Doktorand inom kardiovaskulär forskning

Beskrivning av arbetsplatsen

Verksamheten är lokaliserad på CRC i Malmö.

Forskargruppen Kardiovaskulär forskning – Translationella studier bedriver forskning inom kardiovaskulär sjukdom med fokus på biologiska skillnader som ligger till grund för akuta komplikationer såsom hjärtinfarkt och stroke. Forskningen är translationell och omfattar studier av human vävnad och flertalet in-vitro modeller. Gruppen har i många år varit i framkant av fältet och har etablerade samarbete med internationella forskargrupper.

Gruppen, som leds av professor Isabel Goncalves och docent Andreas Edsfeldt, består av postdoktorer, doktorander, bioinformatiker samt laboratorieingenjörer med både klinisk och preklinisk bakgrund. Verksamheten är lokaliserad på CRC i Malmö.

 Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd hos oss; Jobba hos oss .

Arbetsuppgifter

Vi söker en motiverad person som vill blir doktorand med inriktning på bioinformatik till ett projekt i världsklass som arbetar med att identifiera underliggande biologiska orsaker till komplikationer av åderförkalkning, en av de vanligaste dödsorsakerna globalt.

Projektet bygger på en världsunik human vävnadsbiobank med ett mycket stort antal åderförkalkningsplack där vi studerar skillnader i biologiska processer såsom metabola mönster, cellfenotyper, inflammation och extracellulärmatrix, som ligger till grund för akuta komplikationer av åderförkalkning. Projektet använder även andra stora humana kohorter som har bilddiagnostik, RNA-sekvensering, GWAS och kliniska uppföljningsdata. Projektet bygger även på nära samarbeten med andra starka grupper i välkända internationella miljöer (till ex Oxford, Amsterdam och Mayo kliniken i USA).

Som doktorand kommer du att bli handled av Prof Goncalves och docent Edsfeldt och i nära samarbete med övriga gruppmedlemmar. Gruppen består av 15 personer (inklusive sjuksköterskor, biomedicinska forskare, postdoktorer och doktorander) och är en del av LUDC där det finns ett stort intresse för diabetes associerade kardiovaskulära komplikationer. På grund av den växande mängden data och möjliga mål som genereras kommer doktoranden att vara engagerad i målvalidering och analyser av data.

Den sökande skall ha intresse för och viss erfarenhet av genetiska studier och/eller maskininlärning och kommer att ansvara för att utveckla och implementera bioinformatiska analyser och verktyg för att främja forskningsprojektet. Detta innebär analysering och tolkning av storskaliga genetiska och bilddiagnostiska data, identifiering av genetiska varianter samt identifiering av biomarkörer och molekylära mekanismer som ligger till grund för åderförkalkning och som kan användas för att prediktera kardiovaskulära komplikationer. Analyserna kommer att genomföras under handledning av gruppens seniora bioinformatiker. 

Kvalifikationer

 krav för anställningen är:

- Masterexamen i bioinformatik, beräkningsbiologi, genetik eller ett närliggande område.
- Kännedom och viss erfarenhet av att analysera transkriptomik (bulk, singel cell och spatial RNA-sekvensering), bilddiagnostik (histologiska färgningar, ultraljud och datortomografi-bilder), genetik (SNP-analyser, exomsekvensering och WGS) och epigenetik (metyleringsanalyser, ChIP-sekvensering och ATAC-sekvensering) samt proteomik.
- Utmärkt analytisk förmåga och förmåga att lösa problem.
- Programmeringskunskaper i Python eller Java.
- Goda kunskaper om statistiska analyser i R eller SPSS.
- Erfarenhet av att skriva vetenskapliga manuskript för publicering.
- Utmärkt kommunikationsförmåga samt förmåga att självständigt arbeta. Det är också viktigt att kunna samarbeta i en grupp. 
- Flytande engelska (tal och skrift)

Meriterande för anställningen är:

- Erfarenhet av att utveckla/tillämpa maskininlärning inom medicinsk forskning.
- Erfarenhet av att handleda yngre studenter.

Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper. Arbetsuppgifterna kräver att du är flexibel, innovativ, social och intresserad av internationella samarbeten, noggrann och dokumenterar väl.

Behörighet

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har: avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Bedömningsgrunder

Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1998:80. Som innehavare får enbart förordnas den som är antagen till utbildning på forskarnivå. Vid tillsättning skall avseende främst fästas vid graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Förutom skyldighet att ägna sig åt egen forskarutbildning kan innehavaren åläggas att fullgöra tjänstgöring som avser utbildning, forskning och administrativt arbete enligt särskilda bestämmelser i förordningen.

Övrigt

Anställningen är tidsbegränsad fyra år enligt HF 5 kap 7 och avser heltid. Startdatum är 2023-09-01 enligt överenskommelse.

Instruktioner för ansökan

Ansökan till tjänsten sker genom universitetets rekryteringssystem. Ansökan ska innehålla ett personligt brev där du beskriver hur du uppfyller de eftersökta kvalifikationerna och varför du är intresserad av tjänsten. Ansökan behöver även innehålla ett CV, kontaktuppgifter till två referenser, examensbevis (inklusive betygsavskrift) och andra dokument som du vill ska beaktas (t.ex. rekommendationsbrev).