Doktorand i växtbiologi med inriktning mot beräkningsbiologi

Institutionen för fysiologisk botanik (Umeå universitet, Umeå Plant Science Centre) bjuder in sökande till en doktorandanställning inom växtbiologi med inriktning mot beräkningsbiologi.

Det förväntade startdatumet är våren 2022 eller enligt överenskommelse.

Umeå Plant Science Centre (UPSC) är en av de starkaste forskningsmiljöerna för grundforskning i växtbiologi i Europa. Forskningen vid UPSC omfattar ett brett spektrum av discipliner inom växtbiologi inklusive ekologi, beräkningsbiologi, genetik, fysiologi, biokemi, cellbiologi och molekylärbiologi (se www.upsc.se). Institutionen för fysiologisk botanik, som är en del av Umeå Plant Science Centre, utlyser en doktorandanställning i växtbiologi. Sista ansökningsdag är den 28 februari 2022.

Projektbeskrivning
Grödor utsätts för växtätare och sjukdomar. I ett klimatförändringsscenario är de tillväxtzoner som tidigare har dikterat jordbruket på väg att röra sig norrut, och vi känner inte risken för biologiska stressfaktorer under de nya tillväxtförhållandena. Samtidigt betonar EU-lagstiftningen behovet av att sluta med användningen av bekämpningsmedel och i stället främja och utveckla integrerade strategier för skadedjurs och sjukdomsbekämpning i våra grödor.  Syftet med detta projekt är att skapa en grund som förbereder för klimat- och jordbruksförändringar i Sverige, med betoning på analyser av skadegörare av potatis och spannmål. För att förutsäga kolonisering och utbrott av skadedjur och sjukdomar krävs specifik kunskap om den enskilda grödan och oftast långa tidsserier som beskriver hur klimatet påverkar sambandet mellan skadegöraren och grödan. Övervakningssystem som moniterar risken för kolonisering och utbrott av utvalda patogener och skadedjur är vanligtvis också finjusterade för att fånga ett begränsat antal skadegöra i ett begränsat antal grödor.

Vårt tillvägagångssätt är att använda ett unikt arkiv av luftfilter, som samlats in varje vecka på sex platser runt om i Sverige sedan 1965. Vi har redan tagit fram ett mycket stort dataset som kartlägger den biologiska mångfalden varje vecka i Kiruna (subarktiska regionen, norra Sverige) från 1974 till 2008 och nya data planeras för Ljungbyhed i Skåne. Genom att använda ”shotgun”-DNA-sekvensering kan vi identifiera växtskadegörare och patogener bland andra typer av organismer (växter, djur, svampar, bakterier och virus) från luftfiltren. Vi har genererat högupplösta data som ger oss en unik möjlighet att undersöka hur organismer påverkas av förändringar i miljön.

Om anställningen
Projektet kommer att omfatta analys av storskaliga sekvenseringsdata tillsammans med klimat- och markanvändningsdata för att förstå samband mellan två typer av grödor och risken för utbrott i dessa. Projektet kommer också att omfatta samarbete med ledande experter och tillhörande nätverk, inklusive samarbete med SweBITS nätverk med forskare från Umeå universitet, Sveriges lantbruksuniversitet och Försvarsverket, nätverket N'TOP (Northern Tubers of Potatoes) med forskare från sex nordiska länder och UPSCb (bioinformatiksektionen vid Umeå Plant Science Centre). 

Anställningen förväntas resultera i en doktorsexamen och huvuduppgiften för studenten ska därmed vara en del av forskarutbildningen, vilket inkluderar deltagande i forskning men även att läsa relevanta kurser. Undervisning och annan institutionsverksamhet (upp till maximalt 20 % tid) ingår vanligtvis också. Anställningen är begränsad till fyra år på heltid eller upp till fem år om undervisning och annat institutionsarbete utförs. Lönen fastställs enligt den fastställda lönenivån för doktorander.

Kvalifikationer
Grundläggande behörighet har den som har avlagt en examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper. För att uppfylla kravet på särskild behörighet att antas till utbildning på forskarnivå i växtbiologi vid Umeå Plant Science Centre krävs att den sökande fullgjort kursfordringar om minst 90 högskolepoäng på avancerad nivå från kurser relevant för forskningsområdet. Av dessa måste minst 30 högskolepoäng vara från kurser med direkt relevans för projektet, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

För denna tjänst söker vi en person som är intresserad av beräkningsbiologisk analys. Vi förväntar oss att kandidaten har en akademisk bakgrund inom  växtbiologi,  agronomi, bioteknik  eller ett relaterat område  samt har en stark och dokumenterad erfarenhet av beräkningsanalys (t.ex. statistik och bioinformatik).

Den sökande bör ha goda kunskaper i skriftlig och muntlig engelska. Starka meriter inkluderar erfarenhet av bioinformatik med fokus på analys av storskaliga sekvenseringsdata. Vi söker en kreativ och initiativrik person som kan arbeta självständigt men som också kan samarbeta inom en större forskargrupp. Utvärderingen av sökande baseras på ansökan och på intervjuer. 

Så här ansöker du
Du ansöker senast den 28 februari 2022 via vårt rekryteringssystem Varbi. Ansökan kan vara skriven på engelska eller ett nordiskt språk (svenska, norska eller danska) och ska innehålla:

- En kort (max 2 sidor) beskrivning av varför du är intresserad av tjänst
- CV
- Styrkta kopior av intyg från högre utbildning
- Lista över avslutade universitetskurser och betyg
- Kopia av publikationer/examensarbeten

Kontakt
Om du har frågor om tjänsten, vänligen kontakta docent Benedicte Albrectsen benedicte.albrectsen@umu.se.

Dokument ska skickas elektroniskt, i MS Word- eller PDF-format, genom vårt rekryteringssystem Varbi. Rekryteringsförfarandet för anställningen är i enlighet med högskoleförordningen (12, 2 §) och beslut angående anställningen kan inte överklagas.

Institutionen för fysiologisk botanik värdesätter de egenskaper som en jämn könsfördelning tillför institutionen, och därför uppmuntrar vi särskilt kvinnor att söka tjänsten.

Vi ser fram emot din ansökan!
Institutionen för fysiologisk botanik är en del av Umeå Plant Science Centre med cirka 200 medarbetare som består av bland annat av 40 gruppledare och representerar för närvarande 48 olika nationaliteter (för mer information, se http://www.upsc.se eller http://www.plantphys.umu.se/english/). Vår huvudsakliga verksamhet är akademisk forskning och utbildning som innefattar områden som ekologi, biokemi, plant fysiologi samt genomik.