Doktorand i ptychografiska rekonstruktionsalgoritmer i realtid

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 46.000 studenter, 7.300 anställda och en omsättning på 7,3 miljarder kronor.




Institutionen för Cell och Molekylärbiologi vid Uppsala universitet är en tvärvetenskaplig och framgångsrik forskningsinstitution som bedriver forskning inom Strukturbiologi, Molekylärbiologi, Mikrobiologi, Beräkningsbiologi, Molekylär systembiologi, Biofysik och molekylär evolution.

Läs mer på (https://icm.uu.se).

MAX IV Laboratory är ett svenskt nationellt laboratorium som ger forskare de ljusstarkaste röntgenstrålarna för forskning. Med 35 års erfarenhet av att driva MAX I-III-anläggningarna driver de nu MAX IV, som invigdes 21 juni 2016. Läs mer på (https://maxiv.lu.se/).

Den tillgängliga positionen är inom Filipe Maias forskargrupp, inom programmet för Molekylär biofysik, men kommer utstationeras till MAX IV-laboratoriet i Lund i minst 60% av tiden. Mer information kan hittas vid https://biox.io och https://lmb.icm.uu.se.

Projektbeskrivning: Scanning transmission X-ray microscopy (STXM) är en populär provkarakteriseringsteknik som ger kemisk information på nanoskala på ett enkelt och snabbt sätt. Ptychografi utökar den maximala upplösning som kan uppnås genom att använda all tillgänglig informationen i hela diffraktionsmönstret, istället för att bara använda den integrerade intensiteten vilket konventionell STXM använder. Detta gör det möjligt att avbilda med en upplösning som är diffraktionsbegränsad istället för att begränsas av storleken på röntgenstrålningen. Nackdelen är den betydligt mer komplexa dataanalys som krävs, eftersom diffraktionsmönstren måste fasas. Detta kräver mycket mer kunskap och datorkraft än vad som krävs för traditionell STXM-analys. Denna barriär är ett betydande hinder för den rutinmässiga användningen av ptychografi idag. Detta projekt kommer att bidra till att förändra detta dramatiskt. NanoMAX-strålinstrumentet har ett av de mest avancerade instrumenten för hårdröntgenptychografi, och SoftiMAX-strålinstrumentet kommer snart att bli det ljusstarkaste instrumentet för mjukröntgenptychografi i världen tack vare den diffraktionsbegränsade lagringsringen på MAX IV. Flaskhalsen för vetenskapliga upptäckter är den långa databehandlingstiden på båda dessa stationer. Detta projekt syftar till att utveckla analysalgoritmer för ptychografi som kan arbeta i realtid, inklusive 2D- och 3D-fält-ptychografi samt Bragg ptychografi. Dessa algoritmer kommer att användas vid SoftiMAX- och NanoMAX- stationerna vid MAX IV. Vi strävar efter att dramatiskt minska rekonstruktionstiden och förbättra robustheten och kvaliteten på rekonstruktionerna. Detta projekt kommer att öppna dörrar till denna avancerade avbildningsteknik för en mycket större del av det vetenskapliga samfundet och påskynda takten för vetenskapliga upptäckter.

Arbetsuppgifter: Doktoranden ska främst ägna sig åt sin egen forskarutbildning, övrig tjänstgöring vid institutionen kan förkomma så som undervisning och administrativt arbete, dock högst upp till 20% av tjänsten.  Mer information om utbildning på forskarnivå, behörighetskrav och antagnings bestämmelser finns på fakultetens hemsida, http://www.teknat.uu.se/utbildning/utbildning-pa-forskarniva/.

Behörighetskrav: Ansökningar välkomnas från mycket motiverade kandidater med examen på masternivå inom fysik, biofysik, datavetenskap eller tillämpad matematik. Eftersom projektet är tvärvetenskapligt kan andra examensämnen bedömas som likvärdig av arbetsgivaren.

Mycket god muntlig och skriftlig färdighet i engelska är ett krav. Stor vikt kommer även att läggas vid personliga egenskaper såsom exempelvis samarbetsförmåga, nyfikenhet, passion för att upptäcka nya saker och självständighet. 

Meriterande i övrigt: Kunskaper inom avbildning med koherent röntgenstrålning anses meriterande liksom erfarenhet av programmering.

Ansökan:

Din ansökan ska innehålla:

- Personligt brev där du beskriver dig själv, ditt forskningsintresse, dina erfarenheter samt varför du är intresserad av doktorandposten (max 2 sidor).
- CV innehållande utbildning och andra meriter samt beskrivning av relevanta kunskaper utifrån kvalifikationerna. Lista på skrifter eller publikationer.
- Vidimerade kopior på examensbevis samt kopia av relevant examensarbete eller publikation.
- Vi ser gärna att du bifogar rekommendationsbrev eller lämnar uppgifter om två referenspersoner.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer http://regler.uu.se/.

Lön: Enligt lokalt kollektivavtal för doktorander.

Tillträde: 2020-10-01 eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning enl HF 5 kap § 7.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: Filipe Maia, tel: +46 70 425 0171, mailto:filipe.maia@icm.uu.se, för administrativa frågor Hr-generalist Frida Österdahl, tel. 018-471 4416, mailto:frida.osterdahl@icm.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 15 augusti 2020, UFV-PA 2020/2093.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.