Doktorand inom inom djupa generativa modeller för cancerforskning

Projektbeskrivning
Forskarutbildningsämne: Datalogi

Variational autoencoders (VAEs), den senaste versionen av Variational inference (VI)-metodiken, blir allt viktigare i analys av single-cell och rumsliga biologiska data.

Det ett svårt att använda dem för posterior approximation i Bayesiansk fylogenetik, och tydliga exempel på framgångsrika tillämpningar saknas fortfarande. Med anledning av de senaste trenderna inom VAE-forskning kan man anta att detta kan åtgärdas genom att införliva induktiv inlärning, modellera mer avancerade prior-distributioner och via design av nya arkitekturer.

Syftet med detta projekt är att undersöka möjligheten att använda VAE, eller andra djupa generativa modeller, inom ramen för somatisk cancerevolution och Bayesiansk fylogeni. Genom att göra det kommer den framgångsrika sökanden samtidigt att bidra till två mycket effektfulla vetenskapliga områden: beräkningsbiologi/cancer och ungefärlig Bayesiansk slutledning i djupinlärning.

Vår grupp undervisar och producerar banbrytande forskning inom VAEs, VI och approximativ Bayesiansk inferens (t.ex. sekventiell Monte Carlo, MCMC, importance sampling). Vi är särskilt intresserade av utvecklingen av inferensmetoder för fylogeni och single-cell data. Som sådan ger gruppen en stimulerande miljö för doktorandens utveckling. Dessutom har gruppen ett utmärkt nationellt och internationellt nätverk, inklusive såväl metodologiska som cancerforskningsgrupper.

Handledning: Jens Lagergren föreslås handleda doktoranden. Beslut tas vid antagning

Vi erbjuder
- Möjligheten att doktorera i en dynamisk, internationell forskarmiljö i samarbete med industrin och framstående universitet världen över https://www.kth.se/en/studies/phd/why-1.521017
- En arbetsplats med https://www.kth.se/om/work-at-kth/en-arbetsplats-med-manga-formaner-1.467932 och månadslön enligt https://intra.kth.se/anstallning/anstallningsvillkor/lon/doktorandstegen-1.572915
- Forskarutbildning vid ett lärosäte som är aktivt och stöttande i frågor som rör t.ex. arbetsvillkor, jämställdhet och mångfald samt studiemiljö.
- Arbete och studier i Stockholm med närhet till natur och hav.

Behörighet för antagning
För att bli antagen till forskarutbildning (kap 7 39 § högskoleförordningen) krävs att den sökande har grundläggande behörighet:

- avlagt en examen på avancerad nivå, eller
- fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
- på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Utöver ovanstående  finns också ett obligatoriskt krav på engelska motsvarande Engelska B/6, https://www.kth.se/en/studies/phd/admission-requirements-1.520175

Urval
För att lyckas med dina doktorandstudier på KTH behöver du vara målinriktad och ihärdig i ditt arbete. Vid urval av de sökande bedöms förmågan att:

- ha utmärkta programmeringskunskaper,
- ha en solid bakgrund inom maskininlärning,
- ha utmärkta kunskaper inom matematik,
- självständig driva sitt arbete framåt,
- kunna samarbeta med andra,
- ha ett professionellt förhållningssätt och
- analysera och arbeta med komplexa frågor.

Efter behörighetskraven kommer stor vikt läggas vid personliga egenskaper.

Målexamen: Doktorsexamen

Information om antagning och anställning 
Endast den som antagits till forskarutbildning får anställas som doktorand. Den sammanlagda anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år. En anställd doktorand kan i begränsad omfattning (högst 20 %) utföra vissa arbetsuppgifter inom t.ex. utbildning och administration. En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år, anställningen får därefter förnyas med högst två år i taget. Vid studier som ska avslutas med licentiatexamen får den sammanlagda anställningstiden inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under två år.

Fackliga representanter
Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898.

Doktorandsektionen (Tekniska högskolans studentkår)
Du hittar kontaktuppgifter till doktorandsektionen på https://www.dr.kth.se/.

Ansökan 
Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (Central European Time/Central European Summer Time). 

Ansökan ska ha följande innehåll

- CV med relevanta professionella erfarenheter och kunskaper.
- Ansökningsbrev med en kortfattad redogörelse om varför du vill bedriva forskarstudier, om dina akademiska intressen och hur de relaterar till dina tidigare studier och framtida mål. (Max 2 sidor)
- Kopior av examensbevis och betyg från tidigare universitetsstudier och intyg på uppfyllda https://www.kth.se/en/studies/phd/admission-requirements-1.520175. Översättningar till engelska eller svenska om originaldokumentet inte är utfärdade på ett av dessa språk.Kopior av original ska https://www.kth.se/student/studier/examen/vidimering-av-handlingar-1.55190 
- Representativa publikationer eller tekniska rapporter. För längre dokument, bifoga gärna en sammanfattning (abstract) och en webblänk till den fullständiga texten

Övrigt
Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering https://www.kth.se/om/work-at-kth/processing-of-personal-data-in-the-recruitment-process-1.823440

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.



Om KTH

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi. https://www.kth.se/om/om-kth-1.885102