Doktorand i systemimmunologi

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens främsta lärosäten. Här finns cirka 45 000 studenter och mer än 8 000 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.


Lunds universitet välkomnar sökande med olika bakgrund och erfarenheter. Jämställdhet, lika villkor och mångfald är grundläggande principer för alla delar av vår verksamhet.




Beskrivning av arbetsplatsen
Forskargruppen för systemimmunologi söker en nyfiken, driven kandidat med erfarenhet av beräkningsbiologi och human immunologi för en Datadriven Life Sciences (DDLS) doktorandtjänst inom systemimmunologi.

Vårt team, ledd av biträdande lektor Camila Consiglio, använder multiomikteknologier med hög genomströmning och avancerade beräkningsmetoder för att utforska könsskillnader i mänsklig immunitet. Doktorandprojektet syftar till att använda metoder på systemnivå för att undersöka påverkan av biologiskt kön på mänsklig immunitet.

Projektöversikt:
Immunsystemet är mycket varierande mellan individer, vilket leder till olika svar på infektion, vaccination och immunsjukdomar. Biologiskt kön bidrar avsevärt till denna variation, med män som upplever allvarligare infektioner och kvinnor som visar ökade svar på vacciner och ökad autoimmunitet. Ändå är de exakta mekanismerna som ligger bakom sådan sexuell dimorfism i immunitet fortfarande dåligt förstådda. I detta projekt kommer doktoranden i beräkningsbiologi att utforska mekanismer som ligger bakom könsskillnader i mänsklig immunitet med hjälp av multiomics-datauppsättningar med hög genomströmning. Projektet innebär en omfattande undersökning av biologiska köns- och könshormoneffekter i immunsystemet under olika tillstånd, inklusive homeostas, vaccination och infektion, med hjälp av beräkningsbiologiska metoder på systemnivå.

Vad vi erbjuder
Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd vid Lunds universitet, https://www.lu.se/om-universitetet/jobba-hos-oss

Arbetsuppgifter och ansvarsområden
I detta doktorandprojekt kommer du att tillämpa systemimmunologiska metoder för att heltäckande profilera det mänskliga immunsystemet med hjälp av olika högkapacitetsteknologier. Uppdraget omfattar transkriptomisk (bulk och sc-mRNA-seq), epigenomisk (ATACseq, CUT&RUN), proteomisk (Olink analyser) samt sammansättnings- och immunfenotypisk profilering (högdimensionell cytometri). Arbetsuppgifter inkluderar datakurering och bearbetning, och sammansättning, redigering eller exekvering av beräkningsskript/arbetsflöden. Andra arbetsuppgifter inkluderar projektledning, skriva manuskript, presentation på nationella och internationella konferenser, närvaro vid seminarier, informellt mentorskap för andra anställda och att arbeta tillsammans med labbmedlemmar och samarbetspartners.

Kvalifikationer:
Krav för anställningen är:

- Masterexamen inom bioinformatik, biomedicin, statistik, kvantitativ biologi eller liknande disciplin eller motsvarande
- Flytande i beräkningsprogrammering, helst med R eller python
- Erfarenhet av beräkningsbiologi/omics dataanalys
- Bakgrundsförståelse för och erfarenhet av immunologisk forskning
- Kunskaper i muntlig och skriftlig kommunikation på engelska
- Stark kommunikations-, presentations- och skrivförmåga

Meriterande för tjänsten är:

- Specifikt intresse för human immunologi, sexuell dimorfism och systemimmunologi
- Erfarenhet av systemimmunologiska metoder
- Erfarenhet av kuration, förbearbetning och/eller analys av bulk RNAseq, scRNAseq eller andra typer av omics-data
- Bekantskap med git och GitHub
- Förtrogenhet med bästa praxis inom reproducerbarhet och öppen vetenskap
- Erfarenhet av att använda högpresterande datorkluster.

Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper. Uppdragen kräver att du har förmåga att arbeta självständigt samt förmåga att samarbeta väl med andra i forskargruppen och forskare utanför ämnesområdet. Det kräver också att du är tålmodig, detaljorienterad och noggrann.

Behörighet
Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har: avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Bedömningsgrund
Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1998:80. Som innehavare får enbart förordnas den som är antagen till utbildning på forskarnivå. Vid tillsättning skall avseende främst fästas vid graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Förutom skyldighet att ägna sig åt egen forskarutbildning kan innehavaren åläggas att fullgöra tjänstgöring som avser utbildning, forskning och administrativt arbete enligt särskilda bestämmelser i förordningen.

Övrigt
Tidsbegränsad anställning fyra år enligt HF 5 kap 7§.
Anställningen är på heltid och startdatum är 2024-01-01 eller enligt överenskommelse.

Så här söker du
Ansökan ska innehålla allt av följande:

- Ett personligt motivationsbrev på en sida på engelska
- CV, innehållande information om hur kandidaten passar just denna doktorandtjänst (se avsnittet Kvalifikationer) och kontaktinformation till två referenser
- Examensbevis (inklusive ett betygsutdrag) och andra dokument som du vill komma i fråga (t.ex. rekommendationsbrev)

Medicinska fakulteten är ett verksamhetsområde inom Lunds universitet, med ansvar för utbildning och forskning inom medicin, vård och hälsa. Utbildningen sker i nära samverkan med sjukvården och är väl förankrad i fakultetens starka forskningstradition. Fakultetens forskning spänner över ett brett fält inom experimentell grundforskning, patientnära klinisk forskning och hälsovetenskaplig forskning. Medicinska fakulteten, med drygt 1800 anställda och 2700 studenter i Lund, Malmö och Helsingborg, är en kunskapsintensiv mötesplats för studenter, lärare och forskare från hela världen.

Institutionen för laboratoriemedicin (ILM) är en av sex institutioner vid Medicinska fakulteten. Vi bedriver ledande forskning inom det laboratoriemedicinska fältet med fokus på hur sjukdomar uppkommer och hur vi kan förbättra patienters diagnostik och behandling. Några av våra starkaste områden med forskning i världsklass, handlar om cancer-, genetik- och blodforskning.

Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler.