Doktorand i strukturbaserad läkemedelsdesign med fokus på maskininlärning

Institutionen för Cell och Molekylärbiologi vid Uppsala universitet är en tvärvetenskaplig och framgångsrik institution som består av sju forskningsprogram med ungefär 220 anställda (http://www.

icm.uu.se). Doktorandtjänsten kommer att vara placerad i Jens Carlsson forskargrupp på programmet för Beräkningsbiologi och Bioinformatik. Jens Carlssons forskning fokuserar på datormodellering av proteiners interaktioner med läkemedelsmolekyler. Jens Carlssons grupp använder modellering för att förstå hur proteiner fungerar på molekylär nivå och utvecklar metoder för att identifiera läkemedelskandidater, ofta i samarbete med experimentella forskargrupper. Jens Carlssons grupp är ett internationellt forskningsteam och är också en del av Science for Life Laboratory (http://www.scilifelab.se/). Mer information om gruppens forskning finns på dess hemsida (http://www.carlssonlab.org).

Doktoranden kommer vara del av en forskarskola med fokus på datadriven livsvetenskap. Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människans hälsa och de globala ekosystemen. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) har som mål att rekrytera och utbilda nästa generations forskare inom datadriven livsvetenskap och skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap för livsvetenskap i Sverige. Programmet har 3,1 miljarder SEK i finansiering (ca 290 MUSD) under 12 år från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse. Under 2024 kommer DDLS forskarskola att lanseras via rekryteringen av 20 akademiska- och 7 industridoktorander. Under programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: Datadriven precisionsmedicin och diagnostik, Datadriven smittspridning och infektionsbiologi, Datadriven cell- och molekylärbiologi samt Datadriven evolution och biodiversitet. För mer information, se https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/.

Livsvetenskapens framtid är datadriven. Kommer du att leda den förändringen med oss? Ansök nu!

Till Uppsala Universitet söker vi en doktorand inom datadriven cell- och molekylärbiologi. Datadriven cell- och molekylärbiologi omfattar forskning som fundamentalt förändrar vår kunskap om hur celler fungerar genom att utforska deras molekylära komponenter i tid och rum, från enstaka molekyler till naturliga vävnadsmiljöer.

Projektbeskrivning
Syftet med projektet är att utveckla beräkningsmetoder för att identifiera ligander (små molekyler och peptider) som binder till terapeutiskt relevanta receptorer med visionen att accelerera utvecklingen av nya läkemedel. Projektet kommer att fokusera på flera utmaningar inom strukturbaserad läkemedelsdesign med hjälp av artificiell intelligens. Nyligen utvecklade tekniker för att förutsäga proteiners tredimensionella strukturer och deras komplex med små molekyler kommer att optimeras för applikationer inom läkemedelsutveckling. Metoderna kommer att användas för att identifiera molekyler som binder till G-protein-kopplade receptorer, en familj av membranproteiner som är involverade i ett stort antal fysiologiska processer. Genom att kombinera maskininlärning och virtuell screening kommer doktoranden att kunna söka efter ligander i kemiska bibliotek innehållande flera miljarder molekyler. Projektet kommer att genomföras i nära samarbete med experimentella forskargrupper för att utvärdera de datormodeller som utvecklas i projektet.

Kvalifikationskrav
Den sökande skall ha en mastersexamen med inriktning mot biologi, kemi, farmaci, fysik, datavetenskap eller annat ämne som arbetsgivaren bedömer som likvärdigt. Goda skriftliga och muntliga kunskaper i engelska är ett krav då arbetet sker i en internationell miljö.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Tidigare erfarenheter inom datormodellering av proteiner (t.ex. receptorer), proteinstrukturprediktion, datorbaserad läkemedelsdesign, molekylär dockning, maskininlärning och programmering är meriterande.


Ansökan ska innehålla:

- Personligt brev där du beskriver dig själv, ditt erfarenheter av forskning och varför du är intresserad av tjänsten (max 2 sidor).
- CV innehållande utbildning och andra meriter samt beskrivning av relevanta kunskaper utifrån kvalifikationskraven.
- Kopior på examensbevis och examensarbete.
- Kontaktinformation till två referenser.

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde snarast eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Jens Carlsson, jens.carlsson@icm.uu.se, Tel: +46 (0)72 227 7976.

Välkommen med din ansökan senast den 17 juni 2024, UFV-PA 2024/1634.

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 600 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser.


Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet
https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/


Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd.


Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.