30214633 och 30678351).

Ett huvudmål för doktorandprojektet är att i stora insamlingar av patienter och kontrollindivider undersöka sambandet mellan kända riskgener, levnadsvanor och uttrycket av lågmolekylära ämnen (metaboliter) i blod för att utreda risken för att drabbas av multipel skleros samt utveckla metoder för att förutspå sjukdomsprogressionen. Vår forskning är tvärvetenskaplig och de övergripande målen är att utveckla metoder som kan användas för förbättrad diagnostik och behandling av multipel skleros.

Du kommer att använda dig av befintliga bioinformatiska och statistiska metoder för dataanalys samt utveckla dina egna nya metoder och pipelines för att bearbeta och analysera data. Du kommer främst att arbeta med data som genereras i vårt masspektrometrilaboratorium.

Mer information om forskningsgrupperna finns på:

http://www.caramba.clinic och https://neuro.uu.se/research/research-groups/neurology/projects/autologous-hematopoietic-stem-cell-transplantation-for-ms/

Kvalifikationskrav:

- Civilingenjörsexamen eller en masterexamen inom relevant område (t.ex. bioinformatik, bioteknik, datavetenskap, beräkningsbiologi eller biostatistik).
- Dokumenterad praktisk erfarenhet av R, och statistiska och bioinformatiska analyser av -omik data
- Dokumenterad muntlig och skriftlig kompetens i engelska
- Goda rekommendationer från tidigare handledare/lärare
- Vi lägger stor vikt vid dina personliga kvalifikationer. Projektet kräver att du kan arbeta självständigt, men att du också har god samarbetsförmåga eftersom arbetet kommer att drivas i nära samarbete med andra forskare.

Önskvärt/meriterande i övrigt:

Tidigare erfarenheter av att använda HPC / molnbaserade metoder för bearbetning och analys av storskaliga data är starkt meriterande.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer http://regler.uu.se/.

Ansökningsförfarande: Ansökan ska innehålla: 1) en avsiktsförklaring som beskriver dig själv, dina forskningsintressen och motivationen för varför du vill doktorera, 2) en kort beskrivning av din utbildning, 3) ett CV, 4) en kopia av ditt examensbevis och kursbetyg, 5) namn och kontaktinformation (adress, e-postadress och telefonnummer) på minst två referenspersoner, 6) relevanta publikationer (inklusive examensarbeten).

Ansökan ska helst vara skriven på engelska.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Enligt lokalt kollektivavtal för doktorander.

Tillträde: Enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning enl HF 5 kap § 7.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: Docent Kim Kultima, kim.kultima@medsci.uu.se. 

Välkommen med din ansökan senast den 19 mars 2020, UFV-PA 2020/749. 

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.