Doktorand i populationsgenomik

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




Institutionen för ekologi och genetik utlyser en doktorandtjänst i populations genomik till programmet för Växt Ekologi och Evolution.

Institutionen för ekologi och genetik är en internationell miljö med drygt 200 medarbetare. Vid institutionen bedrivs forskning och undervisning i skärningspunkten mellan ekologi, evolution och genomik. Se vidare http://www.ieg.uu.se. Institutionen för ekologi och genetik är en del av http://www.ebc.uu.se som är en av världens främsta institutioner för forskning och undervisning inom evolutionsbiologi. Forskargruppen är del av programmet i växtekologi och evolution där flera aspekter av genetik och evolution studeras. Miljön är mycket inspirerande med en stor andel internationella doktorander, postdocs och seniora forskare och det finns mycket goda möjligheter för interaktion med kollegor som studerar liknande frågor. Gruppen har stort utbyte med https://www.scilifelab.se/ där vi har tillgång till avancerad teknik för DNA och RNA sekvensering, storskalig dataanalys och bioinformatisk support.

https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Projektbeskrivning: Klimatförändringen utsätter våra skogar för risker och för närvarande är produktionen av skogsbiomassa varken säker, hållbar eller tillräcklig för att möta framtida krav från både energi- och processindustrin.

”TREES FOR ME” är ett kompetenscenter för snabbväxande lövträd, det vill säga poppel, asp, hybridasp och björk, i syfte att uppnå mer hållbara skogar, material och energi. Femtio partnerorganisationer som representerar universitet och forskningsinstitut, samt företag och offentlig sektor kommer att samarbeta i TREES FOR ME för att tillsammans hitta lösningar att motverka några av dessa framtida risker för skogens hälsa. Centrets mål är att (i) utveckla vetenskapsbaserade och innovativa lösningar samt (ii) bygga framtida kompetens inom ett nytt skogligt försörjningssystem för biomassa som kan användas till högvärdiga material- och energiprodukter.

Totalt kommer 13 doktorander att rekryteras till centret som kommer att samarbeta med intressenter som representerar hela den skogsbaserade värdekedjan, med syfte att bygga spetskompetens och kunskap för svensk energi- och skogssektor. Inom detta projekt kommer Uppsala Universitet, i samarbete med Skogforsk, ansvara för utveckling av genomiska verktyg som behövs för implementering av genomisk selektion i björkförädling. Detta innebär att vi måste få en bättre förståelse av genetisk struktur och lokal anpassning i skandinaviska björkar.

Projektet kommer att bygga på storskalig genomsekvensering av björk som samlats in i hela Sverige. Växtmaterial som har samlats inom andra projekt ska också användas. Förutom att bidra till utvecklingen av genomisk selektion, kan dessa data också användas för att besvara evolutionära frågor. 

Arbetsuppgifter: Doktoranden kommer att ansvara för DNA-extraktion och tillhörande labbarbete samt all bioinformatik och populationsgenetiska analyser från de resulterande data. DNA-sekvensering kommer att utföras av ett sekvenseringscenter. Doktoranden ansvarar även för att skriva vetenskapliga artiklar och delta i den vetenskapliga verksamheten (seminarier, journal clubs) och undervisning vid institutionen. Doktorandutbildningen omfattar både forskning, kurser och studier av relevant litteratur.

Kvalifikationskrav: Masterexamen, eller en utländsk examen som bedöms motsvara masterexamen, inom evolutionär genomik, beräkningsbiologi, bioinformatik eller inom ett annat relevant område. En stark bakgrund inom populations- eller kvantitativ genomik samt en gedigen bakgrund inom bioinformatik är en förutsättning. Vi lägger stor vikt vid personliga egenskaper såsom förmåga att arbeta självständigt, att interagera och kommunicera med andra. Vi vill även att du ska vara uthållig och stabil. Kandidaten ska ha mycket bra förmåga att uttrycka sig på engelska, i såväl tal som i skrift.

Meriterande: Doktoranden ska med fördel vara bekant med programmering i Python, helst även med erfarenhet av arbetsflödesutveckling (t.ex. Snakemake). Kunskap om arbete i R är ett plus. Inga förkunskaper om skogsträdsbiologi krävs, bara en entusiasm för genomik, evolution och dess tillämpningar och en nyfikenhet att lära sig.

Om anställningen: Tidsbegränsad anställning enligt HF 5 kap § 7. Forskarutbildningen omfattar fyra års heltidsstudier. Anställningen kan komma att kombineras med undervisning eller annan institutionstjänstgöring (maximalt 20 %), vilket förlänger anställningen med motsvarande tid. Lokala riktlinjer finns fastställda för löneinplacering. Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i https://regler.uu.se/?languageId=3.
http://www.teknat.uu.se/utbildning/forskarniva/.

Placeringsort: Uppsala

Tillträde: 2022-07-01 eller enligt överenskommelse.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Professor Martin Lascoux, Martin.Lascoux@ebc.uu.se, +46 18 471 64 16.

Instruktioner för ansökan: Ansökan ska innehålla 1) ett brev som beskriver dig själv, dina forskningsintressen, varför du vill doktorera och varför just du är lämplig för tjänsten, 2) ditt CV, 3) en kort beskrivning av din utbildning, 4) en kopia av din masterexamen och dina kursbetyg samt en kopia av din masteruppsats 5) namn och kontaktuppgifter till minst två referenspersoner (e-postadress och telefonnummer), och 6) eventuella publikationer. Ansökan bör skrivas på engelska.

Välkommen med din ansökan senast den 1 juni 2022, UFV-PA 2022/1141.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.