Doktorand inom Bioinformatik

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens 100 främsta lärosäten. Här finns cirka 44 000 studenter och mer än 8 000 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.


Medicinska fakulteten är ett verksamhetsområde inom Lunds universitet, med ansvar för utbildning och forskning inom medicin, vård och hälsa. Utbildningen sker i nära samverkan med sjukvården och är väl förankrad i fakultetens starka forskningstradition. Fakultetens forskning spänner över ett brett fält inom experimentell grundforskning, patientnära klinisk forskning och hälsovetenskaplig forskning. Medicinska fakulteten, med drygt 1800 anställda och 2700 studenter i Lund, Malmö och Helsingborg, är en kunskapsintensiv mötesplats för studenter, lärare och forskare från hela världen.



Forskargruppen

I Atkinson-labbet är vi intresserade av att göra spännande upptäckter om utvecklingen av proteinfunktion och struktur.

Vi arbetar främst med bioinformatiska metoder, utvecklar våra egna verktyg och drar nytta av den stora mängd tillgängliga genom och förutspådda proteomsekvenser. Atkinson-labbet är baserat på Institutionen för experimentell medicinsk vetenskap i Biomedicinskt centrum (BMC) i Lund.

Du kan läsa mer om vår grupp på vår labwebbplats här: https://atkinson-lab.com/ och om avdelningen här: https://www.medicin.lu.se/medicinska-fakulteten-vid-lunds-universitet/institutioner/institutionen- experimentell-medicinsk-vetenskap

En av våra huvudsakliga forskningsinriktningar gäller toxin-antitoxinsystem (TA) av bakterier och bakteriofager, vilket har lett till papper i PNAS [1] och Molecular Cell [2] om toxSAS-enzymer som dramatiskt hämmar bakterietillväxt genom att producera giftiga nukleotider, eller modifiera tRNA, samt en nyare preprint på den hyper-promiskuösa antitoxindomänen som vi har döpt till Panacea [3]. Vårt arbete med toxin-antitoxiner och deras utveckling, struktur, funktion och biotekniska tillämpningar stöddes nyligen av ett generöst bidrag från stiftelsen Knut och Alice Wallenberg (se https://kaw.wallenberg.org/ grundforskning-djupt-inne-i-bakteriernas-arvsmassa). Som en mekanism för försvar mot bakteriofager har TAs betydelse för att utveckla nya biotekniska verktyg, samt förstå och så småningom övervinna naturliga hinder för fagterapi för behandling av antibiotikaresistenta infektioner.

Vi söker en doktorand på heltid för att fortsätta laboratoriets högeffektiva arbete och driva nya riktningar inom toxin-antitoxinsystemforskning, inklusive användning av maskininlärningsmetoder. I vår grupp strävar vi efter en stödjande, respektfull och stimulerande arbetsmiljö som främjar personlig och professionell utveckling för alla medarbetare.

Startdatum enligt överenskommelse.

Arbetsuppgifter

I detta doktorandprojekt kommer du att använda och utveckla Python-verktyg för evolutionära analyser av proteiner och genområden och använda resultaten för att förutsäga nya funktioner. Detta projekt bygger på vår tidigare framgång med FlaGs-verktyget [4], vilket direkt ledde till våra high impact -artikel, och används av forskare runt om i världen via vår webbserver på www.webflags.se. Bioinformatiska förutsägelser som kommer ut ur detta projekt kommer att verifieras experimentellt genom vårt samarbetsnätverk. Mycket av projektet kommer att fokusera på toxin-antitoxinsystem, men du kommer också att ha möjligheter att vidga dina horisonter till andra molekylära system.

Du får möjlighet att delta och presentera ditt arbete på internationella möten.

Referenser

- Jimmy, S. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 117, 10500-10510, (2020).
- Kurata, T. et al. Mol Cell 81, 3160-3170 e3169, (2021).
- Kurata, T. et al. bioRxiv, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.1105.1107.442387v442381, (2021).
- Saha, C. K. et al. Bioinformatics ∑, 1312-1314 (2021).
Kvalifikationer

krav för anställningen är:
- Kodningskunskaper (helst i Python)
- Bakgrundsförståelse för och intresse för molekylärbiologi och evolution
- Kunskaper i engelska i tal och skrift.
Meriterande för anställningen är:
- Erfarenhet av fylogenetisk sekvensanalys
- Erfarenhet av stor datahantering
- Erfarenhet av maskininlärningsmetoder.

Instruktioner för ansökan

- Ett personligt brev som förklarar ditt intresse för projektet och din tidigare relevanta erfarenhe

- Ett fullständigt CV med kontaktuppgifter för två referenser

- Examensbevis för kandidatexamen och masterexamen

Vid informella förfrågningar välkommen att kontakta på gemma.atkinson@med.lu.se

Behörighet

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har: avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Bedömningsgrund

Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1998:80. Som innehavare får enbart förordnas den som är antagen till utbildning på forskarnivå. Vid tillsättning skall avseende främst fästas vid graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Förutom skyldighet att ägna sig åt egen forskarutbildning kan innehavaren åläggas att fullgöra tjänstgöring som avser utbildning, forskning och administrativt arbete enligt särskilda bestämmelser i förordningen.

Villkor

Tidsbegränsad anställning fyra år enligt HF 5 kap 7§.



Lunds universitet välkomnar sökande med olika bakgrund och erfarenheter. Vi ser jämställdhet och mångfald som en styrka och tillgång. Välkommen med din ansökan! Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler.