Doktorand inom kvantitativ biologi

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens 100 främsta lärosäten. Här finns cirka 46 000 studenter och mer än 8 000 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.


Lunds universitet välkomnar sökande med olika bakgrund och erfarenheter. Jämställdhet, lika villkor och mångfald är grundläggande principer för alla delar av vår verksamhet.




Beskrivning av arbetsplatsen
Forskargruppen för klinisk minnesforskning bedriver forskning inriktad på att definiera och förstå biologiska processer bakom Alzheimers sjukdom och andra neurodegenerativa sjukdomar.

Vi arbetar med stora multimodala datamängder sammansatta av kohorter av patienter och kognitivt friska frivilliga personer, som genomgår omfattande tester med neuroimaging, biomarkörmätningar och neuropsykologiska tester. Mer information finns https://biofinder.se/. Vi arbetar även med stora genomiska, transkriptomiska och proteomiska dataset baserade på humanvävnad, såväl som från djurmodeller. Laboratoriet leds av Dr. Jacob Vogel, som ingår i en större forskargrupp som leds av professor Oskar Hansson. Tjänsten kommer att placeras på BMC i Lund.

Vi arbetar för att skapa en positiv, respektfull och stimulerande miljö. Vi värdesätter kommunikation och samarbete och vi strävar efter en arbetsplats som främjar lärande och utveckling för alla labbmedlemmar. Vi är också måna om att bygga en säker och positiv miljö för alla labbmedlemmar genom ömsesidig respekt och tolerans.

Projektbeskrivning

Alzheimers sjukdom (AD) tros orsakas av patologisk felveckning och ansamling av β-amyloid- och tau-proteiner. Väldigt lite är dock känt om de molekylära förändringarna som föregår denna proteinansamling, som vilka molekylära kaskader som leder från proteinansamling till celldöd. Dessutom kommer mycket av vår tidigare kunskap inom ämnet från djurstudier, som inte till fullo replikerar de sjukdomsdrag som återfinns hos AD patienter. Nyligen har flera datasets baserat på mänsklig vävnad blivit tillgängliga för att mäta genuttryck (transkriptomik) på cellnivå bland äldre personer med eller utan en AD diagnos. Tillsammans med proteomikdata från ryggvätskeprover (CSF), som samlats in i vårt labb, från friska individer och patienter med kognitiv försämring, skapar dessa resurser en utmärkt uppsättning av data för att undersöka molekylära förändringar som föregår, åtföljer och utlöses av sjukliga/patologiska ansamlingar av proteiner i AD. Detta doktorandprojekt kommer att använda bästa tillgängliga teknik för sjukdomsmodellering och statistiska inlärningsmetoder för att karakterisera den molekylära kaskaden hos patienter med AD. Projektet kommer att involvera modellering av cellspecifika molekylära förändringar under sjukdomsförloppet, och kommer att översätta dessa förändringar till levande patienter baserat på CSF-proteomik.

Doktoranden kommer att bedriva sin forskning under handledning av Dr. Jacob Vogel, Dr. Niklas Mattsson-Carlgren och Prof. Oskar Hansson.

Arbetsuppgifter och ansvarsområden
Doktorandens huvuduppgift är att genomföra sina forskningsstudier vilket inkluderar deltagande i forskningsprojekt och obligatoriska kurser. Doktoranden kommer att utföra dataanalys genom att kombinera flera multiomiska och neuroimaging datamängder, skriva vetenskapliga artiklar och presentera resultat lokalt och vid nationella och internationella konferenser. Andra arbetsuppgifter kan inkludera: datakurering och bearbetning; komposition, redigering eller exekvering av beräkningsskript; informellt mentorskap av och kompetensdelning med andra anställda; och/eller sammansättning av anslag och/eller forskningsstipendier. Även andra arbetsuppgifter kan förekomma. Huvuddelen av forskningsarbetet kommer att ske i samarbete med andra medlemmar i forskargruppen.

Kvalifikationer

För anställningen krävs:

- Mastersexamen inom ingenjörsvetenskap, neurovetenskap, statistik, kvantitativ biologi, fysik, matematik eller annat liknande område, alternativt kandidatexamen inom ett av dessa områden samt fullföljt forskningserfarenhet motsvarande doktorsexamen (exempelvis genom anställning vid ett forskningslaboratorium)
- Goda kunskaper i muntlig och skriftlig kommunikation på engelska.
- Mycket goda kommunikations-, presentations- och skrivfärdigheter
- God samarbetsförmåga och förmåga att arbeta självständigt
- Tålmodig, detaljorienterad och noggrann

Meriterande för anställningen är:

- Specifikt intresse för demens och åldrande
- Goda kunskaper inom beräkningsprogrammering, helst Python eller R
- Erfarenhet av statistisk modellering och/eller maskininlärning
- Erfarenhet av kuration, förbearbetning och/eller analys av neuroimaging, genomisk eller andra typer av omicsdata
- Erfarenhet av git och GitHub och/eller Datalad
- Förtrogenhet kring bästa praxis inom reproducerbarhet och öppen vetenskap
- Individer med olika eller underrepresenterade bakgrunder uppmuntras att ansöka

Behörighet
Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har: avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Bedömningsgrund
Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1998:80. Som innehavare får enbart förordnas den som är antagen till utbildning på forskarnivå. Vid tillsättning skall avseende främst fästas vid graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Förutom skyldighet att ägna sig åt egen forskarutbildning kan innehavaren åläggas att fullgöra tjänstgöring som avser utbildning, forskning och administrativt arbete enligt särskilda bestämmelser i förordningen.

Övrigt

Anställningen är tidsbegränsad fyra år enligt HF 5 kap 7§ och avser heltid. Startdatum bestäms i överenskommelse men bör vara mellan 1 maj och 5 september 2023, helst i början av denna period.

Instruktioner för ansökan
Ansökan ska innehålla personligt brev, CV, kontaktuppgifter till två referenser, examensbevis (inklusive betygsutskrift) och andra dokument som du vill ska övervägas (t.ex. rekommendationsbrev). Sökanden som kallas till intervju kan bli ombedda att utföra ett test för att visa grundläggande kompetens.

Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler.