Doktorand i maskininlärning för proteiner

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens främsta lärosäten. Här finns omkring 47 000 studenter och mer än 8 800 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.


Lunds universitet välkomnar sökande med olika bakgrund och erfarenheter. Jämställdhet, lika villkor och mångfald är grundläggande principer för alla delar av vår verksamhet.




Ämnesbeskrivning

Projektet syftar till att bättre förstå hur konformationsförändringar kodas i proteinsekvenser, och att utveckla ny metodik för att förutsäga konformationell mångfald och förändringar med hjälp av maskininlärning.

Med hjälp av djupinlärningsmetoder kommer metoder för att förutsäga flexibilitet, konformationsförändringar och strukturella ensembler att utvecklas. Projektet kan också innebära tillämpning av metodiken i beräkningsdesign av proteiner med förmåga att ta prov på konformationstillstånd. Metodiken kan innefatta användning av generativa modeller för att prova proteinstrukturer, utvidgning av ramverk för djupinlärning för förutsägelse av proteinstruktur, språkmodeller och algoritmer för morphing och klustring. Den rekryterade kandidaten kommer att skrivas in på en forskarskola i maskininlärning genom WASP.

Wallenberg AI, Autonomous Systems and Software Program, WASP, är Sveriges största enskilda forskningsprogram i modern tid. Programmet skapar en plattform för akademisk forskning och utbildning i nära samarbete med ledande svensk teknikintensiv industri. Forskningen innefattar artificiell intelligens och autonoma system som verkar i samarbete med människor och som anpassar sig till sin omgivning med hjälp av sensorer, information och kunskap och skapar intelligenta system av system.

WASPs vision är excellent forskning och kompetens inom artificiell intelligens, autonoma system och mjukvara till gagn för Sveriges industri och samhälle.

Läs mer: https://wasp-sweden.org/

Forskarskolan inom WASP har som mål att förse framtidens forskare med nödvändig kunskap för att kunna analysera, utveckla och bidra aktivt till den tvärvetenskapliga utvecklingen av artificiell intelligens, autonoma system och mjukvara. Genom ett ambitiöst program med forskningsbesök, partneruniversitet och gästföreläsare stöder forskarskolan aktivt bildandet av ett starkt multidisciplinärt och internationellt professionellt nätverk mellan doktorander, forskare och industri.

Forskarskolan erbjuder därmed en unik möjlighet för de studenter som lockas av internationell forskning i världsklass med industriell relevans.

Mer information: https://wasp-sweden.org/graduate-school/

Arbetsuppgifter

Doktoranden kommer huvudsakligen utveckla maskininlärningsmodeller för prediktion av konformationsändringar i proteiner, med fokus på djupinlärning. Metodiken kan eventuellt appliceras på design av proteiner, tex design av proteiner med konformationsändringar.

Huvuduppgiften för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna ingår det även medverkan i undervisning och annat institutionsarbete, dock max 20 % av arbetstiden.

Behörighet
Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har:
avlagt examen på avancerad nivå eller
fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, med innehåll som är relevant för forskarutbildningen eller
på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.
Kraven på särskild behörighet för molekylär biofysik uppfyller den som har:
Minst 120 högskolepoäng ska utgöras av kemikurser, inkluderande grundläggande kurs i biokemi eller cellbiologi,
minst 30 högskolepoäng examensarbete på avancerad nivå inom den valda inriktningen eller närbesläktade inriktningar.
I vissa fall kan kravet om kemikurser ersättas med andra ämnen. Den särskilda behörigheten kan också ha erhållits genom annan motsvarande utbildning, vilket prövas i varje enskilt fall.
Vid Naturvetenskapliga fakulteten bedrivs forskning och utbildning inom biologi, astronomi, fysik, geovetenskap, kemi, matematik och miljövetenskap. Verksamheten bedrivs vid åtta institutioner samlade inom norra universitetsområdet. Fakulteten har ca 1 500 studenter, 330 forskarstuderande och 700 anställda.

Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler.